Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu
Podstawowe narzędzia bioinformatyczne – czyli powtórek przed sesją ciąg dalszy
Podstawowe narzędzia bioinformatyczne – czyli powtórek przed sesją ciąg dalszy
Olbrzymia ilość informacji w bazach danych i czasochłonność wielu analiz zmusiła badaczy do opracowania odpowiednich programów i narzędzi. Ich głównym zadaniem jest wykonanie pewnych procesów automatycznie w znacznie krótszym czasie. Zwiększają one znacznie produktywność i ilość uzyskiwanych wyników, a w większości przypadków ich wykorzystanie jest niezbędne. Jednak jest jeden warunek, trzeba wiedzieć do czego jaki program służy i jak z niego korzystać, w przeciwnym razie zginiemy w „gąszczu” aplikacji, których liczba całkowita wyrażana jest w tysiącach. Stąd postanowiliśmy zebrać najprostsze i najczęściej używane programy w jednym miejscu. Stanowią one punkt wejścia do świata bioinformatycznego.

BLAST – jest to grupa programów pozwalających na efektywną pracę z sekwencjami. Wyróżnia się podstawowe programy BLAST:

Nucleotide Blast - przeszukuje bazy sekwencji nukleotydowych w poszukiwaniu sekwencji podobnych do zapytania;

Protein Blast - przeszukuje bazy sekwencji aminokwasowych w poszukiwaniu sekwencji podobnych do zapytania;

Blastx - przeszukuje bazy białkowe w poszukiwaniu sekwencji, która potencjalnie może powstać w procesie translacji z sekwencji nukleotydowej wklejonej w okno pytania;

Tblast -poszukuje sekwencji nukleotydowej na podstawie sekwencji białka.

 

Oprócz tego bardziej wyspecjalizowane programy BLAST oferują m.in. poszukiwanie specyficznych primerów, domen konserwatywnych, porównanie podobieństwa sekwencji którymi dysponujemy, a także  poszukiwania sekwencji immunoglobin i ich receptorów.

 

Kilka słów na temat programu BLAST wprost od wykładowcy:

- Jednym z najpopularniejszych narzędzi bioinformatycznych, z którym wcześniej, czy później każdy kto pracuje z sekwencjami nukleotydowymi lub białkowymi będzie miał do czynienia jest BLAST. Jest on nieocenionym narzędziem przy przeszukiwaniu baz danych sekwencji nukleotydowych czy poszukiwaniu homologów białek kodowanych przez nowo zsekwencjonowane genomy. O ile sama obsługa podstawowych programów typu BLAST nie stanowi problemu to dla właściwej interpretacji otrzymanych wyników przydatne jest zrozumienie algorytmów wykorzystywanych prze te narzędzia. Ponadto warto wiedzieć jakie opcje danego programu najbardziej odpowiadają danym wejściowym, którymi dysponujemy. Od właściwego doboru ustawień może zależeć wynik analizy i to jak zostanie on przez nas zinterpretowany. Istotną cechą większości programów bioinformatycznych jest to, że są darmowe co umożliwia ich stosowanie przez szerokie grono użytkowników oraz daje możliwość ich powszechnego wykorzystania w celach dydaktycznych. – dodał dr Michał Kalita z Zakładu Genetyki i Mikrobiologii Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej.

ProtParam - pozwala na obliczanie różnych parametrów fizycznych i chemicznych dla danego białka na podstawie sekwencji znajdującej się w bazach Swiss-Prot , TrEMBL lub wprowadzonych przez użytkownika. Wśród parametrów jakie można otrzymać to masa cząsteczkowa, teoretyczny punkt izoelektryczny, statystyczny skład aminokwasowy, współczynnik absorpcji atomowej i inne bardziej zaawansowane parametry. Oczywiście należy pamiętać, że wartość niektórych parametrów w praktyce może się różnić. Będzie to konsekwencja między innymi procesu fałdowania białka oraz obróbki potranslacyjnej.

NetPhos – program wskazuje miejska w sekwencji aminokwasowej białka, które potencjalnie mogą ulegać fosforylacji w komórkach eukariotycznych oraz wylicza prawdopodobieństwo zajścia tego procesu.

Psort - pozwala przewidzieć miejsce lokalizacji białka w komórce. Wymaga podania sekwencji aminokwasowej, a następnie wskazania grupy organizmów z jakiej pochodzi.

Vector NTI – jest to pakiet programów bioinformatycznych pozwalających na dokonanie tych samym poleceń co przez powyższe programy i nie tylko. Jest użyteczny w przypadku zaawansowanych badań, głównie ze względu na znaczne skrócenie czasu wymaganego do przenoszenia danych pomiędzy różnymi programami.

 

Mnogość aplikacji i ich możliwości jest bardzo duża. Dlatego aby ułatwić użytkownikom ich obsługę większość  podstawowych aplikacji dostępna jest ze strony NCBI oraz ExPASy. Podczas przygotowania do zaliczenia ważne jest praktyczne przećwiczenie możliwości oraz obsługi programów. Posługiwanie się większością jest bardzo logiczne, jednak trening jest bardzo ważny aby podczas zaliczenia nie poczuć dodatkowej porcji stresu.  Może być on przyczyną udzielenia niekompletnej odpowiedzi na pytania egzaminacyjne.

KOMENTARZE
Newsletter