Prezes Agencji odpowiedzialny jest za gospodarkę finansową Agencji, sprawy związane z realizacją i podziałem środków finansowych na realizację programów i innych zadań Agencji oraz zarządzanie i gospodarowanie jej majątkiem. Po zasięgnięciu opinii Rady, Prezes sporządza: roczny plan finansowy Agencji i jego zmiany, roczny plan działalności Agencji i jego zmiany, roczne sprawozdanie finansowe Agencji, roczne sprawozdanie z działalności Agencji wraz z informacją o wynikach ewaluacji, perspektywiczne kierunki działalności Agencji, statut Agencji i jego zmiany oraz przedstawia je do zatwierdzenia Ministrowi Zdrowia.

W latach 2012-2014 był prezesem Polskiego Towarzystwa Chirurgów Dziecięcych, obecnie jest członkiem jego Zarządu Głównego. Przez dwie kolejne kadencje był przewodniczącym Międzynarodowej Grupy Strategicznej ds. Guzów Wątroby u Dzieci – SIOPEL. Obecnie pełni również funkcję prezesa Europejskiej Sekcji Chirurgów Dziecięcych Europejskiej Unii Specjalistów Medycznych (UEMS).

Zainteresowania naukowe prof. Czauderny obejmują przede wszystkim problem leczenia nowotworów, zwłaszcza guzów wątroby, oraz zastosowania wideochirurgii w chirurgii i onkologii dziecięcej. Brał udział w wielu krajowych i zagranicznych projektach naukowych jako wykonawca lub ich menedżer.

Jest współautorem podręczników polskich i zagranicznych oraz ponad 180 prac naukowych opublikowanych w najbardziej szanowanych czasopismach na świecie, m.in. "New England Journal of Medicine", "Lancet Oncology" i "Journal of Clinical Oncology". Całkowity wpływ jego publikacji wynosi ponad 400, podczas gdy liczba jego cytowań jest bliska 3000. Prowadził liczne krajowe i międzynarodowe kursy z zakresu chirurgii wideo i chirurgii onkologicznej. Regularnie pełnił funkcję recenzenta programów badawczych w Unii Europejskiej ( 7PR, Horyzont 2020).