Fot. Centralny Szpital Kliniczny MSWiA w Warszawie, źródło: Adrian Grycuk

– W okresie od marca 2020 r. do lipca br. opisaliśmy w kilku artykułach naukowych w „Nature”, „Science”, „Nature Immunology” oraz „Cell” wspólne odkrycia konsorcjów dotyczące wariantów genetycznych, mających wpływ na cieżki przebieg choroby COVID-19. Nigdy nie napiszemy, że „my coś odkryliśmy”. Wszystko piszemy razem jako konsorcjanci, bo na tym polega siła tego projektu – mamy otwarty dostęp do badań naukowców z całego świata i możemy korzystać ze wszystkich wyników – akcentuje dr Paula Dobosz, kierownik Zakładu Genetyki i Genomiki CSK MSWiA w Warszawie. Wcześniej była odpowiedzialna za projekty naukowe w ramach MNM Diagnostics z Poznania, które także należy do wspomnianych konsorcjów.

Już w marcu 2021 r. dr Zbigniew Król, uczestniczący w projekcie szpitala MSWiA, powiedział w rozmowie z PAP, że udało się wytypować około sześć anomalii genetycznych, tj. wariantów genów, które mogą mieć wpływa na cięższy przebieg COVID-19. – Ważna rzecz – te badania były planowane w czasie, kiedy nie było szczepionek. To był sam początek pandemii. Od początku myśleliśmy o stworzeniu testu diagnostycznego, który można by było stosować na SOR-ach. Taki test dałby dodatkową podpowiedź lekarzowi, kim zająć się w pierwszej kolejności, a kogo bezpiecznie odesłać do domu – przypomina Dobosz. Ostatecznie zespół naukowców z CSK MSWiA oraz MNM Diagnositic przebadał całe genomy 1235 pacjentów. – Wyszło, że w polskiej populacji szczególnie dwa warianty genetyczne odgrywają rolę. Na bazie tych dwóch wariantów powstał test, który zwalidowaliśmy klinicznie i laboratoryjnie. Wszystko opisaliśmy jako konsorcjum w raporcie i przekazaliśmy późną jesienią 2021 r. Ministerstwu Zdrowia, Agencji Badań Medycznych i NCBR – czyli instytucjom, które współfinansowały nasze badania. Byliśmy odpowiedzialni za stronę naukową i nasza rola się na tym etapie skończyła. Test czeka na komercjalizację – dodaje badaczka. 

W marcu 2020 r. tysiące naukowców z całego globu rozpoczęło współdziałanie, by odpowiedzieć na pytanie: jakie czynniki genetyczne mogą wpływać na fakt, że u niektórych pacjentów chorujących na COVID-19 rozwija się ciężka, zagrażająca życiu choroba wymagająca hospitalizacji, podczas gdy inni odczuwają tylko łagodne symptomy lub nie występują u nich żadne objawy chorobowe? Kompleksowe podsumowanie dotychczasowych prac przedstawiono w lipcu 2021 r. na łamach „Nature”. Naukowcy zidentyfikowali trzynaście tzw. loci (czyli obszarów w genomie), silnie związanych z infekcją i ciężkim przebiegiem COVID-19. Dwa z nich występują częściej u pacjentów o pochodzeniu wschodnioazjatyckim lub południowoazjatyckim, niż u Europejczyków, jak informowali badacze. Szczególną uwagę zwrócono na jedno z tych dwóch loci, w pobliżu genu FOXP4, który jest powiązany z rakiem płuc. Wariant FOXP4 związany z ciężkim przebiegiem COVID-19 zwiększa ekspresję genu, co sugeruje, że hamowanie genu może być potencjalną strategią terapeutyczną. Inne loci związane z ciężkim przebiegiem COVID-19 obejmowały DPP9 – gen również zaangażowany w raka płuc i zwłóknienie płuc oraz TYK2, który ma związek z niektórymi chorobami autoimmunologicznymi. Publikacja w „Nature” była dziełem ponad 3,5 tys. współautorów z ponad 1,2 tys. jednostek naukowych i klinicznych z całego świata. Wyniki pochodziły z jednego z największych badań asocjacyjnych całego genomu, jakie kiedykolwiek przeprowadzono w historii. Obejmuje prawie 50 tys.  pacjentów z COVID-19 i 2 mln niezainfekowanych osób, tworzących grupy kontrolne.

