Jednym z najczęściej wysuwanych zastrzeżeń co do żywności modyfikowanej genetycznie jest jej niebezpieczeństwo dla ludzkiego zdrowia. Konkretnie przeciwnicy GMO zarzucają tym produktom właściwości alergenne, wywołujące różnego typu reakcje uczuleniowe. Jako przykład często podaje się modyfikowaną soję, która uczula ludzi mających również alergię na orzechy brazylijskie. Jest to spowodowane obecnością w soi takiego samego genu, jaki posiadają orzechy - kodującego białko zawierające aminokwas metioninę. Nie jest to jednak argument na większą szkodliwość roślin transgenicznych dla zdrowia. Na wzrost ilości alergików na świecie wpływ mają takie czynniki, jak dym papierosowy, industrializacja czy nawet infekcje. Na pewno jednak nie jest to wina spożywanych przez nas produktów. Uczulenie zarówno na żywność modyfikowaną, jak i niemodyfikowaną jak skutkiem, a nie przyczyną.

Inną z wyrażanych obaw jest to, że powstające na drodze inżynierii genetycznej białka mogą być nowymi, dotąd nieznanymi alergenami lub toksynami, które po spożyciu przez człowieka mogą wywołać spustoszenie w organizmie. Osoby obawiające się takiego przebiegu wypadków nie mają jednak z reguły świadomości, iż wszystkie przeznaczone do spożycia produkty GM są przed wypuszczeniem na rynek poddawane bardzo restrykcyjnym, wieloetapowym badaniom, które mają za zadanie wykluczenie wyżej opisanego rozwoju wydarzeń. Na samym początku badany produkt poddaje się testom za pomocą wyspecjalizowanych programów komputerowych, dzięki którym można ocenić podobieństwo pomiędzy sekwencją testowanego produktu a wszelkimi znanymi alergenami. Drugim etapem badań są testy in vitro z użyciem enzymów, białek receptorowych lub specjalnie do tego celu hodowanych linii komórkowych. Ich wyniki wskazują, czy produkt powoduje niekorzystne zmiany w metabolizmie komórkowym lub tworzenie się toksyn. Na koniec przeprowadzane są badania in vivo na zwierzętach. W niektórych przypadkach aranżuje się również testy kliniczne z udziałem ochotników. Dopiero po pozytywnym przejściu przez wszystkie etapy produkt GM dopuszczany jest do użycia.

Swego czasu głośna była również opinia, że zmienione genetycznie rośliny odporne na herbicyd Roundup kumulują go w swoich tkankach. Miało to skutkować spożywaniem przez ludzi tego szkodliwego środka. Jednak i tutaj mamy do czynienia z niedoinformowaniem. Odporność roślin na ten specyfik wywodzi się z obecności genu epsps, który odpowiada za wytwarzanie w roślinach enzymu rozkładającego Roundup, a dokładnie rzecz ujmując - herbicydu o nazwie glifosat wchodzącego w jego skład. Nie ma więc mowy o wiązaniu szkodliwych dla człowieka substancji w tkankach roślinnych.

Prawdą natomiast jest, iż rośliny transgeniczne są w stanie krzyżować się ze swoimi dzikimi pobratymcami, co może skutkować „wyrwaniem się” upraw modyfikowanych genetycznie spod kontroli. By temu przeciwdziałać ustanowiono specjalne przepisy regulujące minimalne odległości między polami, na których wysiewa się rośliny niemodyfikowane oraz GMO.

Dość duże emocje wywołuje możliwy wpływ organizmów GM na zwierzęta. Naukowcy od lat spierają się między sobą, czy spożywanie przez ptaki bądź owady roślin ze zmienionym genomem powoduje u nich negatywne skutki. Najszerzej chyba kojarzonym zagadnieniem są opublikowane kilka lat temu wyniki badań, według których uprawy GMO powodują zmniejszenie się okolicznych populacji pszczół nawet o 90%.  Jednocześnie znane są wypowiedzi samych pszczelarzy, którzy twierdzą, iż największym zagrożeniem dla rojów są zanieczyszczenia środowiska i to one właśnie są głównym mordercą pracowitych owadów.

Na koniec jeszcze jedna kość niezgody pomiędzy entuzjastami a przeciwnikami roślin modyfikowanych - „superchwasty”. Są to rośliny uodpornione na herbicydy, którymi opryskuje się GMO. Zgodnie ze zjawiskiem adaptacji, wzmożone stosowanie środków chemicznych spowodowało wypracowanie u chwastów strategii przeżycia - dokładnie na takiej samej zasadzie, na jakiej bakterie stają się coraz bardziej oporne na antybiotyki. Podobnie jak w przypadku bakterii, superchwasty z każdym rokiem są coraz trudniejsze do wytępienia. Nie zostawia się jednak tego problemu odłogiem: by zapobiec zbyt szybkiemu rozprzestrzenianiu się tych niewygodnych dla człowieka roślin doradza sie rolnikom sadzenie naprzemiennie upraw modyfikowanych oraz tradycyjnych (oczywiście niespokrewnionych ze sobą), co zmniejsza częstość uodparniania się chwastów na herbicydy, którymi rośliny GM są pryskane.

Upraw GMO przybywa, a wraz z ich rosnącym znaczeniem gospodarczym i obecnością w naszej codzienności pojawiają się pytania, o których jeszcze kilkadziesiąt lat temu nikt zapewne nawet nie myślał. Czy rośliny transgeniczne z genami pochodzenia zwierzęcego mogą być spożywane przez wegetarian, czy kłóci się to z ich światopoglądem? Czy każdy, nawet najmniejszy dodatek GMO do produktu powinien być wyraźnie oznaczany na opakowaniu? Czy patentowanie nowych odmian jest etyczne? A może każdy rolnik powinien mieć swobodny dostęp do wszystkich nasion roślin modyfikowanych? Świat się zmienia, populacja ludzi na Ziemi rośnie, a nowych areałów pod uprawę nie pojawia się więcej. Z uwagi na większą wydajność rośliny transgeniczne są naszą przyszłością, będącą w stanie uchronić nas od klęski głodu. Musimy więc nauczyć się z nimi żyć, a najlepszą drogą do akceptacji jest zrozumienie.