Pracownia Sekwencjonowania DNA
i Syntezy Oligonukleotydów 
Instytut Biochemii i Biofizyki PAN
 

Oligo.pl

Historia:

Pracownia Sekwencjonowania DNA i Syntezy Oligonukleotydów IBB PAN rozpoczęła działalność w 1991 roku, w założeniu jako pracownia usługowa dla pracowników Instytutu. W ciągu 14 lat działalności w ramach projektów sekwencjonowania genomów oraz usług dla zakładów IBB zsekwencjonowalismy ponad 30 mln par zasad i przeprowadziliśmy syntezy 30 tys.oligonukleotydów. Ponad 70 tys. par zasad konsensusu sekwencji genomu drożdżowego zakończonego opublikowaniem "Yeast Genome Directory" zostało ustalone w naszej Pracowni (The yeast genome directory. Nature. 1997 May 29;387(6632 Suppl):5.) we współpracy z Centre de Genetique Moleculare Gif-sur-Yvette, Francja. Udział w Projekcie Sekwencjonowania Genomu Drożdżowego umożliwił nam podjęcie badań w zakresie analizy funkcjonalnej genomu drożdży w ramach międzynarodowego projektu EUROFAN, badania nowoodkrytych otwartych ramek odczytu. Dzięki zdobytemu doświadczenie mogliśmy wziąć udział w projekcie sekwencjonowania genomu pantofelka Paramecium tetraurelia, którego największy chromosom (~984 000pz) został w całości z sekwencjonowany i z adnotowany u nas. Cały genom został opublikowany przy naszym współautorstwie w Nature w roku 2006 ("Global trends of whole-genome duplications revealed by the ciliate Paramecium tetraurelia."). W ramach ogólnoświatowego konsorcjum „Potato Genome Sequencing Project” braliśmy udział w sekwencjonowaniu genomu ziemniaka realizując Narodowy Projekt Sekwencjonowania Genomu Ziemniaka. Zaowocowało to publikacją w Nature w roku 2011 ("Genome sequence and analysis of the tuber crop potato."). Wynik naszej dotychczasowej działalności naukowej to ponad 40 publikacji w czasopismach o zasięgu międzynarodowym. Zebrane w toku naszej dotychczasowej pracy doświadczenie związane z sekwencjonowaniem, syntezą oraz analizą DNA udostępniamy państwu. W grudniu 1999 roku uruchomiliśmy Serwis Sekwencjonowania DNA i Syntezy Oligonukleotydów.

Piętnaście lat działalności serwisu zaowocowało współpracą z ponad 200 instytucjami naukowymi i usługowymi w Polsce i za granicą oraz zsekwencjonowaniem około 40 mln par zasad i syntezą około 50 tysięcy oligonukleotydów. Naszym udziałem w międzynarodowym, pilotażowym projekcie sekwencjonowania genomu pantofelka (Paramecium tetraurelia) jest zsekwencjonowanie jego największego chromosomu (984 000 bp), Curr Biol. 2004 Aug 10;14(15):1397-404. Zakres naszych usług jest nieustannie rozszerzany. Zdając sobie w pełni sprawę z faktu, że nowoczesne techniki biologii molekularnej stają się coraz bardziej niezbędne w innych dziedzinach nauki takich jak; archeologia,psychologia,ekologia etc. prowadzimy usługowo pełne projekty (od izolacji DNA poprzez jego analizę do przygotowania danych do prezentacji).

Prowadzimy także działalność edukacyjną - na dziewięciu dotychczas zorganizowanych kursach przeszkoliliśmy około 150 osób z całej Polski. Od trzech lat fundujemy także minigranty ( w postaci bezpłatnych puli reakcji sekwencjonowania) dotyczące zoasosowań technik sekwencjonowania DNA w medycynie molekularnej. Nasza działalność nie jest działalnością komercyjną nastawioną na osiagnięcie zysku. Dzięki prowadzeniu usług optymalizujemy użytkowanie naszego sprzętu oraz mamy nadzieję przyczynić się do ułatwienia dostępu do nowoczesnych i bardzo kosztownych technik biologii molekularnej naszym kolegom ze wszystkich instytucji naukowych. Nasze ceny zostały skalkulowane w oparciu o koszta prowadzenia pracowni; ceny materiałów i odczynników, koszta amortyzacji sprzętu, wynagrodzenie pracowników oraz koszty pośrednie zawierąjace koszty utrzymania pracowni ponoszone przez Instytut.

Pracownia świadczy usługi w zakresie sekwencjonowania DNA tradycyjną metodą Sangera z fluorescencyjnymi barwnikami na aparatach kapilarnych (ABI 3730 i ABI 3730/xl) i pirosekwencjonowania na skalę genomową (GS FLX Titanium).
Prowadzimy również syntezę oligonukleotydów nieznakowanych jak i z dołączonymi różnego rodzaju podstawnikami.