Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu
Co dalej z Genomiczną Mapą Polski?
Co dalej z Genomiczną Mapą Polski?
Jesienią ubiegłego roku Polskę obiegła wiadomość, że rusza pierwszy – i jak mówiono – największy w historii kraju projekt z pogranicza genetyki, bioinformatyki i medycyny. Genomiczna Mapa Polski, bo o niej mowa, ma określić genom referencyjny Polaków, a to z kolei powinno ułatwić lekarzom diagnostykę pacjentów i dobór odpowiedniej i indywidualnej metody terapii. Realizacja projektu przybliżyłaby nas też nieco do osiągnięć Brytyjczyków czy Islandczyków, którzy takie mapy już wykonali, choć w znacznie większej skali. Rekrutacja 5 tys. chętnych, którzy mieli udostępnić swój materiał genetyczny, miała ruszyć w grudniu 2018 r. Jednak 6 miesięcy później o postępach w realizacji projektu wiadomo tyle samo, co na początku…

 

Nie takie proste, jak się wydaje

Ciężar realizacji historycznego przedsięwzięcia wzięło na siebie konsorcjum European Centre for Bioinformatics and Genomics (ECBiG), w skład którego wchodzą: Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Politechnika Poznańska oraz Centrum Badań DNA. Ten ostatni podmiot należy do grupy Inno-Gene, działającej na polu diagnostyki genetycznej i bioinformatyki. Łączna wartość projektu opiewała na prawie 105 mln zł. Z kolei dofinansowanie z Narodowego Centrum Badań i Rozwoju, ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój, miało wynosić prawie 68 mln zł. Do pełni szczęścia brakowało jeszcze gracza, który wykona najważniejszą robotę – dostarczy produkty, które umożliwią stworzenie Genomicznej Mapy Polski.

Jak jednak tłumaczy Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, stworzenie mapy nie polega na prostym sekwencjonowaniu 5 tys. próbek DNA. Zakłada m.in. powstanie „polskiego” genomu referencyjnego o parametrach co najmniej takich, jak opisano w De novo assembly and phasing of a Korean human genome opublikowanym w „Nature” w 2016 r. i Long-read sequencing and de novo assembly of a Chinese genome z „Nature Communications” również z 2016 r. oraz infrastruktury informatycznej pozwalającej na wielkoskalową obróbkę danych genetycznych, w tym na generowanie optymalnych z punktu widzenia badań genomowych zbiorów referencyjnych.

 

Wszystko zostaje w rodzinie

Jeszcze w 2017 r. Inno-Gene informowało o podpisaniu aneksu do umowy projektowej. Chodziło o wprowadzenie do niej wszystkich członków konsorcjum. Jak zapewniała spółka, aneks miał charakter czysto formalny i nie wpływał na merytoryczną zawartość umowy. Jego podpisanie miało natomiast umożliwić przejście do ważnego dla projektu etapu, tj. wyłonienia kluczowych wykonawców usług. Kilka miesięcy później Instytut Chemii Bioorganicznej PAN opublikował dokumenty przetargowe na dostawę innowacyjnych rozwiązań składających się na Genomiczną Mapę Polski. Przedmiotem zamówienia było 5 produktów. Chodziło o: zestaw prototypów narzędzi bioinformatycznych służących do wytworzenia i analizy sekwencji genomowego DNA populacji polskiej, prototyp architektury bazy danych umożliwiającej przechowywanie danych heterogenicznych o różnym stopniu przetworzenia, zestaw prototypów narzędzi do badania zmienności genetycznej populacji, prototyp narzędzia do analizy powiązań między fenotypem a genotypem oraz narzędzia do analizy zmienności genetycznej mniejszości etnicznych. Czas na stworzenie mapy zmienności genetycznej miał wynosić 36 miesięcy od podpisania umowy. Przetarg wygrało Central Europe Genomics Center – spółka stowarzyszona Inno-Gene. Jacek Wojciechowicz, prezes zarządów Inno Gene oraz Centrum Badań DNA, ciesząc się z wygranej, podkreślał, że to najważniejszy moment w historii całej grupy. Jak tłumaczył w jednym z wywiadów: „Nie możemy mówić o personalizacji leczenia, personalizacji terapii, bez poznania DNA pacjenta”. Do walki o przygotowanie mapy stanęło także chińskie Novogene, jednak ofertę odrzucono z przyczyn formalnych.

 

Lepiej późno niż wcale

Zgodnie z deklaracją Centrum Badań DNA, opublikowaną na jego profilu facebookowym, w grudniu 2018 r., a więc zaraz po wyłonieniu wykonawcy, miały zostać ogłoszone kryteria rekrutacji do projektu. Potrzebnych było 5 tys. osób między 25. a 55. r. ż., które miały nieodpłatnie udostępnić swój materiał genetyczny. Rekrutacja jednak nie ruszyła. Po więcej informacji Centrum Badań DNA odsyłało internautów do lidera konsorcjum. To, że projekt ma opóźnienie w realizacji, Inno-Gene podawało już w lutym 2018 r., w raporcie za IV kwartał 2017 r. Miało ono wynikać z przyczyn prawnych, niezależnych od członków konsorcjum. Jak tłumaczyła spółka, z uwagi na znaczny rozmiar projektu, instytucje naukowe wchodzące w skład konsorcjum musiały otrzymać ze strony instytucji finansujących jednoznaczne interpretacje prawno-podatkowe dotyczące ponoszonych kosztów (głównie VAT-u). Potrzebna była też zmiana niekorzystnych przepisów. Uspokajała jednak, że realizacja projektu nie jest zagrożona. ICHB PAN dodaje, że roczne opóźnienie ma także związek z koniecznością zachowania rygorów Prawa Zamówień Publicznych oraz ze zmianą przepisów o ochronie danych osobowych.

