Zakład Biochemii Analitycznej

Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

Tematyka badań naukowych:

• Charakterystyka biochemiczna i strukturalna czynników wirulencji gronkowców, głównie sekrecyjnych enzymów proteolitycznych;
• Charakterystyka biochemiczna i strukturalna proteaz (głównie bakteryjnych) oraz ich białkowych inhibitorów;
• Charakterystyka peptydów antybakteryjnych, bakteriocyn i hemolizyn: ich izolowanie, oczyszczanie, sekwencjonowanie i charakterystyka biochemiczna;
• Badania nad hemocydynami - peptydami o aktywności antybakteryjnej pochodzącymi z białek zawierających hem;
• Badania roli układów toksyna-antytoksyna u gronkowców.

Potencjalne zastosowanie prowadzonych badań naukowych:

• Izolacja i charakterystyka białek i peptydów;
• Sekwencjonowanie białek i peptydów;
• Prace z zakresu biologii molekularnej, ekspresji białek w układach heterologicznych oraz badania porównawcze nad proteomami bakterii.

Aparatura badawcza dostępna do działalności komercyjnej:

• Zestawy chromatografów cieczowych niskociśnieniowych firm Pharmacia i BioRad, zestaw FPLC firmy Pharmacia oraz trzy zestawy HPLC (firm Dionex oraz Waters) z detektorami spektrofotometrycznymi i fluorescencyjnymi;
• Automatyczny sekwenator białek Procise 491 (Applied Biosystems);
• Zestawy elektorforetyczne i Western blot 1D i 2D (BioRad);
• Pełne zaplecze do badań z zakresu biologii molekularnej i mikrobiologii (w tym komory laminarne i termocyklery).

Stosowane metody i techniki badawcze:

• Techniki chromatografii podziałowej: w układzie odwróconych faz, jonowymiennej, hydrofobowej, powinowactwa oraz filtracji żelowej, w odmianach niskociśnieniowej, średniociśnieniowej (FPLC) oraz wysokociśnieniowej (HPLC);
• Sekwencjonowanie białek i peptydów za pomocą degradacji Edmana z użyciem automatycznego sekwenatora;
• Techniki elektroforetyczne 1D i 2D wraz z barwieniem różnicowym DIGE;
• Techniki biologii molekularnej oraz ekspresji białek (amplifikacje fragmentów kwasów nukleinowych, klonowanie, oznaczanie poziomu ekspresji genów, przygotowywanie konstruktów plazmidowych, wprowadzanie i wyłączanie genów, produkcja białek rekombinowanych w Escherichia coli oraz bakteriach Gram-dodatnich i w komórkach drożdżowych).

Kontakt: cittru@uj.edu.pl

_________________________________________________________________________________________________

Department of Analytical Biochemistry

Faculty of Biochemistry, Biophysics and Biotechnology

Scientific research subjects:

• Biochemical and structural characterization of bacterial virulence factors, mainly proteolytic enzymes from S. aureus;
• Biochemical and structural characterization of natural protein inhibitors of bacterial peptidases;
• Antibacterial peptides, bacteriocins and hemolysins: isolation, purification, amino acid sequence and biochemical characterization;
• Studies on hemocidins – antibacterial peptide fragments of hemoglobin;
• Studies of the role of toxin-antitoxin systems in staphylococci.

Potential application of scientific research:

• Isolation and characterization of proteins and peptides;
• Sequencing of proteins and peptides;
• Molecular biology, protein expression, studies on differential proteomes of microorganisms.

Methods and research techniques:

• Chromatographic techniques: reversed phase chromatography, gel filtration, ion exchange and hydrophobic interactions chromatography, at low-, medium- (FPLC) and high-pressure (HPLC) variants;
• Sequencing of proteins and peptides using an automatic protein sequencer;
• All variants of electrophoretic techniques, including 1D, 2D and differential DIGE staining;
• Molecular biology techniques: nucleic acid amplification, molecular cloning, qualitative and quantitative determination of gene expression, construction of plasmid vectors, gene manipulations (introduction and knock-out), recombinant proteins production in prokaryotic (Escherichia coli, Bacillus subtilis, Staphylococcus sp.) and eukaryotic (Pichia pastoris) hosts.

Contact: cittru@uj.edu.pl