Firma VitaInsilica to doskonały zespół specjalistów z bioinformatyki, biologii molekularnej i biotechnologii. VitaInSilica to innowacyjny projekt rozwijany w Poznańskim Akademickim Inkubatorze Przedsiębiorczości przez pracowników i doktorantów Wydziału Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.

Głównym celem firmy VitaInSilica jest propagowanie i zachęcanie naukowców do stosowania narzędzi bioinformatycznych.

Skąd pomysł na założenie VitaInSilica?

Dr Anna Czerwoniec - Bioinformatyka stała się podstawową dziedziną nauki i niezbędną częścią badań molekularnych, biologicznych i medycznych. Dlatego analizy bioinformatyczne są wymogiem przy publikowaniu badań w zagranicznej prasie naukowej, a szczególnie w czasopismach z listy filadelfijskiej.

Bioinformatyka pozwala spojrzeć na badania z nowej perspektywy oraz odkryć w nich nową jakość. Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych skraca czas i pozwala precyzyjnie zaprojektować badania laboratoryjne, co zmniejsza nakłady finansowe i uatrakcyjnia prezentowane wyniki.

Jakie usługi świadczy firma VitaInSilica?

Dr Anna Czerwoniec - Misją VitaInSilica jest wspieranie naukowców w wykorzystywaniu narzędzi bioinformatycznych oraz projektowanie i tworzenie oprogramowania ułatwiającego pracę biologów. Ponadto, VitaInSilica oferuje szeroki wachlarz profesjonalnych szkoleń z zakresu bioinformatyki, które dostosowane są do poziomu i potrzeb kursantów.

Instytuty i placówki naukowe często nie posiadają własnych bioinformatyków, którzy przeprowadzą specjalistyczne analizy przy zachowaniu najwyższej jakości. Dlatego VitaInSilica oferuje naukowe wsparcie przy jednorazowych projektach lub też długoterminową i wielopoziomową współpracę. Z naszej strony zapewniamy całkowitą poufność i ochronę powierzonych danych.

Ponadto, oferujemy usługi podnoszące jakość oraz wydajność przepływu informacji i danych w laboratoriach (np. opracowanie systemów bazodanowych ułatwiających naukowcom dostęp do informacji).

Kto  jest odbiorcą Państwa usług?

Dr Anna Czerwoniec - Swoją ofertę kierujemy przede wszystkim do naukowych grup badawczych z branży „BIO”, ale jesteśmy również otwarci na współpracę z biznesem i działami badawczo-rozwojowymi firm farmaceutycznych. Nasi klienci to naukowcy prowadzący badania z dziedzin bio-medycznych chcący zwiększyć wartość naukową swoich analiz. To osoby chcące uczyć się nowych technik i poznawać narzędzia bioinformatyczne. Przede wszystkim, to naukowcy otwarci na najnowsze technologie stosowane przez wiodące światowe grupy badawcze.

Czy bazy danych i ich obróbka pozwalają na zachowanie poufności firmy zgłaszającej się do Państwa?

Dr Anna Czerwoniec - Korzystanie z ogólnie dostępnych biologicznych baz danych nie powoduje naruszenia poufności danych. Dane dostarczone do nas są wykorzystywane i obrabiane jedynie w obrębie naszej firmy w ramach analiz niezbędnych do zrealizowania potrzeb klienta i nie są przetwarzane za pomocą ogólnie dostępnych internetowych serwisów bioinformatycznych.

Jakie korzyści odnosi Państwa klient?

Dr Anna Czerwoniec - Analizy bioinformatyczne nie tylko podnoszą wiarygodność wyników, ale przede wszystkim pozwalają na prowadzenie zupełnie nowych badań. Połączenie biologii eksperymentalnej z teoretyczną daje możliwość tworzenia komputerowych modeli procesów biologicznych, bądź makromolekuł (np. białek i RNA), na podstawie których przeprowadzane są eksperymenty. W ten sposób prowadzone są najlepsze badania na całym świecie, które publikowane są  w wysoko indeksowanych czasopismach, zwłaszcza z tzw. „listy filadelfijskiej”. 

Jak szacujecie Państwo wielkość rynku usług bioinformatycznych?

