Dnia 27 lutego 2009r. Minister Finansów – w odpowiedzi na uprzedni wniosek o zajęcie stanowiska w sprawie – skierował do Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego pismo Nr DD3/0680/31/IMD/09/BMI 9-1731, w którym zajmuje stanowisko w przedmiocie zasad opodatkowania dochodów osób fizycznych, pochodzących z realizacji prac w zakresie Programów Ramowych.

W piśmie, o którym mowa – działający w imieniu Ministra Finansów – Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów – Pan Maciej Grabowski wskazał, iż w celu rozwiązania narastającego problemu wydawania sprzecznych ze sobą interpretacji prawa podatkowego w sprawie opodatkowania dochodów uzyskanych z realizacji projektów Programów Ramowych, Ministerstwo Finansów skierowało do wszystkich izb skarbowych w kraju pismo potwierdzające, iż w stanie prawnym istniejącym obecnie, pełną aktualność zachowują tezy poprzedniego stanowiska Ministra

Finansów w tej sprawie, tj. pisma Nr PB5/IMD-033-21-1128/03 z dnia 27 czerwca 2003r. sporządzonego w odniesieniu do treści przepisu art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Jest to informacja niezwykle korzystna dla podatników i – jak się wydaje – powinna wyeliminować z obrotu prawnego sytuacje, w których izby skarbowe niesłusznie zawężały prawo do ww. zwolnienia podatkowego.

W swoim piśmie Minister Grabowski wskazuje ponadto, iż w celu indywidualnego potwierdzenia prawa do zwolnienia podatkowego, o którym mowa, podatnicy i płatnicy mogą występować o wydanie pisemnych interpretacji prawa podatkowego.

W tym celu izby skarbowe otrzymały także wskazówki dotyczące tego, jakie elementy winny być poddane analizie celem uznania zwolnienia podatkowego. Podkreślić w tym miejscu należy, że wystąpienie o wydanie pisemnej interpretacji prawa podatkowego jest uprawnieniem płatnika, czy podatnika, a nie ich obowiązkiem.

Wracając do tez ww. pisma Ministra z 2009r. przypomnieć trzeba jakich twierdzeń aktualność w piśmie tym potwierdzono. Otóż, w stanowisku Ministra z roku 2003 – dotyczącym art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych – wskazano wprost m.in., co następuje:

„Z przepisu ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wynika, iż omawiane zwolnienie adresowane jest jedynie do podatników bezpośrednio realizujących cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy.

Z uwagi na analogiczne zwolnienie przedmiotowe zawarte w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych bywa, że zakres zwolnienia w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych jest niesłusznie zawężany. Uważa się bowiem, że w sytuacji, gdy dochody osoby fizycznej pochodzą ze środków bezzwrotnej pomocy otrzymanej przez osobę prawną, korzystającą ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych (na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych), to dochody te nie podlegają zwolnieniu z uwagi na postanowienia lit. „b” w art. 21 ust. 1 w pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Jednakże dochody pracowników, uzyskiwane na podstawie umowy o pracę, jak i podatników bezpośrednio realizujących cel programu w ramach innej umowy zawartej z osobą prawną (na przykład umowy zlecenia), która „pierwsza” otrzymała bezzwrotną pomoc zwolnioną na podstawie ww. przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, korzystają ze zwolnienia określonego w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych pod warunkiem, że osoby te realizują cel programu.”

Pełną treść pisma Ministra Finansów z roku 2003 oraz aktualnego pisma z 27 lutego 2009r. pobrać można ze strony głównej portalu Krajowego Punktu Kontaktowego Programów Badawczych UE – www.kpk.gov.pl .

Dostępna jest tam także treść uprzedniego wniosku Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego kierowanego do Ministra Finansów o zajęcie stanowiska w sprawie.