Zgodnie z zapisami obowiązującej dotychczas ustawa z 12 stycznia 1991 r. o utworzeniu Komitetu Badań Naukowych, o rozdziale publicznych pieniędzy na badania naukowe decydował wybierany przez środowisko naukowców Komitet Badań Naukowych, a minister zaś te decyzje jedynie zatwierdzał. Jednak system ten ograniczał możliwości prowadzenia przez ministra właściwego do spraw nauki aktywnej polityki naukowej i naukowo-technicznej państwa oraz jego uprawnień jako dysponenta części budżetu państwa. Na mocy nowej ustawy o finansowaniu nauki zostanie powołana Rada Naukowa, która ma pełnić jedynie rolę doradczą zaś ostateczną decyzję w sprawie finansowania poszczególnych projektów badawczych będzie podejmować minister. Organem Rady Nauki opiniującym rozwiązania dotyczące kreowania i realizacji polityki naukowej, naukowo-technicznej i innowacyjnej państwa będzie Komitet Polityki Naukowej, której członkowie nie będą wchodzić w skład innych organów Rady i nie będą uczestniczyć w procedurze oceniania jednostek naukowych oraz opiniowania wniosków i raportów. Przez środowisko naukowe będzie wybierana Komisja Badań na Rzecz Rozwoju Nauki. Jej opinie stanowić mają podstawę do podjęcia przez ministra decyzji w sprawie przyznania lub odmowy przyznania środków finansowych. Druga z komisji - Komisja Badań na Rzecz Rozwoju Społeczeństwa i Gospodarki, złożona z ekspertów powoływanych przez ministra - zajmie się wykorzystaniem badań naukowych i prac rozwojowych w praktyce społecznej i gospodarczej, w szczególności problematyką projektów celowych i rozwojowych. Nowa ustawa umożliwia też podmiotom odwoływanie się od decyzji ministra. Do opiniowania wniosków o ponowne rozpatrzenie sprawy będzie powołany Zespół Odwoławczy, którego członkowie będą wybierani. Obecnie takie odwołanie od uchwał zespołów Komitetu Badań Naukowych dotyczących finansowania projektów badawczych nie jest możliwe. Ważnym elementem systemu finansowania nauki będzie ustalanie przez ministra krajowych programów ramowych określających priorytetowe kierunki badań naukowych lub prac rozwojowych. Programy te są podstawą do formułowania projektów zamawianych przez ministra, które mają służyć integracji środowiska naukowego wokół dużych programów badawczych uznanych za priorytetowe dla państwa. Oprócz projektów zamawianych finansowane będą również projekty własne podejmowane z inicjatywy badaczy i dotyczące głównie badań podstawowych. Innowacyjności i konkurencyjności gospodarki mają służyć z kolei projekty celowe i projekty rozwojowe (współfinansowane przez wnioskodawców, dotyczące głównie badań stosowanych i prac rozwojowych). Nowa ustawa umożliwi również naukowcom efektywniejsze wykorzystanie dotacji z unijnych funduszy strukturalnych i funduszu spójności.