Ośrodek Badań Genetycznych i Nutrigenomiki

Małopolskie Centrum Biotechnologii

Tematyka badań naukowych:

• opracowanie nowych markerów diagnostycznych i metod terapii chorób rzadkich oraz chorób cywilizacyjnych (otyłość, cukrzyca, choroby układu krążenia, nowotwory) i chorób neurodegeneracyjnych;
• badania dotyczące wpływu składników diety i leków na zmianę ekspresji genów.

Potencjalne zastosowanie prowadzonych badań naukowych:

• diagnostyka i terapia chorób rzadkich oraz chorób cywilizacyjnych i neurodegeneracyjnych;
• bezpieczna analiza komórek lub ich grup w m.in. patologii, biologii komórki, onkologii, medycynie sądowej, genetyce, immunologii, badaniach żywności, neurobiologii, diagnostyce prenatalnej, mikrobiologii i wirusologii, farmakogenomice.

Aparatura badawcza dostępna do działalności komercyjnej:

W pracowniach w oparciu o standardy GLP/GMP powstały laboratoria wyposażone w nowoczesną aparaturę umożliwiającą prowadzenie zaawansowanych badań z zakresu genetyki i biologii molekularnej, w tym:

• przychodnia dla pacjentów i pokój zabiegowy wyposażony w urządzenie do pomiaru zawartości tkanki tłuszczowej;
• bank DNA wyposażony w robot do izolacji DNA z krwi, kożuszka leukocytarnego i wymazu z wewnętrznej strony policzka, możliwość izolacji z materiału twardego np. kości. Przechowywanie próbek sterowane komputerowo w systemie StarLims możliwe w parch ciekłego azotu i w -80^oC;
• system do mikrodysekcji laserowej Applied Biosystems® ArcturusXT Laser Capture Microdissection System sprzężony z mikroskopem optycznym Nikon Eclipse Ti-E;
• pracownia hodowli komórkowej wyposażona w 2 systemy cytometrii przepływowej ApoGee (mikrocząstki) oraz Beckman Coulter (komórki);
• mikroskop fluorescencyjny przystosowany do analiz typu Fish;
• PCRs, RT-PCR Quantstudio wyposażone w bloki 96 i 384 typu fast oraz TLDA;
• Luminex 200;
• system do analizy mikromacierzy genetycznych Agilent G2565CA Microarray Scanner - bioanalizator, piec hybrydyzacyjny i skaner oraz specjalistyczne oprogramowanie;
• 8-kanałowy spektrofotometr Nanodrop do analizy DNA/RNA i białek;
• sangerowski sekwenator 8-kapilarny;
• IonTorrent i IonProton 2 systemy sekwencjonowania NGS.

Potencjalne usługi badawcze:

• badania na ludziach, zwierzętach, roślinach i w hodowlach komórkowych;
• magazynowanie materiału w Banku na zlecenie;
• badania zmienności genów, wykrywanie mutacji punktowych, sekwencjonowanie genów, sekwencjonowanie genomów w technologii sekwencjonowania następnej generacji (NGS), wykrywanie aberracji chromosomowych techniką macierzową CGH, analizy fragmentów (badanie ojcostwa, himeryzm hematopoetyczny), analizy wrażliwości na leki (farmakogenomika), analizy ekspresji genów (badanie ekspresji genów techniką Real-Time PCR i mikromacierzy), wykrywania zakażeń wirusowych, bakteryjnych lub grzybowych w oparciu o techniki RT-PCR itp.

Stosowane metody i techniki badawcze:

• badania kliniczne i eksperymentalne;
• ekspresja genów: Real-Time PCR, mikromacierze;
• badanie zmienności genomów: RT-PCR, RFLP;
• Luminex 200, sekwencjnowanie Sangerowskie, Ion-Torrent, IonProton;
• profilowanie mRNA, Metylacja DNA. Mikrodyssekcja laserowa komórek z bloczków parafinowych i mrożeniowych.