Dr Anna Czerwoniec - Rynek usług bioinformatycznych ma w Polsce bardzo duży potencjał rozwojowy. Jednakże obecnie bioinformatyka rozwijana jest w Polsce jedynie w kilku najlepszych ośrodkach badawczych. Sprawia, to że istnieje ogromne zapotrzebowanie na usługi bioinformatyczne w jednostkach badawczych oraz działach badawczo-rozwojowych firm. Nasi klienci rozumieją szansę jaką daje wykorzystanie bioinformatyki. VitaInSilica, chcąc wypełnić lukę na polskim rynku usług bioinformatycznych i zachęca do współpracy najwyższej klasy specjalistów z różnych dziedzin.

Czym jest bioinformatyka?

Dr Anna Czerwoniec - Ogólnie przyjęta definicja mówi, że jest to interdyscyplinarna dziedzina nauki zajmująca się rozwiązywaniem problemów nauk biologicznych za pomocą narzędzi matematycznych oraz informatycznych.

Jak bioinformatyka przyczyniła się do rozwoju mikromacierzy?

Dr Anna Czerwoniec - Analizy mikromacierzowe nie mogą zostać przeprowadzone bez wykorzystania narzędzi bioinformatycznych. Zastosowanie bioinformatyki to głównie statystyczna obróbka danych z eksperymentu oraz opracowywanie i implementacja algorytmów do analizy uzyskanych danych.

Jak dzięki bioinformatyce wygląda obecnie korzystanie z zasobów informacji o genach i białkach?

Dr Anna Czerwoniec - Bioinformatyka nie tylko dostarcza narzędzia do przetwarzania i analizowania danych genomowych oraz proteomicznych, ale także do ich magazynowania, porządkowania oraz udostępniania społeczności naukowej. Bez baz danych korzystanie z zasobów pochodzących z sekwencjonowania byłoby niemożliwe. Wraz z rozwojem technologii i nauki dane te stają się coraz łatwiej dostępne i coraz bogatsze. Dzięki bioinformatyce rozpowszechnianie wyników badań stało się szybkie i proste, co pozwala naukowcom koncentrować się na poszukiwaniu odpowiedzi na ważne pytania biologiczne.

Co to jest algorytm? I jaka jest jego rola w dopasowaniu sekwencyjnym?

Dr Anna Czerwoniec - Algorytm – wmatematyce oraz informatyce skończony, uporządkowanyciąg jasno zdefiniowanych czynności, koniecznych do wykonania pewnego rodzaju zadań. Bez algorytmu żadne analizy, badania nie byłyby możliwe co oznacza, że sam proces przyrównania sekwencyjnego, czyli sposób w jaki przyrównanie jest przygotowywane jest algorytmem. Można nawet pokusić się o algorytmiczny opis prostych czynności życia codziennego jak chociażby parzenie kawy czy przygotowywanie śniadania.

Kim są członkowie zespołu VitaInSilica?

Dr Anna Czerwoniec - Członkowie zespołu to grupa specjalistów z dziedziny bioinformatyki, biotechnologii i biologii molekularnej. Oprócz pracy na Wydziale Biologii UAM zajmują się promowaniem przedsiębiorczości akademickiej rozwijając projekt VitaInSilica.

Dr Anna Czerwoniec

Dr Anna Czerwoniec jest absolwentką studiów biotechnologicznych i bioinformatycznych Wydziału Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Obecnie pracuje jako adiunkt na Uniwersytecie Medycznym oraz na Uniwersytecie im. A. Mickiewicza w Poznaniu. Prowadzone przez nią badania związane są głównie z bioinformatyką strukturalną oraz wirtualnymi badaniami przesiewowymi w poszukiwaniu nowych leków. Swoje zainteresowania naukowe pragnie łączyć ze sferą biznesu i propagować transfer wiedzy ze środowisk naukowych do przemysłu.

Mgr Joanna Kasprzak

Mgr Joanna Kasprzak jest absolwentką studiów bioinformatycznych na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Obecnie realizuje projekt doktorski na UAM. Prowadzone przeze nią badania związane są przede wszystkim z rozwijaniem nowych narzędzi do przewidywania struktur makrocząsteczek biologicznych i modelowaniem tego typu układów głównie w celach terapeutycznych. Swoje zainteresowania naukowe pragnie promować w środowisku przemysłowym wdrażając innowacyjne technologie z zakresu bioinformatyki.

Mgr Kaja Milanowska

Mgr Kaja Milanowska skończyła studia bioinformatyczne na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Obecnie jest doktorantką na tymże Wydziale i pracuje głównie nad rozwojem nowych biologicznych baz danych. Interesuje się dalszym kształceniem z zakresu informatyki (głównie projektowania stron internetowych, aplikacji internetowych oraz baz danych). Ponadto należy do klubu Poznań English Toastmasters Club, gdzie rozwija swoje umiejętności miękkie.

