Dawniej używano dwóch różnych środków myjących: zasadowego (głównie sody kaustycznej) oraz kwaśnego (np. kwasu azotowego). Mycie takim sposobem wymagało nałożenia jednego preparatu, dokładnego spłukania, a następnie przemycia drugim preparatem o innym stopniu pH. Stacja mycia musiała więc być wyposażona w zbiornik z wodą do płukania, a cały proces był dłuższy i bardziej skomplikowany.
Do dezynfekcji zamiast podchlorynu sodu coraz częściej stosuje się o wiele bardziej skuteczny dwutlenek chloru, który ma bardzo szerokie spektrum działania, a jednocześnie pozostaje obojętny w stosunku do mytych obiektów. Innymi popularnymi środkami do dezynfekcji są perhydrol i kwas nadoctowy. Coraz częściej do celów dezynfekcji zaczyna się używać kwasu salicylowego.

Nowa era środków czyszczących
Firmy produkujące środki myjące rozwijają się bardzo dynamicznie, obecnie są w stanie wytwarzać i sprzedawać preparaty dostosowane do wymagań i zagrożeń konkretnego przemysłu (inne drobnoustroje można wykryć w zakładach mięsnych, inne w mleczarniach).
Obecnie używane środki zawierają wiele substancji dodatkowych, np. zapobiegających pienieniu się, czy wręcz przeciwnie, tworzących pianę, obniżających napięcie powierzchniowe, zapobiegających korozji. Przede wszystkim są jednofazowe, czyli łączą funkcje środków kwaśnych, zasadowych oraz dezynfekujących. Pozwala to na skrócenie czasu trwania operacji mycia o nawet 50%, zmniejszenie kosztów procesu, zmniejszenie ilości odprowadzanych ścieków oraz zużycia środków chemicznych, a także zaoszczędzenia energii elektrycznej i cieplnej.

Nowość – preparaty zawierające enzymy
Enzymy rozpuszczają substancje organiczne (takie jak: białka, tłuszcze, sacharydy) nieodwracalnie do pozostałości rozpuszczalnej w wodzie. Działanie to oznacza, że preparaty enzymatyczne są uważane za silny środek czyszczący. Dodatkowo enzymy zawarte w produkcie mogą uruchamiać wiele reakcji jednocześnie oraz nie są zużywane, czyli w obiegu zamkniętym systemu mycia cip mogą być wykorzystywane powtórnie (woda z ostatniego płukania jest zawracana i może być wykorzystywana do płukania wstępnego w następnym procesie). Pozwala to oszczędzić zużycie wody i preparatu, a tym samym ograniczyć koszt mycia.
Preparaty enzymatyczne są niezwykle skuteczne w przypadku likwidacji biofilmów, są również przyjazne środowisku (mniejsze koszty neutralizacji odpadów, gdyż enzymy są w 100% biodegradowalne), nie niszczą dezynfekowanej powierzchni (np. nie powodują korozji maszyn lub uszczelnień) oraz są bezpieczne w użyciu (gdyż nie zawierają substancji toksycznych lub drażniących). Działają w stężeniu co najmniej dziesięciokrotnie mniejszym niż w przypadku tradycyjnych środków chemicznych.

Technika mycia
Nie tylko rodzaj użytych środków ma znaczenie, lecz również sposób mycia powierzchni i urządzeń. Najbardziej innowacyjnym sposobem jest czyszczenie suchym lodem, czyli zestalonym dwutlenkiem węgla. Metodę tę stosuje się w przypadku delikatnych powierzchni lub trudno dostępnych miejsc. Urządzenia do czyszczenia suchym lodem są mobilne i łatwe w użyciu. Skuteczność mycia jest zależna od dobrania odpowiedniej dyszy i jakości suchego lodu, który może być samodzielnie wytwarzany przez zakład lub kupowany.
Podobnie wygląda mycie pianowe, stosowane do czyszczenia bardzo dużych lub trudno dostępnych powierzchni. Można przeprowadzać je za pomocą mobilnych urządzeń rozprowadzających pianę, zawierającą środek myjący, myjąco-dezynfekujący lub dezynfekujący. Po 20 minutach od nałożenia piany spłukuje się ją czystą mikrobiologicznie (zdatną do picia) wodą.
Nowoczesnym rozwiązaniem jest też całkowita automatyzacja procesu cip (Cleaning In Place). Odpowiednie oprogramowanie kontroluje czas operacji mycia, temperaturę, stężenie środków chemicznych i dodatkowo na bieżąco prowadzi dokumentację całego procesu.