Wykonywane zlecenia:

• zespół jest w trakcie realizacji międzynarodowego projektu BIOCLAIMS "BIOmarkers of robustness of metabolic homeostasis for nutrigenomics-derived health CLAIMS made on food", finansowanego przez Unię Europejską w ramach VII Programu Ramowego.
• współpraca w ramach usług naukowych z:

1. DF Medica Polska - wykonywanie analiz farmakogenomicznych na zlecenie osób prywatnych i szpitali
2. Zakładem Chemii Bioorganicznej, Polskiej Akademii Nauk z Łodzi - badanie wpływu nowych związków przeciwnowotworowych na ekspresję genów apoptozy.
3. Instytutem Chemii Fizycznej PAN Warszawa – badanie własności komórek hodowanych na powierzchniach pokrytych nanokompozytem z nanocząstkami złota
4. Politechnika Krakowska - oznaczanie genotypu mikroflory zanieczyszczającej wodę pitną.
5. Instytutem Zootechniki - oznaczanie ekspresji genów transportujących glukozę i kwasy tłuszczowe w jelitach cieląt i świń poddanych modyfikacjom dietetycznym.

Dodatkowe informacje:

• Zakład jest wpisany na listę laboratoriów genetycznych, jest jednostką szkolącą w zakresie laboratoryjnej genetyki medycznej. Kierownik jest specjalistą w tej dziedzinie.
• Zakład podlega standaryzacji międzynarodowej w diagnostyce cukrzycy monogenowej (EMQN- Manchester).

Kontakt: cittru@uj.edu.pl

_________________________________________________________________________________________________

Department of Genetic Research and Nutrigenomics

The Malopolska Centre of Biotechnology

Scientific research subjects:

• research aimed at developing new diagnostic markers and therapeutic approaches for rare diseases and lifestyle civilization diseases (obesity, diabetes, cardiovascular disease, cancer), neurodegenerative diseases;
• studies on the impact of dietary components and drugs on altering the gene expression.

Potential application of scientific research:

• diagnosis and treatment of rare diseases and diseases of civilization and neurodegenerative;
• safe analysis of cells or their groups, among others, pathology, cell biology, oncology, forensic medicine, genetics, immunology, food research, neuroscience, prenatal diagnosis, microbiology and virology and also pharmacogenomics.

Research apparatus available to commercial activity:

The labs based on the standards of GLP/GMP laboratories created and equipped with modern laboratory instruments allowing advanced research in the field of genetics and molecular biology, including:

• out-Patient-Clinic for study on patients - room equipped with a device to measure of body composition;
• DNA Bank equipped with a robot for the isolation of DNA from blood, buffy coat and smears on the inside of the cheek, the possibility of isolation of a hard material, eg. bone. Computer-controlled sample storage system STARLIMS possible storage liquid nitrogen and -80° C;
• laser capture microdissection system from Applied Biosystems® ArcturusXT Laser Capture Microdissection system coupled to the optical microscope Nikon Eclipse Ti-E;
• cell culture lab equipped with: Apogee flow cytometry systems (microparticles) and Beckman Coulter (cell) flow cytometry system;
• fluorescence microscope adapted to the Fish analysis;
• PCRs, RT-PCR Quantstudio with blocks 96 and 384 of fast and TLDA from Thermo Fisher;
• Luminex 200;
• the system for microarray analysis of genetic Agilent Microarray Scanner G2565CA - Bioanalyzer, hybridization oven and a scanner and GeneSpring Licence - specialized software;
• 8-channel Nanodrop spectrophotometer for DNA / RNA and proteins;
• sanger 8-capillary sequencer from Thermo Fisher;
• IonTorrent and IonProton 2 NGS sequencing systems from Thermo Fisher.

Potential research services:

• studies on humans, animals, plants and cell cultures;
• storage of the material at the Bank on demand;
• the study of variability of genes, detection of point mutations, gene sequencing, genome sequencing in next-generation sequencing technology (NGS), the detection of chromosomal aberrations matrix CGH technique, fragment analysis (paternity test, himeryzm hematopoietic), vulnerability analysis medicines (Pharmacogenomics), nalizy gene expression (study of gene expression by real-time PCR and microarray), detection of viral, bacterial or fungal based on RT-PCR quantification and identification of microorganisms in food and medicines based on RT-PCR analysis of hormones etc.

Methods and research techniques:

• clinical and experimental methods;
• Gene Expression Real-Time PCR, microarrays;
• an examination of diversity of genomes: RT-PCR, RFLP;
• Luminex 200, Ion-Torrent, IonProton;
• MRNA profiling, DNA methylation.

Additional information:

• The Department is on the list of genetics laboratories, is a unit under training in the field of medical genetics laboratory.
• The head of Department is a specialist in this field. The lab is subject of international standardization in the diagnosis of monogenic diabetes (EMQN- Manchester).

Contact: cittru@uj.edu.pl