Jedna z anonimowych internautek pisze: "lekarz zlecił mi badania, kiedy wyszły dodatnie, musiałam zrobić jeszcze inne badanie, które było znacznie droższe (...); wyrzucanie pieniędzy w błoto".

Klasyczny schemat diagnostyczny boreliozy jest dwustopniowy i bazuje przede wszystkim na badaniach laboratoryjnych (serologicznych). W pierwszej kolejności wykonuje się test ELISA, oznaczając przeciwciała IgM oraz IgG. W przypadku otrzymania wyniku dodatniego, wykonuje się test potwierdzenia metodą Western Blot (także wykrycie przeciwciał). Pierwsze, na co należy zwrócić uwagę to czułość i swoistość diagnostyczna – test ELISA jest bardzo czuły (ponad 90%), ale ma w związku z tym relatywnie niską swoistość diagnostyczną, co oznacza, że wiele osób bez boreliozy otrzymuje wynik fałszywie dodatni. Z kolei test Western Blot jest mniej czuły. Dopiero połączenie wyników tych dwóch testów odpowiada na pytanie, czy pacjent ma zakażenie Borelia bourgdorferri czy też nie.

Inny zbulwersowany internauta pisze: "Lekarz przepisał mi antybiotyki bez badań".

Jeżeli pacjent ma charakterystyczne objawy, w tym rumień wędrujący, to lekarz może od razu włączyć leczenie. Jest to tym bardziej istotne, że często we wczesnej fazie zakażenia testy serologiczne mogą być ujemne. 

Na forach internetowych toczą się bardzo burzliwe dyskusje dotyczące odpowiedniego wyboru testu diagnostycznego przez lekarza. Wiele osób wskazuje nawet na złe podejście lekarza do pacjenta. Niekiedy potencjalnie zakażeni boreliozą ludzie wręcz rządają skierowania na badanie PCR lub pobranie próbki i hodowlę patogenu w laboratoriach naukowych. Badania te jednak są bardzo drogie i co więcej – nie do końca zasadne. Warto pamiętać, że czułość diagnostyczna hodowli wynosi 10-30%. Czułość diagnostyczna testu PCR wynosi od 30% do 80%, co oznacza, że w skrajnych przypadkach aż 90% badanych osób z aktywnym zakażeniem otrzyma ujemny wynik w przypadku hodowli oraz do 70% chorych w przypadku badania PCR.

Wielu pacjentów oczekuje od lekarza przepisania antybiotyku, a kiedy już otrzymają receptę, że będzie to leczenie długotrwałe. W Internecie można znaleźć ogromną ilość wpisów typu: "Ugryzł mnie kleszcz, nie mam objawów boreliozy, ale na wszelki wypadek wezmę sobie antybiotyk". Problem jest tu bardzo złożony. Po pierwsze wiele osób posiada w domu antybiotyki i bez żadnej konsultacji z lekarzem czy chociażby farmaceutą włącza sobie antybiotykoterapię. Wiadomym jest, że oprócz bezcelowości leczenia, gdy nie ma zakażenia, pacjent może doświadczyć skutków ubocznych antybiotykoterapii, rozwija się w ten sposób oporność różnych szczepów bakterii, a chory pacjent może źle wybrać lek. Kolejnym ważnym aspektem jest fakt, iż leczenie nie powinno trwać dłużej niż 21-28 dni. Przy dłuższej antybiotykoterapii może dojść do uszkodzenia tkanek przez bakterie, które nie ustępuje od razu po wyleczeniu infekcji. Ponadto, niektóre antybiotyki (ceftriakson, doksycyklina) wykazują działanie neuroaktywne, przeciwbólowe, przeciwzapalne, co może tłumaczyć poprawę po długotrwałej antybiotykoterapii. 

Z drugiej strony jeżeli po antybiotykoterapii, trwającej 28-30 dni, nie występuje poprawa, należy szukać innych przyczyn dolegliwości, gdyż uszkodzenia serca czy stawów przez B. burgdorferi nie zawsze leczy się antybiotykami – takie zakażenie wymaga często specjalistycznej opieki rehabilitanta, kardiologa, reumatologa, neurologa i innego leczenia.

Łatwo także zaobserwować krytyczny stosunek do antybiotykoterapii, gdzie niektórzy twierdzą, iż zgoda pacjenta na długotrwałą antybiotykoterapię chroni lekarza przed odpowiedzialnością. Warto więc zwrócić uwagę, że każda osoba planująca farmakoterapię jest odpowiedzialna za narażenie na skutki wielomiesięcznej antybiotykoterapii.

"Skończyłem leczenie boreliozy, więc zrobię ponownie test ELISA i Western Blot, żeby sprawdzić, czy nie jestem nadal zakażony"; lub "Spadek ilości przeciwciał IgM lub IgG oznacza, że leczenie jest skuteczne".

Niestety żaden z testów serologicznych (ELISA, Western Blot) ani PCR po stymulacji antybiotykowej nie daje odpowiedzi na temat obecności zakażenia, stąd należy obserwować objawy. Ponadto warto pamiętać, że nie ma związku z ilością przeciwciał a stopniem zaawansowania choroby. Po skutecznym zakończeniu leczenia, przeciwciała mogą wzrastać, utrzymywać się na stałym poziomie lub spadać.