PRZYGOTOWANIE BIBLIOTEK DO SEKWENCJONOWANIA DNA.
NA SEKWENATORACH NOWEJ GENERACJI
Jednym z podstawowych zadań biologii molekularnej jest poznanie struktury i funkcji genomów. Rozwój metod pozwala sekwencjonować DNA coraz szybciej i dokładniej. Obecnie na rynku są aparaty kilku producentów – Illumina (MiSeq, HiSeq, NextSeq), Thermo Scientific (PMG, Proton), Pacific Biosciences (PACBIO RSII, Sequel), Oxford Nanopores (MinION, GridIon, PromethION). Mają one różne możliwości i ograniczenia. Użytkownicy mogą wybrać odpowiadający im aparat lub zlecić sekwencjonowanie. Kluczowym momentem, wspólnym dla wszystkich aparatów jest właściwe przygotowanie bibliotek. Niniejszy kurs umożliwi Państwu praktyczne i teoretyczne zapoznanie się z przygotowaniem bibliotek do sekwencjonowania DNA.
PROGRAM KURSU
I dzień |
|
09:00 – 09:10 |
Otwarcie kursu |
09:10 – 10:00 |
Przygotowanie DNA do sekwencjonowania na NGS i planowanie eksperymentów – wykład I |
10:00 – 10:40 |
Wydzielanie DNA – ćwiczenie 1 |
10:40 – 11:00 |
Pomiar ilości DNA – ćwiczenie 2 |
11:00 – 11:20 |
Fragmentacja DNA – ćwiczenie 3 |
11:20 – 12:00 |
Oczyszczanie fragmentowanego DNA – ćwiczenie 4 |
12:00 – 12:30 |
Ocena fragmentacji DNA – ćwiczenie 5 |
12:30 – 13:45 |
Przygotowanie bibliotek DNA do sekwencjonowania – wykład II |
13:45 – 14:00 |
Przygotowanie biblioteki – ćwiczenie 6 Część A. Naprawa końców pofragmentowanego DNA |
14:00 – 14:30 |
Przerwa |
14:30 – 15:00 |
Przygotowanie biblioteki – ćwiczenie 6 Część B. Oczyszczanie po naprawie końców |
15:00 – 15:15 |
Przygotowanie biblioteki – ćwiczenie 6 Część C. dA-Tiling |
15:15 – 16:00 |
Sekwenatory nowej generacji (NGS) – ich możliwości i ograniczenia w sekwencjonowaniu genomów - wykład III |
II dzień |
|
09:00 – 09:40 |
Przygotowanie biblioteki – ćwiczenie 6 Część D. Oczyszczanie po dA-tilingu |
09:40 – 10:30 |
Przygotowanie biblioteki – ćwiczenie 6 Część E. Ligacja adapterów |
10:30 – 11:10 |
Przygotowanie biblioteki – ćwiczenie 6 Część F. Oczyszczanie produktów ligacji |
11:10 – 11:25 |
Przygotowanie biblioteki – ćwiczenie 6 Część G. Amplifikacja biblioteki |
11:25 – 12:25 |
Resekwencjonowanie i składanie de novo genomów - wykład IV |
12:25 – 12:40 |
Przerwa |
12:40 – 13:20 |
Przygotowanie biblioteki – ćwiczenie 6 Część H. Oczyszczanie biblioteki |
13:20 – 13:50 |
Ocena wielkości wbudowanych fragmentów – ćwiczenie 7 |
13:50 – 14:00 |
Pomiar stężenia przygotowanej biblioteki – ćwiczenie 8 |
14:00 – 14:15 |
Interpretacja wyników |
14:15 |
Zakończenie |
Prowadzący: dr hab. Tadeusz Malewski,
Termin: 11 - 12 maja 2018 roku
Miejsce: Muzeum i Instytut Zoologii PAN, ul. Wilcza 64, Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 4 maja 2018 r.
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83; 607 929 471
Opłata za udział w kursie wynosi 1400 zł + 23% VAT
Opłata obejmuje:
Opłatę należy wpłacić na konto:
MBS Szkolenia, Konferencje, Usługi Sp. z o.o.
03-766 Warszawa, ul. Grajewska 6/8 m. 26
Bank Polska Kasa Opieki S.A. Oddział w Warszawie
80 1240 6074 1111 0010 4915 6042
NIP 113 286 12 19; REGON 146448470; KRS 0000444499
Przy wpłacie prosimy o podanie nazwiska osoby, której udział w kursie jest opłacany.
Uczestnicy otrzymają dyplom ukończenia szkolenia