Pasty do zębów z fluorem stanowią ok. 95% wszystkich past do mycia zębów dostępnych na rynku. Dodatek fluoru do tego typu kosmetyków wzmacnia szkliwo, dzięki czemu jest bardziej odporne na próchnicę. Hydroksyapatyt szkliwa, Ca₅(PO₄)₃OH pod wpływem jonów fluorkowych może ulegać przemianie w bardziej trwały fluoroapatyt: Ca₅(PO₄)₃F. Fluoroapatyt wykazuje większą oporność na działanie kwasów produkowanych przez bakterie próchnicotwórcz,e obecne w płytce. Ponadto związki fluoru wykazują działania bakteriobójcze. Uznaje się, że powszechne używanie past do zębów z fluorem  przyczyniło się do znacznego spadku występowania próchnicy w krajach uprzemysłowionych. Najczęściej występującymi w pastach związkami aktywnymi zawierającymi fluor są jego nieorganiczne sole, głównie fluorek sodu, monofluorofosforan sodu oraz aminofluorki. Ich ilość podana jest na opakowaniu pasty i wyrażana jest najczęściej w jednostkach ppm czyli „część na milion”.  Zgodnie z dyrektywą UE, zawartość fluoru w produktach kosmetycznych nie może być większa niż 1500 ppm F czyli stężenie związków fluoru w przeliczeniu na fluor wynosi do 0,15%. Powyżej tego poziomu pasta jest dostępna wyłącznie na receptę.

Mimo tak istotnego znaczenia biologicznego, fluor nie jest pozbawiony toksyczności. W przypadku zbyt dużej konsumpcji tego pierwiastka może rozwinąć się fluoroza, czyli choroba objawiająca się bardzo drobnymi perłowo białymi liniami lub nakrapianiem na powierzchni zębów. Skutkiem tego, szkliwo może być bardziej kruche a w cięższej postaci choroby może dojść do uszkodzenia nerwów.  Nadmiar fluoru może powodować pogrubienie warstwy korowej w kościach. Ponadto poprzez kompleksowanie jonów metali uniemożliwia włączanie się jonów do cząsteczek enzymu, co zaburza procesy enzymatyczne.

Fluor jest jednym z mikroelementów o olbrzymim znaczeniu dla zachowania zdrowia człowieka. Jednakże zapotrzebowanie na fluor, podobnie jak na inne pierwiastki z tej grupy, jest bardzo małe. Mimo, iż fluoroza wstępuje rzadko, należy pamiętać o umiarkowanym korzystaniu z preparatów zawierających fluor. Związki fluoru obecne naturalnie w wielu produktach żywnościowych oraz w wodzie pitnej, dobrze wchłaniają się z przewodu pokarmowego. Na zbyt duże spożycie fluoru szczególnie narażone są dzieci, które mogą połknąć pastę podczas szczotkowania zębów. Dlatego zaleca się, by rodzice nadzorowali mycie zębów ich dzieci. Niektórzy producenci wprowadzają na rynek pasty do zębów o obniżonej zawartości fluoru. Powszechne jest również zamieszczanie informacji o ilości pasty do jednorazowego mycia zębów odpowiadającej wielkości ziarna grochu.

O ile pasta do mycia zębów jest używana zgodnie z jej przeznaczeniem, a po umyciu jama ustana jest dokładnie wypłukana, nie ma powodów do obaw. Jednakże osoby, które nie ufają preparatom zawierającym związki fluoru, mają możliwość zakupu past pozbawionych tych substancji aktywnych. Pasty do mycia zębów niezawierające związków fluoru są bogate w wyciągi roślinne o działaniu przeciwbakteryjnym, przeciwzapalnym i odświeżającym. Można spotkać w nich ekstrakty i olejki między innymi z goździków, szałwii, kopru indyjskiego, mięty, lukrecji, rumianku, eukaliptusa oraz drzewa arakowego. Coraz bardziej popularny w pielęgnacji jamy ustnej staje się olej kokosowy o działaniu przeciwbakteryjnym i przeciwdrożdżakowym.