O ile odkrycia naukowe nie są wynikiem czystego przypadku, u ich podstaw zawsze leży pewnego rodzaju filozofowanie. Przez filozofowanie można rozumieć sam proces poznawczy w poszukiwaniu odpowiedzi na pytania, stawianie hipotez naukowych czy wyciąganie uogólniających wniosków, które pozwalają dalej decydować, czy dane zjawisko jest prawdziwe czy nie. W tym kontekście, nawet ścisły umysł naukowca zawsze w pewnym stopniu filozofuje – na przykład kiedy doświadcza pewnej niepewności co do wyciąganych wniosków, albo kiedy poszukuje logicznych argumentów przy odrzucaniu lub popieraniu jakiejś teorii.

Inteligentny projekt (ang. intelligent design, ID) to teoria, której bardzo obszerny opis znaleźć można w Wikipedii. Na jego podstawie, przytoczę tu najważniejsze cechy tej koncepcji:

„Jest to pseudonaukowa koncepcja filozoficzna, która utrzymuje, że wyjaśnieniem dla pewnych cech Wszechświata i żywych organizmów jest siła sprawcza – „inteligentna przyczyna”, a nie tylko działające samoistnie niesterowane procesy przyrodnicze, takie jak dobór naturalny i ewolucja. (…) Wbrew powszechnemu mniemaniu, koncepcja ta nie stoi w opozycji do teorii Darwina, jako że ta ostatnia jest teorią ściśle biologiczną, opisującą tylko mechanizmy zmian, a nie ich przyczynę czy celowość. (…) W sensie ścisłym, inteligentny projekt to twierdzenie, że możemy odróżniać cechy powstałe w wyniku procesów czysto naturalistycznych, bez żadnego udziału inteligencji od tych, w których powstanie zaangażowany musiał być jakiś rozumny czynnik.”

Na dzień dzisiejszy, koncepcja ta uznawana jest przez większą część świata naukowego za teorię pseudonaukową, ze względu na odwołanie do argumentu teologicznego (w którym Bóg, w myśl pewnej poprawności, nazywany jest „inteligentną przyczyną”) oraz kojarzona jest z uszytą na miarę naszych czasów kontynuacją myśli kreacjonistycznej. Zwolennicy teorii - wśród nich także współcześni naukowcy – zaprzeczają, jakoby ID była formą kreacjonizmu, a także przekonują, że teorię można badać empirycznie bez odnoszenia się do religijnych źródeł.

W sensie naukowym, teoria posługuje się takimi terminami jak: nieredukowalna złożoność – idea układów (np. komórki), w których brak danego elementu powoduje utratę funkcjonalności systemu (są one więc nieredukowalnie złożone); ukierunkowana złożoność – zbiór cech obiektu będącego efektem działania inteligencji; zasada antropiczna (precyzyjne dostrojenie Wszechświata) – koncepcja kosmologiczna, wedle której fundamentalne stałe fizyczne mają dokładnie takie wartości, aby umożliwić powstanie życia, jakie znamy. Inteligenty projekt zakłada, że stosując pewne kryteria można empirycznie rozpoznać cechy powstałe w wyniku rozumnego działania i odróżnić je od cech powstałych w wyniku bezrozumnego procesu doboru naturalnego. Znalezienie i skuteczne zastosowanie takich kryteriów pozwoliłoby wnioskować o powstaniu większości systemów biologicznych według rozumnego projektu. Największą wadą teorii jest jednak to, że takich kryteriów jak dotąd nikt nie wyznaczył.

Zwolennicy neodarwinizmu jako jedynej teorii wyjaśniającej powstanie organizmów żywych powiedzą, że dowodem na brak inteligentnej przyczyny jest cały szereg tzw. „błędów ewolucji”, czyli niedoskonałych rozwiązań w przyrodzie będących m. in. przyczyną wymierania gatunków. Wszystkie główne założenia teorii Darwina - ewolucja, gradualizm, specjacja, wspólne pochodzenie i dobór naturalny – są obecnie w pełni testowalne i dostarczają sprawdzalnych prognoz co do pochodzenia gatunków i różnorodności życia na Ziemi. Ewolucja znajduje ponadto potwierdzenie na poziomie molekularnym, a nawet można ją obserwować w czasie rzeczywistym, np. w hodowlach bakteryjnych. Z drugiej strony, teoria powstania Wszechświata, a więc znajdująca obecnie uznanie Teoria Wielkiego Wybuchu sama w sobie zawiera nieuniknione pytanie „co było przed?”.

Albo weźmy inny, nieskomplikowany (autorski) przykład: Hodowla ras psów jest wynikiem doboru sztucznego prowadzonego przez człowieka. Załóżmy jednak, że człowiek, wyhodowawszy pewną rasę o zbiorze precyzyjnie dobranych, zaplanowanych cech, pozostawił ją na odseparowanej wyspie, gdzie rasa ta przetrwała i ewoluowała przez tysiące lat dając nowy gatunek. Po tym czasie, hipotetyczna nowa cywilizacja odkryje ten nowy gatunek i – nie znając jego historii – uzna go za wynik działania jedynie doboru naturalnego, przy słusznym założeniu, że wszystkie psowate (także ten) miały wspólnego przodka. Nie zmienia to jednak faktu, że na pewnym etapie zadziałała tu inteligentna przyczyna – w tym wypadku człowiek – bez której ten konkretny gatunek nigdy by nie powstał i nie przetrwał w środowisku.

Tego typu łamigłówki intelektualne nie muszą być wyrazem słabości lub próbą obalenia panującego porządku, czy poddaniem w wątpliwość faktów naukowych – ale mogą być procesem twórczym i motywacją do stawiania kolejnych pytań.

Inteligentny projekt to tylko jeden z przykładów pokazujących, że naukowiec powinien stale czuwać i mieć świadomość, że to co wystaje nad wodę, to tylko czubek góry lodowej. Więcej o filozofowaniu w laboratorium już wkrótce.