Dezynfekcja powierzchni to nie wszystko
Dezynfekcja powierzchni to jednak nie wszystko, bowiem mikroorganizmy mogą unosić się w powietrzu. W takim wypadku wysoką skutecznością odznacza się hepa (ang. high efficiency particulate air filter). Jest to wysokosprawny filtr stosowany w pomieszczeniach do pracy w środowisku jałowym. Wykonany jest ze szkła spiekanego, zapewniającego filtrację powietrza przez pory wielkości 0,3 μm, dzięki czemu zatrzymuje większość (co najmniej 99,97%) zanieczyszczeń mechanicznych, większych niż 0,3 μm, a także: komórki grzybów, pierwotniaków i bakterii oraz większość wirusów. Filtry tego typu wykorzystywane są m.in. w odkurzaczach. Ciekawą alternatywą dla stosowania filtrów jest zamgławianie. Polega ono na bardzo szybkim przepływie powietrza przez dysze powodujące rozpylanie cieczy dezynfekującej w postaci bardzo małych kropelek (wielkości od kilku do kilkudziesięciu mikronów), tworząc mgłę, która skutecznie oczyszcza powietrze z mikroorganizmów. Do tego celu służą np. ciśnieniowe zamgławiacze, tj. ciśnieniowe zbiorniki, do których wlewa się środek dezynfekujący o odpowiednim stężeniu i podłącza sprężone powietrze.

Laboratoria typu clean room
Są zupełną nowością. W najnowocześniejszym laboratorium w Polsce, we Wrocławskim Centrum Badań eit+, uzyskiwana jest większa czystość niż w próżni kosmicznej. Jest to możliwe dzięki ciągłej filtracji całego powietrza wewnątrz pomieszczeń przez zestaw filtrów hepa, w celu usuwania zanieczyszczeń powstałych wewnątrz. Urządzenia wewnątrz cleanroomu są tak zaprojektowane, by nie generowały dodatkowych zanieczyszczeń. Tkaniny naturalne, papier czy ołówki są zabronione.
W pomieszczeniu czystym prowadzi się stałą kontrolę zanieczyszczeń typu: pył, kurz, bakterie, opary chemiczne, ale także monitoruje rodzaj światła, kierunek przepływu powietrza, temperaturę, ciśnienie.
Pracownicy wchodzący i opuszczający pomieszczenie przechodzą przez śluzę powietrzną, a wewnątrz muszą przez cały czas być ubrani w specjalne kombinezony ochronne, maski na twarz, obuwie, itd. Makijaż jest niedozwolony. W strefach czystych prowadzi się najczęściej badania z wykorzystaniem materiałów wrażliwych na zanieczyszczenia i wpływ warunków zewnętrznych. Można je wykorzystywać przede wszystkim przy produkcji materiałów o wysokiej czystości, np. procesorów, tranzystorów oraz mikroczipów.

Higiena personelu
Nawet jeśli tematyka badań lub specyfika procesów nie wymaga pracy w pomieszczeniach typu clean room, trzeba pamiętać o tym, że nieważne jest, jak bardzo skuteczna jest dezynfekcja powierzchni, jeżeli zanieczyszczenia mogą zostać wniesione do zakładu przez pracowników. Dlatego stacje mycia rąk zgodne z najnowszymi trendami powinny być zaopatrzone w: umywalkę z baterią obsługiwaną bez użycia dłoni (na fotokomórkę lub zawór uruchamiany kolanem lub stopą), ścienny dozownik mydła płynnego (dozowniki łokciowe lub nadgarstkowe), ścienny dozownik środka dezynfekcyjnego (dozowniki łokciowe lub nadgarstkowe), zasobnik jednorazowych ręczników papierowych i kosz z pokrywą na zużyte ręczniki papierowe.