Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu
PacBio opracowało nową platformę CIDER-Seq do sekwencjonowania kolistych cząsteczek DNA
PacBio opracowało nową platformę CIDER-Seq do sekwencjonowania kolistych cząsteczek DNA

CIDER-Seq (Circular DNA Enrichment sequencing) to technologia sekwencjonowania oraz algorytm umożliwiający analizę sekwencji małych, kolistych cząsteczek DNA. Badania prowadzone z wykorzystaniem tej metody pozwoliły na dokładną charakterystykę materiału genetycznego wirusów infekujących rośliny (umożliwiają określenie taksonomii wirusów i badania ewolucyjne wirusów). Obecnie trwają prace nad wykorzystaniem tej techniki do sekwencjonowania plazmidów bakteryjnych oraz wirusów infekujących zwierzęta. Jeden z projektów dotyczy badań nad wirusem brodawczaka ludzkiego.

 

CIDER-Seq jest nową metodą sekwencjonowania oferowaną przez PacBio. Metoda polaga na wzbogaceniu materiału (z pominięciem PCR) i sekwencjonowaniu pojedynczych, kolistych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym. Długość odczytu to około 1200 nukleotydów. CIDER-Seq umożliwi lepszą analizę genomów bakterii i wirusów, a także pozachromosomalnego kolistego DNA u ssaków i roślin (ang. extrachromosomal circular DNA, eccDNA). eccDNA może odgrywać pewną rolę w rozwoju i przebiegu nowotworów. Zastosowanie tej techniki może przyczynić się do poznania jego roli w tym procesie. 

Równolegle do badań nad kolistymi cząsteczkami DNA prowadzone są prace pod kątem zastosowania techniki w sekwencjonowaniu cząsteczek RNA. Szacowany koszt CIDER-Seq jest 17-krotnie mniejszy od konwencjonalnych metod sekwencjonowania następnej generacji czy sekwencjonowania Sangera. Więcej informacji o projekcie znajdziecie w pracy: "Full-length sequencing of circular DNA viruses and extrachromosomal circular DNA using CIDER-Seq".

KOMENTARZE
Newsletter