Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu
ONKO-SYS - innowacyjna platforma dla badań nad nowotworami
Adam Zalewski, 26.11.2015 , Tagi: bazy danych, ONKO-SYS
ONKO-SYS - innowacyjna platforma dla badań nad nowotworami
19 września br., w sali konferencyjnej PGE Stadionu Narodowego w Warszawie, odbyła się konferencja, przedstawiająca projekt ONKO-SYS, będący innowacyjną i kompleksową infrastrukturą informatyczną dla badań nad nowotworami. Te nowoczesne rozwiązanie technologiczne powstało w Centrum Onkologii – Instytucie im. Marii Skłodowskiej-Curie przy udziale oddziału w Gliwicach. Dowiedzmy się czegoś więcej o tej wyjątkowej platformie.

 

Jako pierwsza o projekcie uczestnikom konferencji opowiedziała sekretarz, dr hab. n. med. Magdalena Chechlińska, prof. nadzw., przedstawiając główne problemy, które ma rozwiązać ONKO-SYS, jego zadania i cele.

Prof. Chechlińska wyróżniła trzy zasadnicze problemy, na które ma odpowiadać projekt: 

*rozproszenie informacji naukowej,

*brak narzędzi do wykonywania wielowymiarowych analiz w eksperymentach wykorzystujących duże zestawy danych w Gliwicach,

*niewykorzystany potencjał naukowo-badawczy Centrum Onkologii.

Według prof. Chechlińskiej platforma ONKO-SYS znacząco pomoże w skatalogowaniu, uporządkowaniu i powiązaniu zasobów danych, informacji na temat pacjentów i materiału biologicznego oraz dorobku naukowego w dziedzinie onkologii. Jednym z elementów projektu jest biblioteka, która umożliwi m. in. przeglądanie katalogów, dostęp do czasopism, a także zamawianie i propozycje konkretnych zakupów. Ponadto utworzone zostaną wspólne oraz indywidualne przestrzenie dyskowe, a przepływ dokumentów będzie odbywał się w pełni elektronicznie. Prelegentka określiła także ONKO-SYS jako narzędzie analityczne do obróbki danych z baz oraz z oprogramowania do prezentacji wyników, do zarządzania projektami, do tworzenia bibliografii itp. Konsekwencją działania platformy ma być stworzenie środowiska umożliwiającego import i analizę danych ze specjalistycznej aparatury naukowo badawczej w Gliwicach, a także połączenie zasobów na linii Warszawa-Gliwice.

Jakie cele stawiają sobie twórcy platformy? Tutaj prof. Chechlińska wprowadziła podział na cele ogólne i szczegółowe.

Do pierwszej grupy zaliczyła:

*poprawę jakości i dostępności danych naukowych gromadzonych w Centrum Onkologii,

*optymalizację działań naukowych, translacyjnych i praktycznych,

*wzrost potencjału naukowo-badawczego w onkologii dzięki wykorzystaniu technologii społeczeństwa informatycznego.

Do drugiej natomiast:

*utworzenie nowoczesnej zintegrowanej platformy informatycznej i analitycznej do celów badawczych i naukowych,

*rozbudowę infrastruktury informatycznej COI w Warszawie i w Gliwicach,

*integrację zasobów informacji na temat patogenezy, cech kliniczno-patologicznych, molekularnych i epidemiologicznych chorób nowotworowych i powiązanie tych zasobów z dedykowanymi narzędziami bioinformatycznymi, 

*przebudowę organizacji gromadzenia danych o nowotworach poprzez zastosowanie nowoczesnych aplikacji dostępnych on-line.

 

Przejawy funkcjonalności platformy wyliczał natomiast mgr inż. Łukasz Leszewski, według którego jednym z najważniejszych zalet ONKO-SYSu będzie sprawna kategoryzacja treści – użytkownicy zyskają możliwość dostępu do 7,5 mln stron notatek medycznych w jednym miejscu! Ponadto treści będą anonimowe, a pełna historia danych umożliwi stały dostęp do informacji w bazie, ponawianie analiz, samodzielną transformację danych, dodawanie danych zewnętrznych, tworzenie analiz i raportów. Narzędzie ma być w pełni dopasowane do użytkowników, którzy będą mogli korzystać z tzw. Hurtowni Danych, edytować dane, czyścić i przetwarzać je, a także dokonywać analiz statystycznych i ekonomicznych.

- W ujęciu długofalowym system ONKO-SYS stworzy narzędzia służące lepszemu zrozumieniu procesów nowotworzenia, wcześniejszemu wykrywaniu chorób nowotworowych i poprawie wyników leczenia chorych na nowotwory – zakończył mgr Leszewski.

 

Wszystkie powyższe informacje w zasadzie sprowadzają się do jednego, ważnego zadania – stworzenia przez Centrum Onkologii w Warszawie odpowiedniej bazy danych. Tak jak przy każdym poważnym projekcie, tak i w przypadku ONKO-SYSu, potrzebny jest podział obowiązków. Drugie zadanie, jakim jest stworzenie tzw. „Zdalnego Laboratorium”, jest realizowane w Gliwicach i podczas konferencji opowiedział o nim prof. dr hab. n. med. Piotr Widłak.

Celem zadania była rozbudowa infrastruktury informatycznej Centrum Badawczego Biologii i Medycyny Translacyjnej, umożliwiająca optymalizację wykorzystania sprzętu badawczego, rozszerzenie spektrum prowadzonych badań i stworzenie możliwości zdalnego korzystania z zasobów Centrum. To jest jednak bardzo ogólny cel i wymaga wyszczególnienia kilku bardziej sprecyzowanych zamierzeń:

*integracji i rozbudowy przestrzeni komputerowej umożliwiającej gromadzenie, przechowywanie, analizę i udostępnianie danych,

*stworzenia systemu informatycznego obługującego lokalną hurtownię danych, umożliwiającego optymilizację procedur gromadzenia, wyszukiwania, analizy i udostępniania danych medycznych i doświadczalnych,

*rozbudowy oprogramowania umożliwiającego wydajną analizę danych oraz zdalny dostęp do zasobów laboratorium.

 

Finalnym wnioskiem, jaki płynął z rozmów oraz wystąpień w ramach konferencji, było wyznaczenie najbardziej sztandarowego celu, jakim jest dostęp do informacji. Dzięki temu udogodnienia w pracy mają poczuć przede wszystkim: pracownicy sekretariatu naukowego, dyrekcja Instytutu, COI jako całość, administracja, naukowcy i doktoranci, a w końcu – cały świat nauki.

Realizacja projektu została rozpisana na okres: 1 października 2013 r. – 30 listopada 2015 r. Jest on finansowany z Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, lata 2007-2013, Priorytet 2. Infrastruktura Sfery B+R, Działanie 2.3. Inwestycje związane z rozwojem infrastruktury informatycznej nauki.

Instytucja pośrednicząca: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju.

Instytucja zarządzająca: Ministerstwo Rozwoju Regionalnego.

 

 

 

 

KOMENTARZE
news

<Listopad 2019>

pnwtśrczptsbnd
28
30
31
1
2
3
4
7
MEDmeetsTECH
2019-11-07 do 2019-11-07
9
40. Kongres i Targi LNE
2019-11-09 do 2019-11-10
10
11
15
16
17
22
23
24
27
28
Warsaw FOODHATON 2019
2019-11-28 do 2019-11-28
29
30
1
Newsletter