Projekt jest zatytułowany „Generatywny model fundamentalny ludzkiego mikrobiomu jelitowego do tworzenia cyfrowych bliźniaków i zastosowań biomedycznych” (oryg. z ang. „A generative foundation model of the human gut microbiome for digital twin development and biomedical applications”). – Dzięki microbiomeGPT uczymy się języka mikrobiomu jelitowego. Po opanowaniu tego języka będziemy mogli zrozumieć jego gramatykę – jak powinna wyglądać struktura mikrobiomu, jak wyrażać nowe pomysły, projektować nowe składy wspierające zdrowie oraz tworzyć cyfrowe bliźniaki naszych własnych mikrobiomów – wymienia dr Tomasz Kościółek, uznany bioinformatyk i ekspert w zakresie bioinformatyki strukturalnej i funkcjonalnej, badań mikrobiomu oraz uczenia maszynowego. Jego wkładem są m.in. rozwój DeepFRI (adnotacji funkcji białek na podstawie struktury 3D), QIIME 2 (platformy do analizy danych multi-omikowych mikrobiomu gotowej na AI) oraz liczne publikacje o wysokim wpływie w „Nature”, „Nature Communications”, „Nature Biotechnology” i innych.

Sano transformuje biomedycynę – od Gaia AI do cyfrowych bliźniaków mikrobiomu

Ta pionierska inicjatywa wykorzysta tworzenie spersonalizowanych cyfrowych bliźniaków do badań biomedycznych, diagnostyki, prewencji i optymalizacji terapii – koncepcji, którą szeroko wdrożą badacze Sano Centrum Medycyny Obliczeniowej w najbliższych latach, zgodnie z europejskimi priorytetami w zakresie cyfrowego zdrowia, medycyny precyzyjnej i symulacji obliczeniowych. – Projekt otwiera zupełnie nowy rozdział w nauce o mikrobiomie. Po raz pierwszy będziemy mogli modelować ekosystem mikrobiomu jelitowego człowieka, nie tylko obserwując go, ale generując nowe, hipotetyczne scenariusze – podobnie jak duże modele językowe robią to z tekstem. microbiomeGPT umożliwi klinicystom i badaczom przewidywanie ryzyka chorób, symulowanie efektów leczenia i projektowanie spersonalizowanych interwencji, zanim dojdzie do nich w świecie rzeczywistym – dodaje Katarzyna Baliga-Nicholson, Head of Innovation and Communication Sano. Aby ułatwić badania podstawowe i konstrukcję cyfrowych bliźniaków dostosowanych do polskiej populacji, Sano nabyło licencję na największe polskie badanie populacyjne mikrobiomu – Mapę Mikrobiomu Polski.

Kraków – biomedyczny hub innowacji

Coraz więcej wysokiej jakości badań bioinformatycznych pochodzi z Krakowa. Świetne badania wymagają kompleksowych lokalnych ekosystemów i właśnie taki jest budowany w Krakowie. Grupa Genomiki Strukturalnej i Funkcjonalnej z Sano wyznacza nowe standardy w obliczeniowych rozwiązaniach do lepszego zrozumienia biologii. Jest aktywną częścią tego dynamicznego środowiska obok innych kluczowych graczy, takich jak Małopolskie Centrum Biotechnologii (Uniwersytet Jagielloński), Cephares (Instytut Farmakologii im. Jerzego Maja PAN), Jagiellońskie Centrum Innowacji, prężne organizacje społecznościowe, jak Bioinformatics Community PL (BCPL) i Klaster LifeScience Kraków, oraz rozwijające się firmy deep-tech: Ardigen, Ryvu, onebiome, Intelliseq i inne. 

Międzynarodowa doskonałość i partnerstwa strategiczne

Projekt łączy wiodące instytucje badawcze i partnerów przemysłowych:

* prof. Elin Org, Uniwersytet w Tartu (Estonia) – dostęp do estońskiej bazy Estonian Microbiome Cohort i ekspertyza w badaniach mikrobiomu na dużą skalę populacyjną,

* prof. Ewa Szczurek, Helmholtz Munich i Uniwersytet Warszawski – doradztwo w zakresie głębokich generatywnych modeli AI i integracji multi-omiki,

* Diagnostyka S.A. – partner przemysłowy wiodący w diagnostyce medycznej w Polsce.

Prace nad projektem będą prowadzone w Sano przez Grupę Badawczą Genomiki Strukturalnej i Funkcjonalnej od 1 lipca 2026 r. do grudnia 2029 r.

Wzmacnianie AI dla zdrowia

Projekt FIRST TEAM dr. Tomasza Kościółka stawia Sano wśród światowych liderów w budowie modeli biologicznych napędzanych AI. Pierwszy na świecie generatywny model fundamentalny mikrobiomu jelitowego człowieka odblokowuje technologię cyfrowych bliźniaków do predykcyjnej diagnostyki, spersonalizowanych terapii i optymalizacji zdrowia. Powstająca „Dolina Mikrobiomu” w Krakowie ma szansę stać się europejskim liderem innowacji w medycynie precyzyjnej. 

Projekt współfinansowany przez Unię Europejską.