Ilościowy PCR z wykorzystaniem odwrotnej transkrypcji (qRT-PCR), który wykrywa i określa poziom RNA, jest najczulszą, najbardziej specyficzną i wiarygodną metodą detekcji SARS- -CoV-2. Thermo Fisher Scientific oferuje wybór solidnych urządzeń, które już stosowane są w jednostkach badawczych i diagnostycznych na całym świecie.

Chcąc być o krok przed wirusem, część laboratoriów będzie musiała szybko dostosować się do zwiększonej skali analiz rzędu kilku tysięcy dziennie, a co za tym idzie zoptymalizować schematy pracy oraz wybrać odpowiednie produkty przeznaczone do analiz wysokoprzepustowych.

W artykule opisano możliwości przebiegu prac z wykorzystaniem urządzeń Thermo Fisher Scientific do detekcji SARS-CoV-2 w oparciu o qRT-PCR (system oczyszczania RNA: Thermo Scientific™ KingFisher™ Flex Purification System #5840620, dyspenser odczynników: Thermo Scientific™ Multidrop™ Combi Reagent Dispenser #5400620 oraz Thermo Scientific™ ALPS5000 Automated Plate Sealer #AB- 5000). Wprowadzenie takich rozwiązań pozwoli zwiększyć możliwości analiz z kilku do kilku tysięcy dziennie.

Organizacja pracy w detekcji SARS-CoV-2 w laboratoriach wysokoprzepustowych

Izolacja wirusowego kwasu nukleinowego

RNA w próbkach SARS-CoV-2 może być oczyszczony w sposób szybki i efektywny z użyciem Applied Biosystems ™ MagMAX™ Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit. Zestaw wykorzystuje kulki magnetyczne, które umożliwiają wysokoprzepustową analizę próbek z wykorzystaniem statywów magnetycznych lub specjalistycznych urządzeń do oczyszczania. MagMAX Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit („MVP I”) wyróżnia się:

• protokołami przeznaczonymi do automatyzacji w urządzeniach Thermo Scientific™ KingFisher™ Flex, Duo Prime i Presto,

• szybką procedurą umożliwiającą analizę 96 próbek w ciągu 1 godziny,

• elastycznym protokołem dostosowującym nakładaną objętość w zakresie 200–400 μL w zależności od medium transportującego i rodzaju płynów ustrojowych,

• brakiem potrzeby RNA nośnikowego,

• zakresem objętości elucji od 50 μL do 100 μL.

Alternatywnym rozwiązaniem jest zestaw Applied Biosystems™ MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit („MVP II”). Zestaw skonstruowany jest podobnie jak opisany wyżej, lecz umożliwia wykonanie aż 2000 reakcji i zapewnia szybsze, wysokoprzepustowe przetwarzanie próbek w medium transportowym (VTM). Oba zestawy można stosować w połączeniu ze zautomatyzowanym systemem KingFisher Flex do szybkiej, łatwej i efektywnej izolacji kwasów nukleinowych. KingFisher Flex to wszechstronne urządzenie nablatowe przetwarzające do 96 próbek jednocześnie.

System ten wyróżnia:

• wysokoprzepustowe i elastyczne oczyszczanie 1-96 próbek w czasie jednego cyklu,

• łatwość instalacji i użytkowania (wybór ustawień zajmuje do 10 minut),

• możliwość wyboru dwóch formatów płytek dla pokrycia szerokiego zakresu objętości (20–5000 μL),

• dostęp do istniejącej już biblioteki protokołów oraz ich łatwe dostosowanie z wykorzystaniem oprogramowania Thermo Scientific™ BindIt™,

Dozowanie odczynników

Przygotowanie płytek wielodołkowych to wymagający proces, który nawet w wysokoprzepustowych laboratoriach często wykonywany jest ręcznie. Wprowadzenie zautomatyzowanej stacji dozującej pozwala zaoszczędzić nawet do 63% czasu na przygotowanie płytki, niwelując przy tym ryzyko ludzkiego błędu. Thermo Scientific™ Multidrop™ Combi Reagent Dispenser operuje szerokim zakresem płytek i objętości oraz zapewnia szybkie dozowanie i wysoką przepustowość. Urządzenie może być wykorzystane do szybkiego, precyzyjnego i powtarzalnego napełniania płytek KingFisher do płukania i elucji.

Bufory płuczące i elucyjne mogą zostać nałożone na płytkę 2-3 dni wcześniej (szczelnie zamknięte płytki mogą być przechowywane w temperaturze pokojowej).

Cechy produktu to przede wszystkim:

• dozowanie objętości w zakresie od 0,5 μL do 2,5 mL na dołek,

• możliwość całkowitego zapełnienia 96-dołkowej płytki KingFisher w 46 sekund,

• dozowanie z minimalną objętością martwą oraz mechanizm płukania wstecznego pozwalające zmniejszyć koszt zużytych odczynników.

Szczelne zamykanie płytek

Podczas wykonywania rosnącej ilości testów na obecność SARS-CoV-2 klienci najczęściej skarżą się na:

• długi czas zamykania płytek (przy 50-100 płytkach dziennie),

• występowanie nieszczelności (w środkowych dołkach),

• ryzyko kontaminacji (przy ręcznym przygotowaniu). Thermo Scientific™ ALPS5000 Plate Sealer to urządzenie nowej generacji służące do szczelnego zamykania płytek zapewniające szybkość, dostosowanie procesu do potrzeb i szereg operacji zwiększających niezawodność oraz redukujących głośność,

• szybkie uszczelnianie płytek o wielu wysokościach (od 8 do 46 mm wysokości bez potrzeby stosowania adapterów),

• zwiększoną produktywność w uszczelnianiu do 4 płytek na minutę,

• kompatybilność z wysokoprzepustowymi, zautomatyzowanymi procesami,

• kontrolę poprzez ekran dotykowy z zapisem protokołów,

• precyzyjną kontrolę nad parametrami uszczelniania, aby zapewnić powtarzalność,

• brak potrzeby podłączania zewnętrznych źródeł powietrza lub wymiany kosztownych przyssawek próżniowych,

• uszczelnianie w zakresie od temp. otoczenia do 199 °C.

Urządzenie ma kompaktowe wymiary, co pozwala zaoszczędzić cenne miejsce na stole. Folie są łatwo dostępne i mogą być nałożone również bez użycia narzędzi. Dzięki zautomatyzowanemu, elektrycznie sterowanemu uszczelnianiu płytek, możliwe jest zapieczętowanie do czterech płytek na minutę, czy to w standardowym zastosowaniu na stole laboratoryjnym czy w procesach wysokoprzepustowych. ALPS™ 5000 zaprojektowano tak, aby dokładnie programować czas uszczelniania, temperaturę, ciśnienie, długość folii i odległość, co umożliwia całkowite dostosowanie do potrzeb klienta w szerokim zakresie zastosowań. Urządzenie jest pół-automatyczne, sterowane ekranem dotykowym z możliwością zapisania protokołów i posiada port RS232. Przeznaczone jest do zastosowań laboratoryjnych, a także umożliwia programowanie parametrów do zintegrowania z platformami zrobotyzowanymi.

Tylko do celów badawczych. Nie do użytku w procedurach diagnostycznych. © 2020 Thermo Fisher Scientific Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone. Wszystkie znaki towarowe są własnością firmy Thermo Fisher Scientific i jej spółek zależnych o ile nie podano inaczej. Specyfikacje, warunki i ceny mogą ulec zmianie. Nie wszystkie produkty są dostępne we wszystkich krajach.