Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu
Biotechnologiczne Bazy Danych – powtórka przed sesją
Biotechnologiczne Bazy Danych – powtórka przed sesją
Biotechnologiczne bazy danych są potężnym źródłem informacji dla badaczy z całego świata. Ich liczba jest praktycznie nieograniczona ze względu na fakt, że bazą danych jest zarówno potężny zbiór danych dostępny on-line jak i folder z publikacjami powiązanych określonymi przez twórcę regułami. Aby swobodnie poruszać w tym zestawieniu należy zrozumieć cel tworzenia baz oraz reguły jakimi się rządzą. Wtedy możliwe jest poznanie i efektywne zarządzanie informacjami w nich zawartymi, w przeciwnym razie nieudolne próby mogą zakończyć się pozyskaniem niekompletnych informacji.

Poniżej przedstawiono największe bazy informacji, których znajomość z pewnością będzie przydatna na egzaminie:

 

Literaturowe bazy danych

 

PubMed - jedna z największych baz danych literaturowych z zakresu nauk medycznych i biologicznych. Wyszukiwanie informacji ujętych w bazie odbywa się na podstawie informacji zgromadzonych w bazie MEDLINE oraz innych obejmujących nauki przyrodnicze (np. bazy danych z zakresu fizyki i chemii).

 

Bookshelf - baza książek i podręczników z zakresu nauk przyrodniczych i medycznych.

 

Bazy sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych

 

INSD (The International Nucleotide Sequence Databases) - baza danych powstała przy współpracy trzech baz sekwencji nukleotydowych: europejskiej EMBL, japońskiej DDBJ oraz amerykańskiej GenBank.

 

ExPASy (Expert Protein Analysis System) - w jej skład wchodzi kilka mniejszych baz dostarczających informacji o sekwencjach aminokwasowych.

 

Bazy struktur przestrzennych molekuł

 

PDB (Protein Data Bank) - w skład bazy wchodzą dane dotyczące struktur przestrzennych białek i kwasów nukleinowych. Oferuje szczegółowe informacje o strukturze drugorzędowej wraz z określonymi współrzędnymi atomów poparte badaniami rentgenograficznymi i spektroskopowymi NMR.

 

NDB (Nucleic Acid Database) - dostarcza danych o trójwymarowej (3D) strukturze cząsteczek kwasów nukleinowych.

 

MetaBazy

Jest to „super baza” łącząca i porządkująca informacje z wielu baz danych w sposób jak najbardziej kompleksowy. Stąd właśnie są one najużyteczniejszym narzędziem do zgłębiania wiedzy z wybranego zagadnienia. Przykładem takiego systemu jest:

 

Entrez (Global Query Cross-Database Search System) należący do NCBI (National Center of Biotechnology Information) będącej częścią NLM (Narodowej Biblioteki Medycznej) stanowiącej dział NIH (Narodowego Instytutu Zdrowia rządu Stanów Zjednoczonych).

 

Kilka słów uzupełnienia prosto od wykładowcy:

- Kolekcja biologicznych baz danych dostępna na stronie internetowej czasopisma Nucleic Acids Research zawiera informacje o ponad 1500 bazach – od ogólnie znanych baz sekwencji nukleotydowych (GenBank) po specjalistyczne, np. gromadzące dane o mutacjach w genie kolagenu ludzkiego (Collagen Mutation Database). Aby nie zagubić się w tym gąszczu informacji warto korzystać z serwisów internetowych takich jak NCBI, które umożliwiają dostęp do wielu baz biologicznych i udostępniają podstawowe narzędzia do analiz bioinformatycznych.
Na co należy zwrócić szczególną uwagę korzystając z jakiejkolwiek biologicznej bazy danych, to sposób w jaki formułujemy zapytanie. Znajomość pewnych reguł rządzących tworzeniem kwerend, czyli np. jak używać operatorów logicznych, jakie kwalifikatory są dostępne w danej bazie, pozwala istotnie zawęzić obszar poszukiwań i wydobyć z bazy danych interesujące nas informacje.
– dodał dr Michał Kalita z Zakładu Genetyki i Mikrobiologii Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej.

KOMENTARZE
news

<Listopad 2019>

pnwtśrczptsbnd
28
30
31
1
2
3
4
7
MEDmeetsTECH
2019-11-07 do 2019-11-07
9
40. Kongres i Targi LNE
2019-11-09 do 2019-11-10
10
11
15
16
17
22
24
27
28
Warsaw FOODHATON 2019
2019-11-28 do 2019-11-28
29
30
1
Newsletter