Sektor farmaceutyczny odgrywa w Europie zasadniczą rolę jako przemysł oparty na wiedzy oraz źródło zwiększania dobrobytu. Jednak w ciągu ostatnich 25 lat Europa stopniowo przekształciła się ze światowej potęgi w dziedzinie badań farmaceutycznych w zaledwie cień samej siebie z przeszłości. Podczas gdy 25 lat temu europejski sektor farmaceutyczny produkował większość leków na rynku, obecnie 8 na 10 leków jest produkowanych w USA.

Według Nicole Fontaine, eurodeputowanej i byłej przewodniczącej Parlamentu Europejskiego, przemysł farmaceutyczny napotyka bardziej rygorystyczne regulacje i wyższe koszty niż jakikolwiek inny sektor przemysłowy. Opracowywanie nowych leków to także bardzo ryzykowne przedsięwzięcie. Średnio zaledwie jedna z 5000 - 10 000 obiecujących substancji przejdzie przez obszerne testy w fazie badań i rozwoju (B+R) i zostanie zatwierdzona jako odpowiedniej jakości, bezpieczny i skuteczny produkt rynkowy.

Ze względu na wysokie ryzyko związane z lekami ten sektor przemysłu jest również poddawany rygorystycznemu nadzorowi i procesom śledzenia pochodzenia leków, musi opłacać wysokie składki ubezpieczeniowe oraz przestrzegać surowych przepisów rejestracyjnych.

Kolejną przeszkodą dla przemysłu jest obowiązujący europejski system patentowy, w którym koszty ochrony patentowej są dwa do czterech razy wyższe niż w USA. Jest to częściowo związane z kosztami postępowań spornych oraz z koniecznością przetłumaczenia patentu na języki urzędowe każdego kraju, w którym produkt ma mieć ochronę patentową.

Wszystkie leki są opatentowane przez 20 lat. Jednak rosnące koszty - wraz z presją na obniżkę cen - coraz bardziej utrudniają wielu firmom farmaceutycznym zrekompensowanie swoich wydatków na B+R przed wygaśnięciem patentów. Fontaine twierdzi, że firmy farmaceutyczne potrzebowałyby przedłużenia 20-letnich okresów obowiązywania patentów, aby pokryć czas konieczny na uzyskanie zgody urzędu regulacyjnego.

Johan Vanhemelrijck, sekretarz generalny stowarzyszenia przemysłu biotechnologicznego EuropaBio zauważył, że obecne wysokie koszty ochrony patentowej, które wynoszą średnio 40 000 euro w UE, w porównaniu z poniżej 3000 euro w USA, wpływają bardzo demobilizująco na działalność innowacyjną, zwłaszcza w przypadku małych i średnich przedsiębiorstw (MŚP).

Vanhemelrijck uważa, że w dłuższej perspektywie patent wspólnotowy jest jedynym sposobem na zredukowanie kosztów, ale "w perspektywie krótkoterminowej musimy brać pod uwagę inne alternatywy". Jedną z alternatyw jest ratyfikacja protokołu londyńskiego, umowy umożliwiającej krajom-sygnatariuszom składanie wniosków patentowych zaledwie w trzech językach - angielskim, francuskim i niemieckim - zmniejszając w ten sposób liczbę potrzebnych tłumaczeń. Do protokołu przystąpiło dziesięć krajów i do obowiązywania umowy potrzebna jest jedynie ratyfikacja Francji.

Także zmienione zasady Komisji Europejskiej dotyczące udzielania pomocy państwowej na działalność badawczo-rozwojową mogą obniżyć koszty. Nowy system przewiduje pomoc na pokrycie niektórych kosztów patentowych ponoszonych przez MŚP, jak również pomoc dla młodych innowacyjnych przedsiębiorstw i zgrupowań innowacyjnych:

Francis Carpenter, dyrektor naczelnego Europejskiego Banku Inwestycyjnego (EBI) twierdzi, że nie zapewnia się wystarczających środków we wczesnym etapie inwestycji firm farmaceutycznych. Aby rozwiązać ten problem, Europejski Fundusz Inwestycyjny (EFI) uruchomił inicjatywę Akcelerator Transferu Technologii (TTA), w ramach której zapewnia się kapitał podwyższonego ryzyka na deficyt finansowania pomiędzy finansowaniem badań i finansowaniem we wczesnym etapie działalności. Kilka organizacji europejskich już skorzystało ze wsparcia EIF, a według Carpentera wyniki wskazują, że są to dobrze wydane pieniądze. W sumie przeznaczono 50 milionów euro rocznie na kontynuowanie tej inicjatywy po początkowej fazie pilotażowej.

Debata na temat patentu wspólnotowego ma zostać wznowiona w 2007 r. podczas niemieckiej prezydencji UE.