Zawiera nowy moduł do przewidywania struktury kompleksów białko-białko, usprawnienia obsługi oraz polepszenia jakości wyników modelowania dotychczasowych składników pakietu.


SPMP 2.0 udostępnia zestaw narzędzi do modelowania i przewidywania struktur białek oraz kompleksów białko-białko, sterowanych poprzez graficzny interfejs webowy (architektura klient-serwer), dostosowany do obsługi zarówno przez zaawansowanych jak i początkujących użytkowników.

Dr. Nicolas Beuzen, Dyrektor ds. Naukowych Selvity, ogłaszając premierę nowej wersji oprogramowania powiedział - To poważne uzupełnienie naszego produktu, rozszerzające zakres funkcjonalności oprogramowania o nowy moduł: przewidywanie struktury kompleksów (dokowania) białko-białko na podstawie wiedzy o strukturze jego składników. Nowy moduł jest odpowiedzią na najpilniejsze potrzeby naszych klientów i znakomicie uzupełnia ofertę naszego oprogramowania w zakresie modelowania struktury białek. Co więcej, zastosowane tam unikalne i niezwykle wydajne rozwiązania wyróżniają nas na tle konkurencji pod względem możliwości symulacji skomplikowanych przegrupowań olbrzymiej liczby atomów, wywołanych oddziaływaniem białek. To obecnie najbardziej pożądana cecha tego rodzaju algorytmów, najczęściej nieobecna lub realizowana w niewielkim stopniu ze względu na ogromny koszt obliczeniowy. Pozostałe nowe elementy oprogramowania to usprawnienia dotychczasowych składników naszego pakietu: protokołu przewidywania struktury pętli, optymalizacji struktury białka, wizualizacji 3D oraz interfejsu webowego. Wszystkie moduły SPMP 2.0 stanowią razem komplet narzędzi do modelowania struktury białka oraz kompleksów białko-białko na podstawie sekwencji aminokwasowej pozwalający efektywnie wesprzeć badania eksperymentalne.

Dr Beuzen dodaje - Od wielu lat komputerowe przewidywanie struktury białka wspomaga projektowanie nowych leków dostarczając bezcennej informacji o strukturze białkowych celów biologicznych czy też ich kompleksów. Jednym z najbardziej interesujących zastosowań komputerowych narzędzi jest projektowanie nowych przeciwciał należących do najbardziej obiecujących leków przyszłości. Selvita Protein Modeling Platform 2.0 dostarcza komplet narzędzi stanowiących niezbędny dzisiaj element komputerowego wsparcia w wysiłkach naukowców w badaniach nad nowymi przeciwciałami.

Podstawowym założeniem projektu SPMP 2.0 jest wykorzystanie i integracja najnowszych osiągnięć w zakresie bioinformatyki z przyjaznym dla użytkownika interfejsem obsługiwanym przez przeglądarkę internetową. Rozwiązanie takie zapewnia nieograniczoną przenośność aplikacji, bardzo cenną w multi-dyscyplinarnych projektach naukowych. Rdzeniem pakietu Selvita Protein Modeling Platform 2.0 są zaprojektowane przez polskich naukowców unikalne algorytmy do modelowania białek, których skuteczność została wielokrotnie potwierdzona w międzynarodowych konkursach akademickich. Dodatkowe elementy pakietu to zaawansowane narzędzia do wizualizacji molekularnej, analizy struktury i sekwencji umożliwiające efektywne wspomaganie badań nad strukturą białek.

Wśród podstawowych modułów SPMP 2.0 wymienia się: modelowanie homologiczne białek, dokowanie białko-białko, modelowanie oraz modelowanie de novo.

Więcej informacji na stronie Selvita Protein Modeling Platform 2.0


Na podstawie materiałów prasowych Selvita.