Zakład Biochemii Glikokoniugatów

Jednostka: Wydział Biologii i Nauk o Ziemi

Kategoria: środowisko

Słowa klucze (tagi): glikozylacja białek, testy cytotoksyczności, elektroforeza SDS-PAGE

Tematyka badań naukowych:

• analizy glikozylacji białek komórkowych oraz pochodzących z płynów ustrojowych (śliny, krwi);
• analizy ekspresji glikozylotransferaz na poziomie białka i mRNA, zmiany glikozylacji zachodzące w przebiegu różnych chorób (głównie nowotworowej), pod wpływem leków (np. stosowanych w leczeniu immunosupresyjnym) oraz na skutek wyciszenia lub nadekspresji określonych białek;
• zastosowanie różnych związków syntetycznych (np. cis-platyny, dakarbazyny) oraz pochodzenia naturalnego w celu wywołania apoptozy komórek nowotworowych;
• wpływ różnych związków na proliferację, żywotność oraz właściwości migracyjne i adhezyjne komórek nowotworowych (np. adrenaliny, estrogenów).

Potencjalne zastosowanie prowadzonych badań naukowych:

• w dyspozycji kilkadziesiąt linii komórkowych czerniaka wyprowadzonymi z różnych etapów progresji nowotworu, które mogą stanowić model badawczy w ocenie cytotoksyczności oraz w badaniach zmian ekspresji danych białek (na poziomie mRNA, białka i komponenty cukrowej) pod wpływem działania związków chemicznych (np. leki, składniki kosmetyków), biologicznych lub fizycznych (np. promieniowania UV, temperatury, wilgotności);
• możliwość wykonania analizy ekspresji danych białek (na poziomie mRNA, białka i komponenty cukrowej) na materiale ludzkim lub zwierzęcym (np. płyny ustrojowe, fragmenty tkanek, materiał pochodzący z biopsji).

Aparatura badawcza dostępna do działalności komercyjnej:

• komora z laminarnym przepływem powietrza (bezpieczeństwa biologicznego) Nu-440-400E (rok i miejsce produkcji: 2011, USA);
• inkubator CO2 Lab-Line Instruments 490-1CE (rok i miejsce produkcji: 2001, USA);
• mikroskop odwrócony Axiovert 40 CFL, Zeiss (rok i miejsce produkcji: 2008, Niemcy);
• automatyczny licznik komórek Bio-Rad (rok i miejsce produkcji: 2010, Anglia);
• autoklaw SterilClave 18BHD, Cominox (rok i miejsce produkcji: 2010, Włochy);
• komora laminarna z jednokierunkowym przepływem powietrza ESCO APC-2A1 (rok i miejsce produkcji: 2003, Singapur);
• termocykler MJ Research PTC-200 (rok i miejsce produkcji: 1997, USA);
• Real Time PCR StepOne Plus, Applied Biosystems (rok i miejsce produkcji: 2005, Singapur);
• sprzęt do elektroforezy kwasów nukleinowych, Bio-Rad i Sigma Aldrich (rok i miejsce produkcji: Bio-Rad 2003, Chiny; Sigma 2004, Anglia);
• transiluminator wraz z systemem dokumentacji i komputerowej analizy obrazu, Uvitec (rok i miejsce produkcji: 2002, Anglia);
• sprzęt do SDS-PAGE i WB, Bio-Rad i Sigma Aldrich (rok i miejsce produkcji: Bio-Rad 2003, Włochy/Chiny; Sigma 2004, Anglia);
• aparat do chemiluminescencji GeneGnome, Syngen (rok i miejsce produkcji: 2012, Anglia);
• liofilizator Labconco (rok i miejsce produkcji: 2003, USA);
• cytometr przepływowy Becton Dickinson FACS Calibur (rok i miejsce produkcji: 2005, Belgia);
• wirówki: MPW 350R (rok i miejsce produkcji: 2005, Polska), Hettich 22R (rok i miejsce produkcji: 2002, Niemcy), Labofuge 400R, Heraeus (rok i miejsce produkcji: 2006, Niemcy).

