We środę 24 lutego 2016 roku Komisja Cyfryzacji, Innowacyjności i Nowoczesnych Technologii rozpatrzyła raport, który dotyczył efektów działalności instytutów badawczych. Najwyższa Izba Kontroli (NIK) opublikowała wyniki kontroli ośmiu wybranych instytucji, ale w raporcie wykorzystano również dane ankietowe otrzymane od 107 innych instytutów badawczych. Ocenie została poddana efektywność ich funkcjonowania, ze szczególnym uwzględnieniem działalności naukowej oraz wdrożeniowej. Kontrolę przeprowadzono w okresie od 6 października 2014 roku do 19 lutego 2015 roku, a poddawany ocenie okres przypadł na lata 2010-2014.

Wykazano, że instytuty nie w pełni wykorzystują swój potencjał badawczy, gdyż działalność wdrożeniowa okazała się być zanikoma. W 2010 roku jednostki te zdobyły 27 patentów, w 2011 roku - 88, w 2012 roku - 54, a w 2013 roku - 46 patentów. Liderem okazał się być Instytut Ciężkiej Syntezy Organicznej „Blachownia” - jego pracownicy wdrożyli aż 40 wynalazków. Pomimo tego, że sama liczba opatentowanych wynalazków wzrosła dwukrotnie, nie przełożyło się to na wzrost ich wykorzystania – jedynie 20% z nich znalazło zastosowanie w praktyce. Ponadto tylko 5% zdobytych patentów stanowiły patenty zagraniczne, a te są szczególnie istotne dla polskiej gospodarki. W krajach o wysokim stopniu rozwoju za nieefektywne uważa się mniejsze niż 50% wykorzystanie uzyskanych patentów.

Faktem jest, że dotychczas prowadzony nadzór nad instytutami badawczymi był skoncentrowany głównie na kwestiach finansowych i organizacyjnych. Działalność naukowa i wdrożeniowa była ciągle na drugim planie. Po kontroli NIK nadzorujący ministrowie oraz dyrektorzy poinformowali, że rozpoczęli pracę nad poprawą funkcjonowania instytutów badawczych.