Mgr Tomasz Puton

Mgr Tomasz Puton jest absolwentem biologii eksperymentalnej na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. W czasie studiów magisterskich prowadził badania związane ze zjawiskiem programowanej śmierci komórki (apoptozy) indukowanej przez bakterie. Po studiach rozpoczął realizację doktoratu w Pracowni Bioinformatyki UAM, gdzie zajmuje się przewidywaniem struktury RNA oraz oddziaływań białko-RNA. Za swoje najważniejsze hobby uważa bieganie - ukończył 3 maratony (Poznań oraz Eindhoven) oraz 3 półmaratony (Poznań).

Mgr Anna Philips

Mgr Anna Philips ukończyła studia na kierunku informatyka stosowana Wydziału Fizyki Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Obecnie jest doktorantką na Wydziale Biologii tego uniwersytetu w pracowni bioinformatyki strukturalnej. Prowadzone przez nią badania związane są głównie z bioinformatycznymi analizami przestrzennej struktury RNA. Skupiają się na przewidywaniu interakcji kwasów nukleinowych z innymi cząsteczkami (tj. ligandami czy jonami metali) przy użyciu potencjałów statystycznych. Wcześniej zajmowała się badaniami oddziaływań białek z ligandami niskocząsteczkowymi. Interesuje się transferem wiedzy pomiędzy światem nauki a biznesem.

Specjaliści VitaInSilica oferują doradztwo, szkolenia i usługi w wielu dziedzinach:

Analizy bioinformatyczne

Analiza sekwencji kwasów nukleinowych i białek:

- Identyfikacja domen i motywów.

- Przyrównania wielu sekwencji (MSA) i interpretacja uzyskanych wyników.

- Klasteryzacja sekwencji.

- Analizy filogenetyczne - powiązanie sekwencji danej cząsteczki ze strukturą przestrzenną i pełnioną funkcją.

Bioinformatyka strukturalna:

- Przewidywanie i modelowanie struktury przestrzennej białek i RNA.

- Przewidywanie miejsc wiązania ligandów oraz makrocząsteczek.

- Przewidywanie mechanizmu działania białek oraz badania miejsc katalitycznych enzymów.

- Analiza interakcji białko-ligand, białko-białko oraz białko-kwas nukleinowy.

- Wirtualne dokowanie małych cząsteczek do białek.

- Wirtualne badania przesiewowe w poszukiwaniu inhibitorów enzymów (poszukiwanie nowych leków).

Oprogramowanie bioinformatyczne

- Projektowanie i implementacja programów komputerowych dopasowanych do potrzeb konkretnych badań.

- Opracowywanie prostych skryptów komputerowych ułatwiających analizę danych biologicznych.

- Rozwój zaawansowanego oprogramowania oraz systemów bazodanowych.

Bioinformatyka profilowana

- Projektowanie niestandardowych analiz bioinformatycznych na potrzeby konkretnych badań.

- Pomoc w interpretacji wyników analiz bioinformatycznych.

- Przygotowywanie prezentacji naukowych, stron oraz serwisów internetowych do obsługi laboratoriów komercyjnych.

Dobra Szkoła Bioinformatyki

Profesjonalne szkolenia z zakresu:

- Podstaw bioinformatyki.

- Obsługi biologicznych baz danych.

- Obsługi podstawowych narzędzi bioinformatycznych.

- Podstaw obsługi systemu operacyjnego Linux – specjalistyczny kurs dla biologów.

- Podstaw tworzenia serwisów internetowych z wykorzystaniem technologii HTML, CSS oraz Django.

- Podstaw programowania w języku Python, który powszechnie uznawany jest za „język programowania bioinformatyki”, a jednocześnie jest najbardziej uniwersalny i łatwy w nauce.

- Przygotowywania profesjonalnych naukowych i popularno-naukowych prezentacji oraz plakatów.

- Opracowywania materiałów szkoleniowych (samouczków) dla pracowników naukowych z wybranych zagadnień (np. prosty kurs liczenia drzew filogenetycznych).

Analizy biostatystyczne

- Podstawowe oraz niestandardowe analizy biostatystyczne.

Portal biotechnologia.pl pragnie złożyć serdecznie podziękowania Pani Annie Czerwoniec za udzielenie wywiadu.

red. Blanka Majda