Zakład Biochemii Analitycznej
Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
Tematyka badań naukowych:
- Charakterystyka biochemiczna i strukturalna czynników wirulencji gronkowców, głównie sekrecyjnych enzymów proteolitycznych;
- Charakterystyka biochemiczna i strukturalna proteaz (głównie bakteryjnych) oraz ich białkowych inhibitorów;
- Charakterystyka peptydów antybakteryjnych, bakteriocyn i hemolizyn: ich izolowanie, oczyszczanie, sekwencjonowanie i charakterystyka biochemiczna;
- Badania nad hemocydynami - peptydami o aktywności antybakteryjnej pochodzącymi z białek zawierających hem;
- Badania roli układów toksyna-antytoksyna u gronkowców.
Potencjalne zastosowanie prowadzonych badań naukowych:
- Izolacja i charakterystyka białek i peptydów;
- Sekwencjonowanie białek i peptydów;
- Prace z zakresu biologii molekularnej, ekspresji białek w układach heterologicznych oraz badania porównawcze nad proteomami bakterii.
Aparatura badawcza dostępna do działalności komercyjnej:
- Zestawy chromatografów cieczowych niskociśnieniowych firm Pharmacia i BioRad, zestaw FPLC firmy Pharmacia oraz trzy zestawy HPLC (firm Dionex oraz Waters) z detektorami spektrofotometrycznymi i fluorescencyjnymi;
- Automatyczny sekwenator białek Procise 491 (Applied Biosystems);
- Zestawy elektorforetyczne i Western blot 1D i 2D (BioRad);
- Pełne zaplecze do badań z zakresu biologii molekularnej i mikrobiologii (w tym komory laminarne i termocyklery).
Stosowane metody i techniki badawcze:
- Techniki chromatografii podziałowej: w układzie odwróconych faz, jonowymiennej, hydrofobowej, powinowactwa oraz filtracji żelowej, w odmianach niskociśnieniowej, średniociśnieniowej (FPLC) oraz wysokociśnieniowej (HPLC);
- Sekwencjonowanie białek i peptydów za pomocą degradacji Edmana z użyciem automatycznego sekwenatora;
- Techniki elektroforetyczne 1D i 2D wraz z barwieniem różnicowym DIGE;
- Techniki biologii molekularnej oraz ekspresji białek (amplifikacje fragmentów kwasów nukleinowych, klonowanie, oznaczanie poziomu ekspresji genów, przygotowywanie konstruktów plazmidowych, wprowadzanie i wyłączanie genów, produkcja białek rekombinowanych w Escherichia coli oraz bakteriach Gram-dodatnich i w komórkach drożdżowych).
Kontakt: cittru@uj.edu.pl
_________________________________________________________________________________________________
Department of Analytical Biochemistry
Faculty of Biochemistry, Biophysics and Biotechnology
Scientific research subjects:
- Biochemical and structural characterization of bacterial virulence factors, mainly proteolytic enzymes from S. aureus;
- Biochemical and structural characterization of natural protein inhibitors of bacterial peptidases;
- Antibacterial peptides, bacteriocins and hemolysins: isolation, purification, amino acid sequence and biochemical characterization;
- Studies on hemocidins – antibacterial peptide fragments of hemoglobin;
- Studies of the role of toxin-antitoxin systems in staphylococci.
Potential application of scientific research:
- Isolation and characterization of proteins and peptides;
- Sequencing of proteins and peptides;
- Molecular biology, protein expression, studies on differential proteomes of microorganisms.
Methods and research techniques:
- Chromatographic techniques: reversed phase chromatography, gel filtration, ion exchange and hydrophobic interactions chromatography, at low-, medium- (FPLC) and high-pressure (HPLC) variants;
- Sequencing of proteins and peptides using an automatic protein sequencer;
- All variants of electrophoretic techniques, including 1D, 2D and differential DIGE staining;
- Molecular biology techniques: nucleic acid amplification, molecular cloning, qualitative and quantitative determination of gene expression, construction of plasmid vectors, gene manipulations (introduction and knock-out), recombinant proteins production in prokaryotic (Escherichia coli, Bacillus subtilis, Staphylococcus sp.) and eukaryotic (Pichia pastoris) hosts.
Contact: cittru@uj.edu.pl
