Zarówno Zespół do Spraw Rozwoju Biogospodarki jak i Rada Naukowa Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków zaopiniowały negatywnie planowane działania Ministra Gospodarki.

Zespół do Spraw Rozwoju Biogospodarki wysoko ocenił organizacyjną i badawczą koncepcję działania Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków, która zaowocowała powstaniem pierwszej w kraju publicznej firmy biotechnologicznej, wytwarzającej pierwszy polski lek rekombinowany - ludzką insulinę. Zespół uważa także, że wybrana przez Instytut Biotechnologii i Antybiotyków droga działania, prowadząca do rozwoju innowacyjnej biogospodarki wymaga bardziej ochrony, niż modyfikacji tym bardziej, że planowana konsolidacja zaplecza badawczego, zwłaszcza w biotechnologii, natomiast w przypadku rozważanej konsolidacji utworzenie nowych struktur organizacyjnych spowoduje istotne zaburzenia i utrudni pracę Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków zaś planowane działania nie wzmocnią sfery naukowej i badawczej w biotechnologii.

Rada Naukowa Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków na podstawie wcześniejszych reorganizacji placówki w tym łączenia jej z innymi jednostkami uznała, iż Instytut Biotechnologii i Antybiotyków, istniejący od 1957 r. najlepsze, bardzo korzystne dla gospodarki i lecznictwa wyniki osiągał w okresie istnienia jako samodzielna jednostka, natomiast kolejne połączenia z Instytutem Farmaceutycznym, a następnie z zakładem produkcyjnym („TZF Polfa”) powodowały znaczne utrudnienia w działalności, skutkiem czego następowało obniżenie ilości oraz jakości wykonanych prac. Ponadto Instytut na własnym przykładzie, stwierdził że lepsze efekty trudnej działalności badawczo-rozwojowej osiągają mniejsze jednostki, lepiej przystosowujące się do zmieniających się potrzeb rynkowych, natomiast nieudane fuzje stanowią zaborczą metodę przejęcia osiągnięć oraz majątku „reorganizowanych” instytutów.

Ponadto Instytut Biotechnologii i Antybiotyków ma jasno sprecyzowaną koncepcję dalszej działalności. Koncepcja ta opiera się na badaniach naukowych z zakresu biotechnologii z wykorzystaniem nowoczesnych metod inżynierii genetycznej i procesowania białek oraz chemii i modyfikacji protein natomiast działalność Instytutu Farmaceutycznego opiera się głównie na badaniach z zakresu chemii, prowadzących do rozwoju produkcji leków generycznych wytwarzanych na drodze syntezy chemicznej, a zatem kierunek ten jest całkowicie odmienny od drogi przyjętej przez IBA. Taką samą działalność prowadzi też większość krajowych firm farmaceutycznych.

Zarówno Zespół do Spraw Rozwoju Biogospodarki jak i Rada Naukowa Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków wnioskują o oddalenie koncepcji połączenia Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków z innymi jednostkami badawczo-rozwojowymi pracującymi w obszarze „farmaceutyki”.

Ostatnie plany Ministerstwa Gospodarki byłyby piątą próbą reorganizacji Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków od początku jego powstania tj. od roku 1957, z których 3 zrealizowano:

1971 – włączenie Instytutu Antybiotyków do Instytutu Farmaceutycznego (IF);

1980 – wydzielenie z IF i włączenie do Tarchomińskich Zakładów Farmaceutycznych „Polfa”;

1985 – wydzielenie OBR Biotechnologii i następnie utworzenie Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków;

1996 – zamiar ponownego połączenia Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków z Instytutem Farmaceutycznym i Instytutem Chemii Organicznej;

2006 – zamiar kolejnego połączenia Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków z Instytutem Farmaceutycznym.