Dr Dobosz zapowiada w rozmowie z PAP, że w najbliższym czasie konsorcjum opublikuje aktualizację artykułu w „Nature”: – Dojdą nowe warianty genetyczne i będą zweryfikowane te, o których mówiliśmy do tej pory. Wcześniej mówiliśmy o trzynastu obszarach w genomie, silnie związanych z infekcją i ciężkim przebiegiem COVID-19. Teraz nastąpi weryfikacja. W weryfikacji pomaga czysta statystyka, bo na całym świecie jest już przebadanych kilkadziesiąt tysięcy osób – ciągle mówimy tutaj o całych genomach, a nie wyłącznie genach, które stanowią zaledwie 1%. Do konsorcjum Host Genomic Initiative należy również zespół prof. Marcina Moniuszki z Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku, który w ubiegłym tygodniu poinformował, że we współpracy z innymi ośrodkami wskazał gen odpowiedzialny za ryzyko ciężkiego przebiegu COVID-19. Resort zdrowia zapowiedział opracowanie do końca I półrocza br. testu genetycznego do szybkiej identyfikacji, czy pacjent jest obciążony większym ryzykiem.

PAP zwrócił się do Ministerstwa Zdrowia, Agencji Badań Medycznych i NCBR z zapytaniem o liczbę obecnie dostępnych testów wykrywających ciężki przebieg COVID-19 – o których te instytucje wiedzą i planują komercjalizację. Ministerstwo Zdrowia potwierdziło, że wie o teście przygotowanym przez CSK MSWiA w Warszawie oraz teście opartym o ustalenia zespołu z Białegostoku. W oparciu o badania białostockiego zespołu powstanie test genetyczny, pozwalający ocenić ryzyko ciężkiego przebiegu COVID-19 u pacjentów w Polsce, co zapowiedział w ubiegłym tygodniu minister zdrowia Adam Niedzielski. Według niego test powinien być gotowy i dostępny do końca pierwszego półrocza 2022 r. – Aktywnie poszukujemy innowacyjnych metod diagnostycznych oraz rozwiązań pozwalających na zwiększenie efektywności działań wobec pandemii COVID-19. W tym celu prowadzimy m.in. Zespół Innowacji oraz Warsaw Health Innovation Hub, których zadaniem jest monitorowanie i pozyskanie innowacyjnych rozwiązań również w tym zakresie. Zagadnienie testów diagnostycznych, zarówno opracowanych przez CSK MSWiA, jak i przez UM w Białymstoku, było przedmiotem prac obu wskazanych zespołów, których rekomendacje zostały przekazane do dalszych analiz – przekazuje PAP resort zdrowia. MZ posiada również informację o teście diagnostycznym, opartym na analizie polimorfizmów zlokalizowanych w konkretnych genach, jednak nie przeszedł on jeszcze testów skuteczności i bezpieczeństwa.

Z kolei Agencja Badań Medycznych informuje, iż wie o dwóch testach. Wskazała też różnice dotyczące wykorzystywanych w nich metod. – Test genetyczny opracowany przez zespół prof. Moniuszki jest oparty o metodę RT-PCR i służy do wykrywania określonego wariantu w materiale genetycznym pacjenta – stopień złożoności testu jest podobny, jak w przypadku testów na obecność wirusa SARS-CoV-2. Występowanie tego wariantu u konkretnej osoby będzie wykorzystywane w opracowanym w ramach projektu algorytmie, łączącym, oprócz czynnika genetycznego, wiek, płeć i BMI pacjenta do oszacowania łącznego, względnego ryzyka ciężkości przebiegu COVID-19 – napisało ABM. Test przygotowany przez CSK MSWiA opisano natomiast następująco: – Projekt realizowany przez CSK MSWiA polegał na przeprowadzeniu analiz genetycznych i wytypowaniu markerów związanych z cięższym przebiegiem COVID-19. W wyniku badań opracowano założenia do testu diagnostycznego opartego na technice diagnostycznej – PCR-RFLP. Obecnie trwają prace nad wykorzystaniem informacji uzyskanych z badań genomowych.

Cztery projekty związane z predykcją przebiegu COVID-19 finansuje również Narodowe Centrum Badań i Rozwoju. Jak Agenda informuje PAP, ich łączna kwota dofinansowania wynosi ponad 16,5 mln zł. – Spośród czterech projektów najbliższy tematycznie pracom zespołu z Białegostoku jest projekt CSK MSWiA, choć szczegółowe porównanie na podstawie doniesień prasowych nie jest możliwe. Kompleksowe informacje o wynikach prac zespołu z Warszawy nie są informacjami publicznymi – zastrzega Jakub Lackorzyński, rzecznik prasowy NCBR. Potwierdza jednocześnie, że CSK MSWiA złożyło jesienią 2021 r. raport końcowy, a tym samym – projekt został zrealizowany i zamknięty. 

Autorka: Urszula Kaczorowska (PAP)