 |
 |
Szkolenie: WARSZAWA, 15 Maja 2014r.
Szkolenie dedykowane jest osobom zajmującym się sekwencjonowaniem DNA. Tematyka I bloku skupiona jest wokół najczęściej pojawiających się problemów na poszczególnych etapach sekwencjonowania. II blok poświęcony jest analizie i interpretacji wyników sekwencjonowania, pod kątem statystycznym i bioinformatycznym.
AGENDA SZKOLENIA
Czas trwania szkolenia: 08:30 - 17:00
Blok I
• najczęściej spotykane problemy związane z poszczególnymi etapami sekwencjonowania
• projektowanie starterów do sekwencjonowania (PCRu)
• izolacja DNA – czego należy unikać podczas przygotowywania próbek, na co zwracać uwagę?
• jak odpowiednio przygotować bibliotekę DNA do sekwencjonowania NGS – najczęściej popełniane błędy, jak ich unikać
• na których etapach procesu sekwencjonowania pojawiają się błędy (i jakie?), co mogło je spowodować, co może przyczynić się do hamowania procesu?
• interpretacja wyników sekwencjonowania - programy do oglądania wyników, porównanie z bazami danych
• porównanie różnych systemów NGS i ich zastosowanie
Blok II
• analiza i interpretacja wyników, w tym zagadnienia statystyczne i bioinformatyczne
• problemy ze statystyczną analizą danych oraz podstawy bioinformatyki (metody wykorzystywane w sekwencjonowaniu, porównanie metod starej i nowej generacji)
• algorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce
• problemy obliczeniowe dla klasycznego sekwencjonowania i nowej
• generacji oraz istniejące modele grafowe związane z sekwencjonowaniem – na przykładzie różnych zestawówsekwencji
• składanie zsekwencjonowanych fragmentów i przygotowywanie ostatecznej sekwencji (w różnych programach komputerowych)
Prelegenci
dr Robert Gromadka
Adiunkt Instytutu Biochemii i Biofizyki, Polska Akademia Nauk
Absolwent Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego, pracę dyplomową obronił w Zakładzie Genetyki. Od roku 1990 pracuje w Instytucie Biochemii i Biofizyki PAN w Warszawie gdzie obecnie pełni funkcję kierownika Pracowni Sekwencjonowania DNA i Syntezy Oligonukleotydów. Od początku swojej działalności związany z sekwencjonowaniem. Uczestniczył w europejskim projekcie sekwencjonowania pierwszego genomu organizmu eukariotycznego, drożdży Saccharomyces cerevisiae. a następnie funkcjonalnej analizy nowo odkrytych ramek odczytu. W kolejnych latach brał udział w sekwencjonowaniu pierwszego chromosomu pantofelka, Paramecium tetraurelia, jak również w ramach międzynarodowego konsorcjum „The Potato Genome Sequencing Consortium” w poznaniu genomów dwóch odmian ziemniaka, praca opublikowana w Nature. We współpracy z innymi jednostkami naukowymi zajmuje się sekwencjonowaniem klasycznym Sangera z barwnikami fluorescencyjnymi na masową skalę, jak również sekwencjonowaniami następnej generacji (NGS Next Generation Sequencing) z wykorzystaniem aparatów GS FLX Titanium firmy Roche i MiSeq firmy Illumina. Obiektem jego prac są próbki różnego pochodzenia, batkeriofagi terapeutyczne, bakterie, rośliny, zwierzęta, również próbki mieszane, metagenomiczne, ze środowisk kopalnianych czy polarnych, nie tylko współczesne, ale i sprzed kilkudziesięciu tysięcy lat.
Magda Mielczarek
Doktorantka Wydziału Biologii Hodowli Zwierząt na Uniwersytecie Przyrodniczym we Wrocławiu
Absolwentka Wydziału Nauk Biologicznych na Uniwersytecie Wrocławskim; obecnie doktorantka Wydziału Biologii i Hodowli Zwierząt na Uniwersytecie Przyrodniczym we Wrocławiu, a także członek grupy biostatystycznej Theta. Pasjonatka wielu zagadnień z zakresu bioinformatyki oraz genetyki. W pracy badawczej koncentruje się głównie na analizie danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji, szczególnie na ich edycji, przyrównaniu do genomu referencyjnego oraz poszukiwaniu i badaniu mutacji genetycznych.
Organizator
ul. Kamińskiego 23, 90-229 Łódź, tel. +48 42 299 60 85, fax: +48 42 299 60 95
e-mail: biuro@biotechmedia.pl, www.biotechmedia.pl
Koordynator Szkolenia: Anna Staszewska, Project Manager
e-mail: anna.staszewska@laborant.pl, gsm: + 48 782 468 130
