CIDER-Seq jest nową metodą sekwencjonowania oferowaną przez PacBio. Metoda polaga na wzbogaceniu materiału (z pominięciem PCR) i sekwencjonowaniu pojedynczych, kolistych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym. Długość odczytu to około 1200 nukleotydów. CIDER-Seq umożliwi lepszą analizę genomów bakterii i wirusów, a także pozachromosomalnego kolistego DNA u ssaków i roślin (ang. extrachromosomal circular DNA, eccDNA). eccDNA może odgrywać pewną rolę w rozwoju i przebiegu nowotworów. Zastosowanie tej techniki może przyczynić się do poznania jego roli w tym procesie.
Równolegle do badań nad kolistymi cząsteczkami DNA prowadzone są prace pod kątem zastosowania techniki w sekwencjonowaniu cząsteczek RNA. Szacowany koszt CIDER-Seq jest 17-krotnie mniejszy od konwencjonalnych metod sekwencjonowania następnej generacji czy sekwencjonowania Sangera. Więcej informacji o projekcie znajdziecie w pracy: "Full-length sequencing of circular DNA viruses and extrachromosomal circular DNA using CIDER-Seq".
KOMENTARZE