Kongres zorganizowany był przez krakowski Instytut Farmakologii Polskiej Akademii Nauk oraz Wydział Lekarski Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medicum, pod Honorowym Patronatem Prezydenta Miasta Krakowa Jacka Majchrowskiego, JM Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego Prof. dr hab. Wojciecha Nowaka oraz Prezesa Polskiej Akademii Nauk Prof. dr hab. Jerzego Duszyńskiego. Nadzór nad programem naukowym Kongresu objęła Prof. dr hab. Małgorzata Filip z Instytutu Farmakologii PAN. 

W Kongresie wzięło udział 250 uczestników z wielu ośrodków naukowych kraju i zagranicy (19 krajów Europy, Azji oraz Ameryki Północnej i Południowej), wśród nich byli lekarze – klinicyści różnych specjalności, farmaceuci, farmakolodzy, biolodzy, chemicy oraz studenci. Czołowi specjaliści polscy
i zagraniczni przedstawili najnowsze odkrycia i osiągnięcia w zakresie strategii biomedycznych, które mogą przyczynić się do poszerzenia i pogłębienia wiedzy związanej z patogenezą, diagnostyką
i terapią chorób ośrodkowego układu nerwowego, cukrzycy oraz schorzeń endokrynologicznych
i nowotworowych.

Gościem Specjalnym Kongresu był laureat Nagrody Nobla (2012) w dziedzinie chemii Prof. Brian Kobilka (Stanford University, USA). W trzecim dniu Kongresu wygłosił on wykład plenarny zatytułowany „Structural insights into G protein coupled receptor activation - implications for drug discovery”.

Wykłady plenarne wygłosili również: Kaplana M. Merchant (Purdue University, USA), Kjell Fuxe (Karolinska Institute, Szwecja), Jan Lubiński (Pomorski Uniwersytet Medyczny, Polska), Herbert Y. Meltzer (Northwestern University, USA) oraz Anton Bespalov (Partnership for Assessment and Accreditation of Scientific Practice, Niemcy).

Kongres zakończył się ceremonią wręczenia nagród dla młodych naukowców za najlepszy referat oraz poster.

Sponsorami i wystawcami Kongresu były firmy: Selvita, Meranco, Genomed, STEMCELL Technologies, Bio-Rad, TK Biotech, Immunogen Polska, BioKom, AnimaLab, KAWA.SKA, EURx oraz GLISTEN (COST Action CM1207).

II Środkowoeuropejski Kongres Biomedyczny jest kontynuacją międzynarodowych spotkań naukowych rozpoczętych w 2014 roku w Budapeszcie. Następny Kongres planowany jest za dwa lata. Więcej informacji na www.cebc2016.com.