Inno-Gene szacowało, że okres realizacji projektu wyniesie od 15 do 20 miesięcy. Zysk netto miał natomiast oscylować w granicy 15-20 mln zł (nie licząc komercyjnego udostępnienia powstałych w procesie baz danych) i trafić jako dywidenda do akcjonariuszy spółki. Z kolei Centrum Badań DNA, dzięki udziałowi w projekcie, miało uzyskać dostęp do powstałej infrastruktury i narzędzi informatycznych, także w celu ich komercyjnego wykorzystania oraz współudział we wszystkich komercyjnych przedsięwzięciach podjętych na bazie infrastruktury wytworzonej w ramach projektu. Wartością, którą podmiot miał wnieść do projektu, i jednocześnie wkładem własnym niefinansowym, miało być jego know-how.

 

Historia lubi się powtarzać

Mimo zapewnień Inno-Gene o braku zagrożeń dla projektu coś wyraźnie poszło nie tak. Niespełna 5 miesięcy temu pojawiła się bowiem informacja, że przetarg, który wygrało CEGC, unieważniono. W oświadczeniu zarządu Inno-Gene czytamy: „Jak wykazała kontrola Prezesa Urzędu Zamówień Publicznych, przedłużona oferta spółki nie była zabezpieczona wymaganym wadium od dnia 27.10.2018 r. do dnia 27.11.2018 r. Zamawiający, który nie zdążył w ciągu ustawowych 90 dni rozstrzygnąć i podpisać umowy na realizację Projektu, wezwał wyłonionego już Wykonawcę do przedłużenia oferty do końca 2018 roku oraz przedłużenia nowego wadium. Z uwagi na długotrwałe procedury i ponowną ocenę zdolności CEGC, gwarancja wadialna została dostarczona Zamawiającemu po upływie kilku tygodni. Brak ciągłości wadium wynikał zatem z krótkiego okresu czasu, jaki Zamawiający dał CEGC na przedłużenie wadium. Pomimo przedłożenia nowej gwarancji ubezpieczeniowej ważnej do dnia 31.12.2018 r., Prezes Urzędu Zamówień Publicznych zalecił unieważnienie przetargu nr PN 443/18 Genomiczna Mapa Polski i tym samym odrzucenie oferty CEGC przez Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk”.

Unieważnienie przetargu opóźniło realizację projektu o kolejne miesiące. Wyniki uruchomionej w marcu kolejnej procedury przetargowej, będą znane w II kwartale br. Obecnie przetarg jest na końcowym etapie badania ofert. Wiadomo już, że w postępowaniu wpłynęły dwie oferty. Jedna – zgodnie z wcześniejszą deklaracją – od CEGC, druga znów od Novogene. Już bez braków formalnych, ale i bez wymaganego wadium.

 

Połączenie projektów

W międzyczasie, w 2018 r., ICHB PAN i Politechnika Poznańska podpisały z Instytutem Kardiologii im. Prymasa Tysiąclecia Kardynała Stefana Wyszyńskiego porozumienie, którego celem jest połączenie projektów WOBASZ oraz WOBASZ II (Wieloośrodkowe Ogólnopolskie Badania Stanu Zdrowia Ludności) z projektem (w części nazywanej przez ICHB PAN: mapa zmienności genetycznej). W ramach porozumienia, w projekcie ma zostać wykorzystanych 3 tys. całkowicie zanonimizowanych próbek DNA. W rezultacie anonimizacji nastąpi usunięcie powiązań między danymi osobowymi a osobami, które były dawcami próbek DNA, dzięki czemu ryzyko niewłaściwego wykorzystania danych powstałych w rezultacie realizacji projektu zostanie ograniczone do minimum. W sprawie mapy powiązań fenotyp-genotyp (Fen-Gen) oraz narzędzi do określania zakresu zmienności genetycznej wewnątrz i pomiędzy mniejszymi populacjami (Et-Gen), ICHB PAN oraz Politechnika Poznańska toczą rozmowy z partnerami. Rozmowy takie – jak tłumaczy ICHB PAN – mają jednak niezwykle trudny charakter, głównie ze względu na niedociągnięcia prawne, którymi charakteryzowało się wiele z dotychczas realizowanych w Polsce przedsięwzięć zmierzających do budowy biorepozytoriów materiałów biologicznych pochodzących od ludzi.

Kontury Genomicznej Mapy Polski nieco się rozmyły. Choć jak zapewnia ICHB PAN – Wszystkie prace ruszą z chwilą podpisania umowy na dostawę produktów innowacyjnych w ramach rozstrzygnięcia przetargu PN 454/19 Genomiczna Mapa Polski II. Oczekiwany przez nas termin, to druga połowa 2019 roku. Instytut dodaje, że realizacja projektu z pewnością zamknie się do końca 2023 r.

Do momentu publikacji artykułu nie udało nam się uzyskać wypowiedzi od Narodowego Centrum Badań i Rozwoju oraz firmy Inno-Gene. 

 

Paulina Skiba 

KOMENTARZE
news

<Listopad 2019>

pnwtśrczptsbnd
28
30
31
1
2
3
4
7
MEDmeetsTECH
2019-11-07 do 2019-11-07
9
40. Kongres i Targi LNE
2019-11-09 do 2019-11-10
10
11
15
16
17
22
23
24
27
28
29
30
1
Newsletter