Pomiary wykonujemy z wykorzystaniem spektrometrów masowych Applied Biosystems: 4800 Plus MALDI-TOF/TOF oraz 4000 QTRAP LC/MS/MS System. Dla systemu MALDI-TOF/TOF oznaczenia wykonywane są w zakresie 600 Da – 200 kDa z błędem pomiaru do 1000 ppm w trybie liniowym oraz 50 ppm w trybie z reflektorem. Aparat 4000 QTRAP LC/MS/MS przeznaczony jest do oznaczeń substancji niskocząsteczkowych od m/z 5, z rozdzielczością >3000 dla m/z 609, przy szybkości skanowania 250 amu/s. Spektrometr 4000 QTRAP połączony jest z chromatografem cieczowym UFLC firmy Shimadzu®. Oba spektrometry mas umożliwiają uzyskanie wysokiej jakości widm fragmentacyjnych, pozwalających na identyfikację analizowanej substancji.