Badania naukowca skoncentrowały się na cienkiej skórce chroniącej miękisz pomidora, zwaną inaczej kutykulą. Zawiera ona głównie tłuszcze oraz woskopodobne substancje. W zwykłym czerwonym pomidorze warstwa ta gromadzi dużą ilość antyoksydantów, znanych flawonoidami. Jest to pierwsza linia obrony rośliny wolnymi rodnikami. Ponadto niektóre związki flawonoidowe nadają pomidorom jasno żółty odcień naskórka. Jest to kolor nieobecny w różowej kutykuli mutantów.

Używając unikatowy sprzęt laboratoryjny, Aharoni i jego współpracownicy byli w stanie szybko i efektywnie oznaczyć setki substancji aktywnych, czyli metabolitów roślinnych. Dzięki interdyscyplinarnemu podejściu – metabolomice*, badaczom udało się stworzyć kompleksowy obraz wszystkich substancji występujących w zmodyfikowanej roślinie oraz porównać je tymi, które występują w zwykłym pomidorze.

Doświadczenia przeprowadzone przez zespoły dr. Avital Adato, dr. Ilana Rogachev oraz Tali Mendel wykazały, że różnica pomiędzy różową odmianą pomidora a czerwoną polega nie tylko na kolorze naskórka. Badacze zidentyfikowali około 400 genów, których poziom aktywności jest nieznacznie wyższy lub niższy w zmutowanych owocach pomidora. Jednak duże różnice w kolorze zarówno naskórka rośliny, jak i owocu, polegały na produkcji flawonoidów. Różowe pomidory zawsze miały mniej likopenu, czyli czerwonego pigmentu. Jest to również antyoksydant redukujący ryzyko zachorowań na raka, cukrzycę lub układu krążenia. Zmiany w składzie kwasów tłuszczowych w organizmie mutanta spowodowały pojawienie się cieńszej oraz elastyczniejszej skórki niż w zwykłym pomidorze.

Naukowcy odkryli, że za wszystkie wyżej wymienione zmiany może być odpowiedzialny jeden gen, znany jako SIMYB12. Jest to gen kontrolujący ekspresję całej sieci odcinków materiału genetycznego, w tym genu żółtej barwy naskórka owoców pomidora.

Zdaniem Aharoni, dzięki ich odkryciu będzie można wpływać na kolor owoców pomidora na wczesnych stadiach rozwoju rośliny, nawet przed jej kwitnięciem. Pozwoli to na stworzenie nowych egzotycznych odmian pomidorów w szybszym tempie. Zwykle proces ten zajmuje powyżej 10 lat.

* Metabolomika jest dziedziną nauki zajmującą się badaniem zestawu wszystkich metabolitów obecnych w organizmie, tkance, czy komórce - metabolomie.