Podłoże mikrobiologiczne jest mieszanką różnych substancji odżywczych, które pozwalają na hodowlę drobnoustrojów  in vitro. Pożywki powinny zawierać substancje z łatwo dostępnymi pierwiastkami biogennymi (C, O, H, N, P, S). Dla wzrostu mikroorganizmów ważne jest również zapewnienie określonego pH, wilgotności oraz odpowiedniej wartości ciśnienia ontycznego. Przejrzystość podłoża mikrobiologicznego nie zakłóca obserwacji wzrastającej kolonii. Aby można było zainicjować hodowlę bakteryjną podłoże powinno być sterylne. Pożywki możemy podzielić ze względu na kilka kryteriów:

1. Ze względu na konsystencję wyróżniamy podłoża płynne oraz stałe
2. Ze względu na zawartość substancji odżywczych
   1. pełne – bogate w składniki pokarmowe, które zapewniają maksymalny wzrost
   2. minimalne – zawiera tylko związki, które są niezbędne do wzrostu
   3. wzbogacone – zawiera dodatkowe związki , które umożliwiają wzrost mikroorganizmów słabo rosnących
3. Ze względu na skład chemiczny:
   1. Podłoża naturalne – zawierające wyciągi z tkanek i hydrolizaty
   2. Podłoża syntetyczne – zawierające chemiczne składniki

Diagnostykę bakteriologiczną prowadzi się wykorzystując podłoża namnażające, służące, jak sama nazwa wskazuje do namnożenia mikroorganizmów, występujących w badanym materiale. Na takiej pożywce wzrastają wszystkie gatunki bakterii obecne w analizowanej próbce. Stosując na samym początku podłoże wybiórcze, które dzięki zawartości dodatkowych substancji chemicznych, pozwala na wzrost tylko określonej grupy drobnoustrojów. Wykorzystać można również podłoże namnażająco-wybiórcze. W tym wypadku otrzymuje się namnożoną, ściśle określoną grupę mikroorganizmów, hamując wzrost jednych, a  wspomagając innych. W przypadku zastosowania podłoży różnicujących można odróżnić od siebie dwa gatunki drobnoustrojów. Stałe pożywki różnicujące mogą być jednocześnie podłożami wybiórczymi dla określonej grupy bakterii. Wtedy mówimy o podłożach wybiórczo-różnicujących. W celu identyfikacji konkretnego gatunku mikroorganizmu stosować można również komercyjne podłoża chromogenne, których wynik stanowią charakterystycznie zabarwione kolonie. Wyróżnia się również podłoża transportowo-wzrostowe pozwalające na namnażanie drobnoustrojów podczas przechowywania i transportu.

Podstawowe podłoża namnażające:

• bulion odżywczy – zawierający wyciąg mięsny, pepton i NaCl
• agar odżywczy – zawiera wyciąg mięsny, pepton, NaCl oraz 1,5% - 2% agaru (nie jest składnikiem odżywczym dla bakterii, służy do zestalenia pożywki
• bulion cukrowy – bulion wzbogacony glukozą

Wyciąg mięsny będący składnikiem wielu podłoży mikrobiologicznych dostarcza mikroorganizmom azotu, węgla oraz witamin . W przypadku peptonu, który powstaje w wyniku enzymatycznego rozpadu białek, zapewnia on dostępność azotu oraz węgla.

Podstawowe podłoża wybiórczo-różnicujące:

• podłoże SS – izolacja pałeczek Salmonella i Shigella
  • sole kwasów żółciowych i cytrynianu za stosowane w dużym stężeniu hamują wzrost bakterii gramdodatnich i niektórych gramujemnych
  • kolonie z czarnym środkiem, w wyniku wytwarzania siarkowodoru - Proteus, Salmonella
  • brak zaczernionego środka - Shigella
• podłoże McConkeya - izolacja pałeczek Enterobacteriaceae
  • bakterie rozkładające laktozę, która jest składnikiem pożywki, są czerwone i otoczone strefą strąconego kwasu dezoksycholowego - Escherichia, Klebsiella,
  • bakterie nierozkładające laktozę są bezbarwne lub białe - Shigella, Salmonella, Pseudomonas,  Proteus, Yersinia,
• podłoże Wilsona-Blaira (WB) - izolacja pałeczek Salmonella
  • cytrynian bizmutowo-amonowy hamuje wzrost Shigella, Escherichia, Citrobacter
  • zieleń malachitowa hamuje wzrost bakterii gramdodatnich
  • kolonie czarne z metalicznym połyskiem ze strefowym zaczernieniem podłoża wokół i pod kolonią - Salmonella
  • kolonie szaro-zielone lub brunatne i brak zmian zabarwienia podłoża – inne gatunki Enterobacteriaceae
• podłoże Nogrady - izolacja Proteus ze środków spożywczych
  • rozkład mocznika  powoduje alkalizację podłoża w wyniku czego błękit bromotymolowy zmienia barwę na zielono-niebieską
  • kolonie pomarańczowe, podłoże niebieskie (rozkład mocznika i laktozy) - Klebsiella
  • kolonie niebieskie, podłożę niebiesko-zielone (rozkład mocznika, brak rozkładu laktozy) - Proteus
  • kolonie i podłoże pomarańczowe - Escherichia
• podłoże Chapmana - izolacja gronkowców z materiałów klinicznych
  • duże stężenie NaCl hamuje wzrost bakterii gramujemnych, nie hamuje całkowicie wzrostu innych ziarenkowców dodatnich, laseczek Bacillus (zahamować można poprzez dodanie azydku sodu)  i grzybów
  • nakropiony na podłoże z usuniętą hodowlą błękit bromotymolowy powoduje zmianę zabarwienia na żółtą (rozkład mannitolu) - Staphylococcus
• podłoże Loewensteina-Jensena – izolacja prątków
  • zieleń malachitowa hamuje wzrost innych bakterii

Koniecznym warunkiem do zainicjowania hodowli bakterii jest jałowość podłoża. Sterylność oznaczania, że pożywka jest pozbawiona wszelkich żywych organizmów, form wegetatywnych i przetrwalnych. Jałowe podłoże można uzyskać poprzez zabicie mikroorganizmów poprzez działanie wysokiej temperatury, promieniowania UV lub jonizującego oraz z użyciem związków chemicznych. W przypadku płynów drobnoustroje usuwane są poprzez filtrację z wykorzystaniem filtrów bakteriologicznych o bardzo małej wielkości porów.