Potencjalne usługi badawcze:

• testy cytotoksyczności związków o różnym pochodzeniu na liniach komórkowych w hodowlach in vitro;
• analizy zmian glikozylacji białek (komórkowych oraz izolowanych z płynów ustrojowych) zachodzące pod wpływem różnych związków lub zachodzące w przebiegu chorób;
• analizy właściwości adhezyjnych i migracyjnych komórek.

Stosowane metody i techniki badawcze:

• elektroforeza SDS-PAGE i WB;
• cytometria przepływowa;
• mikroskopia konfokalna;
• PCR i Real Time PCR;
• transfekcja komórek;
• hodowle komorek in vitro.

Kontakt: cittru@uj.edu.pl

__________________________________________________________________________________________________

Department of Glycoconjugate Biochemistry

Faculty: Faculty of Biology and Earth Sciences

Category: environment

Catchword (tags): glycosylation changes, cytotoxicity tests, SDS-PAGE electrophoresis

Scientific research subjects:

• analyses of glycosylation of cancer cell and glycoproteins from body fluids (saliva, blood);
• analyses of expression of glycosylotransferases at protein and nucleic acid levels, alterations of glycosylation occurring during various diseases (especially cancer), after administration of drugs (e.g. drugs used in immunosuppressive therapy) and after silencing or overexpression of particular proteins;
• an application of different synthetic chemicals (e.g. cis-platin, dacarbazine) and natural compounds to induce apoptosis of tumour cells;
• effects of various compounds on cell proliferation, viability, tumour migration and adhesion properties (e.g. adrenaline, estrogens).

Potential application of scientific research:

• in possession of several dozens of melanoma cell lines derived from different stages of tumor progression that can serve as models for the assessment of cytotoxicity and in studies of protein expression (at mRNA, protein and oligosaccharide levels) under the influence of chemical compounds (e.g. drugs, cosmetic ingredients), biological or physical properties (such as UV radiation, temperature, humidity);
• the possibility to perform analyses of protein expression (at mRNA, protein and sugar component levels) in human or animal specimens (e.g. body fluids, tissue sections, biopsy material).

Research apparatus available to commercial activity:

• laminar air flow chamber (Nu-440-400E, USA, 2011); 
• incubator CO2 (Lab-Line Instruments 490-1CE, USA, 2001);
• inverted microscope (Axiovert 40 CFL, Zeiss, Germany, 2008);
• automated cell counter (Bio-Rad Laboratories, 2010);
• autoclave (SterilClave 18BHD, Cominox, 2010);
• laminar chamber (ESCO APC-2A1, Singapur, 2003);
• thermal cycler (MJ Research PTC-200, USA, 1997);
• Real Time PCR (StepOne Plus, Applied Biosystems, Singapur, 2005);
• nucleic acids electrophoresis equipment Bio-Rad and Sigma Aldrich (Bio-Rad Laboratories 2003; Sigma, 2004);
• transilluminator (Uvitec, 2002);
• SDS-PAGE and WB equipment, Bio-Rad and Sigma Aldrich (Bio-Rad Laboratories, 2003; Sigma, 2004);
• GeneGnome Bio Imaging System for Chemiluminescence (Syngene, 2012); 
• FreeZone Freeze Dry Systems (Labconco, USA, 2003);
• flow cytometer (Becton Dickinson FACS Calibur, 2005);
• centrifuges: MPW 350R (2005),Hettich 22R (2002), Labofuge 400R (2006).

Potential research services:

• cytotoxicity tests of different compounds on cell lines cultured in vitro;
• analyses of glycosylation changes (cell glycoproteins and proteins isolated from body fluids) under an influence of various compounds and during various diseases;
• analyses of cell properties such as adhesion and migration.

Methods and research techniques:

• SDS-PAGE electrophoresis and WB;
• flow cytometry;
• confocal microscopy;
• PCR and real-time PCR;
• transfection of cells;
• in vitro cell culture.

Contact: cittru@uj.edu.pl