Projekt finansowany był przez Unię Europejską w ramach priorytetu "jakość życia i zarządzanie zasobami żywymi" piątego programu ramowego. Koordynatorem projektu, który skupiał partnerów ze Szwajcarskiego Instytutu Bioinformatyki (Szwajcaria), Instytutu Biochemii Uniwersytetu w Kolonii (Niemcy) i Krajowego Ośrodka Biotechnologii Farmaceutycznej przy Wydziale Biochemii w Trinity College (Irlandia), był EBI (Wielka Brytania). Realizacja projektu trwała od grudnia 2001 r. do listopada 2004 r. Projekt, którego pełny tytuł brzmiał "Pogłębiona interoperacyjność baz danych o tematyce biologicznej poprzez standaryzację terminologii biochemicznej i wprowadzenie wspólnej ontologii", łączył w sobie szereg zalet europejskich zespołów pracujących nad różnorodnymi aspektami standaryzacji terminologii biochemicznej w bazach danych w celu rozwijania i wdrażania kontrolowanego słownictwa oraz wspólnej ontologii do opisywania biologicznych cech w bazach danych o tej tematyce. Dlaczego standaryzowane słownictwo jest potrzebne naukowcom? Bazy danych o tematyce biologicznej opisują szerokie spektrum informacji. Ich różnorodność utrudnia wysiłki czynione w kierunku integracji tych baz. Projekt BioBabel pozwolił na opracowanie i wdrożenie wspólnych ontologii do opisywania biologicznych cech w bazach o tej tematyce. Ontologie można zdefiniować jako systemy do przedstawiania wiedzy. W tym kontekście odnosi się to szczególnie do przedstawiania modeli i hipotez z użyciem terminów zgodnych z techniką komputerową. To zadanie pozwoli użytkownikom na zadawanie złożonych zapytań do baz danych w prostszy sposób. Partnerzy projektu mieli na celu wdrożenie ustandaryzowanej terminologii we wszystkich bazach danych, które tworzą i utrzymują. Projekt składał się z 12 pakietów prac w sześciu różnych kategoriach: - badania i rozwój kontrolowanego słownictwa w zakresie terminologii biologicznej i biochemicznej; - badanie i rozwój strukturalnego, kontrolowanego słownictwa; ontologia genów w celu opisania produktów genowych pod kątem ich funkcji molekularnej, roli biologicznej i lokalizacji komórkowej; - opracowanie i wdrożenie systemu baz danych do przechowywania kontrolowanego słownictwa w zakresie terminologii biologicznej i biochemicznej oraz ontologii genowej, umożliwiając partnerom jego aktualizowanie; - wdrożenie kontrolowanego słownictwa w zakresie terminologii biologicznej i biochemicznej w bazach danych partnerów projektu BioBabel; - precyzyjna klasyfikacja danych w bazach zawierających dane o sekwencjach białek, sygnaturach białek oraz enzymach i ich funkcjach z użyciem terminów ontologii genowej; - opracowanie i wdrożenie nowych narzędzi służących do zapewniania dostępu i pobierania danych, które umożliwią naukowcom maksymalne wykorzystanie danych zawartych w bazach objętych projektem. Cel projektu BioBabel dotyczący pogłębienia interoperacyjności baz danych o tematyce biologicznej poprzez standaryzację terminologii biochemicznej oraz wprowadzenie wspólnej ontologii, która pozwoli użytkownikom na wykonywanie złożonych zapytań do baz danych w znacznie prostszy sposób, został osiągnięty. Partnerzy projektu BioBabel wprowadzili ustandaryzowaną ontologię we wszystkich bazach danych, które tworzą i utrzymują. Korzystanie z dostępu do tych wysoce interoperacyjnych baz, zawierających dane dotyczące sekwencji, genomów, enzymów, motywów białek i nomenklatury, pozwoli naukowcom na wyciąganie wniosków o strukturze oraz funkcjach genów i białek, a także powiązanie tych wniosków z dotychczasową wiedzą naukową. Więcej informacji można uzyskać na stronie www.ebi.ac.uk/biobabel

Źródło: CORDIS