W pierwszej kolejności należy zaznajomić się z przepisami i formalnościami, charakterystycznymi dla konkretnego programu. Trzeba pamiętać, że wymogi dotyczące poszczególnych programów ciągle ewoluują. Ustalenie procedur rozliczania danego projektu na początku jego realizacji nie oznacza niestety, że będą one nadal aktualne po roku czy dwóch.

Najczęstsze błędy
Najczęstsze błędy, popełniane przez kierowników projektów, to niedotrzymywanie terminów wynikających z umowy oraz kupowanie towarów/usług od podmiotów powiązanych osobowo lub kapitałowo. W najlepszym wypadku może to zostać uznane za poniesienie kosztów niekwalifikowanych, ale tego typu błędy mogą doprowadzić nawet do wypowiedzenia umowy o dofinansowanie.

Raport roczny
Raport z realizacji projektu badawczego za dany okres sprawozdawczy jest składany w kolejnym roku kalendarzowym. Ważne jest, żeby w sprawozdaniu zawrzeć wszelkie zmiany, wcześniej zatwierdzone i uargumentowane, jakie wprowadziliśmy w trakcie realizacji grantu. Jeżeli realizacja zadań badawczych nie przebiegała zgodnie z umową, należy podać przyczynę oraz przedstawić środki przedsięwzięte w celu dalszej, efektywnej realizacji dofinansowanego projektu. Trzeba również pamiętać, że niezłożenie raportu rocznego w terminie bądź złożenie nie wszystkich dokumentów jest podstawą do wstrzymania dalszego finansowania, a nawet odstąpienia od umowy i żądania zwrotu przekazanych środków. W określonym umową terminie (w przypadku Narodowego Centrum Nauki jest to do 30 dni od upływu 30 miesięcy realizacji projektu) należy złożyć również raport cząstkowy.

Raport końcowy
Raport końcowy należy złożyć w narzuconym umową lub aneksem do umowy terminie (w przypadku Narodowego Centrum Nauki jest to do 60 dni od daty zakończenia realizacji projektu). W raporcie należy uwzględnić sprawozdanie merytoryczne, wykonane zadania badawcze zgodnie z ustalonym harmonogramem, zestawienie kosztów planowanych i poniesionych oraz dołączyć informacje dotyczące wszelkich zmian związanych z zakupem aparatury oraz innych poniesionych wydatków, które nie były uwzględnione w pierwotnej umowie. Do raportu należy również dołączyć pliki pdf publikacji, powstałych w wyniku realizacji projektu, oraz załączyć informacje dotyczące zamieszczenia wyników projektu w publicznych bazach danych, takich jak np. GenBank. Jeśli dzięki realizacji grantu zostały uzyskane przez wykonawców projektu stopnie/tytuły naukowe, to należy podać imię i nazwisko wykonawcy, rodzaj nadanego stopnia/tytułu naukowego, datę jego uzyskania oraz tytuł rozprawy. O czym łatwo zapomnieć, sprawozdanie musi zawierać podpisy i pieczęcie wszystkich upoważnionych osób oraz pieczęć jednostki. Należy do niego dołączyć również informację dotyczącą miejsca przechowywania dokumentacji potwierdzającej realizację projektu, dane osoby odpowiedzialnej za przygotowanie raportu oraz datę jego sporządzenia. Tak jak w przypadku sprawozdań cząstkowych, niezłożenie raportu końcowego w terminie lub złożenie raportu niekompletnego stanowi podstawę do uznania umowy za niewykonaną i uprawnia do żądania od jednostki zwrotu otrzymanych środków.

Monitorowanie projektów
Trzeba pamiętać, że w razie wątpliwości dotyczących prawidłowej realizacji projektu, możemy zostać poddani kontroli na każdym etapie jego realizacji. Monitoring projektu w trakcie jego wykonywania ma na celu weryfikację, czy wszystkie zakupione rzeczy w ramach grantu znajdują się w miejscu jego realizacji, czy zostały zakupione zgodnie z zasadami narzucanymi przez umowę oraz czy projekt jest realizowany zgodnie z umową i wszystkie zaplanowane zadania są sukcesywnie realizowane.