Żelowa elektroforeza płytkowa jest tradycyjną techniką elektroforetyczną stosowaną w analizie jakościowej mieszanin białek. Rozdział cząsteczek zachodzi w żelu agarozowym lub poliakrylamidowym. Ze względu na skład użytego w trakcie elektroforezy buforu, analizę możemy prowadzić w warunkach denaturujących (SDS-PAGE) lub niedenaturujących (elektroforeza natywna).
Posiadamy także system Agilent 2100 Bioanalyzer umożliwiający przeprowadzenie elektroforezy na chipach. Jest to zminiaturyzowana, w pełni zautomatyzowana, wersja tradycyjnej elektroforezy płytkowej pozwalająca na ilościową i jakościową analizę mieszanin białek. Główne zalety tej techniki to zwiększona w stosunku do wersji tradycyjnej czułość, dokładność oraz możliwość wizualizacji wyników w postaci elektroforegramów.
Elektroforeza kapilarna jest techniką wywodzącą się od elektroforezy płytkowej. Zastosowanie kapilar krzemionkowych o małej średnicy pozwoliło na zautomatyzowanie procesu analitycznego, zwiększenie czułości, dokładności oraz rozdzielczości. Rozdział elektroforetyczny zachodzi na podstawie różnic w prędkościach migracji cząstek obdarzonych ładunkiem w stałym polu elektrycznym.
Posiadamy trzy systemy do elektroforezy kapilarnej firmy Beckman: PA800, PA800 plus i P/ACE MDQ, wyposażone w detektory UV, PDA oraz LIF. Aparaty posiadają automatyczny podajnik próbek z opcją chłodzenia. Kapilara jest termostatowana płynem chłodzącym w zakresie od 15°C do 60°C. Rozdział zachodzi w kapilarach krzemionkowych o wewnętrznej średnicy 50 lub 75 µm i długości od 20 do 50 cm, przy maksymalnym napięciu 30 kV, w trybie polaryzacji normalnej lub odwróconej. Systemy sterowane są automatycznie za pomocą komputera z oprogramowaniem 32 Karat. Aparaty umożliwiają wykonanie analiz z wykorzystaniem trzech technik: elektroforezy kapilarnej wolnostrefowej, kapilarnej elektroforezy żelowej i ogniskowania izoelektrycznego.