Sekwencjonowanie genomu jest dopiero wstępem do zrozumienia funkcjonowania organizmu na poziomie molekularnym. Kolejnym etapem jest odnalezienie w sekwencji genomu rejonów kodujących białka oraz RNA nie kodujących białek (miRNA, lcnRNA i inne) a następnie przewidzenie ich funkcji w organizmie. Pierwszym etapem regulacji ekspresji genów jest transkrypcja. Transkrypcja genów jest regulowana przez wiele czynników, część z nich można zidentyfikować analizując sekwencje DNA komputerowo. Kolejnym etapem regulacji ekspresji jest translacja. miRNA reguluje ekspresję wielu genów degradując ich mRNA lub blokując translację. Sekwencje w mRNA rozpoznawane przez miRNA można również zidentyfikować komputerowo i określić jakie miRNA mogą regulować ekspresję danego genu na etapie translacji. Jak połączyć cały zasób wiedzy na temat działania konkretnej komórki w jedną całość? W pewnym stopniu pozwalają to zrobić narzędzia opracowane przez Genome Ontology Consortium.
