Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu
Nauka 2.0
17.12.2012

Żadna młodsza osoba związana z pracą w dziedzinach life-science nie wyobraża sobie zapewne pracy bez komputera podłączonego do Internetu. Jest to nieocenione źródło: artykułów, patentów czy protokołów, sposób na komunikacje pomiędzy krajowymi i międzynarodowymi współpracownikami etc. Jeden z najpopularniejszych polskich pisarzy SF Jacek Dukaj napisał:  Od czasu usankcjonowania zasady peer review postęp naukowy działa poprzez social networks (…)” Poniżej przedstawiono kilka przykładów nowych trendów związanych z użyciem sieci w naukach przyrodniczych.


Przeczytaj również:

Tysiące ludzkich umysłów pracujących dla naukowców - to musiało zdać egzamin, czyli szerzej na temat projektu Fold.it


„Gdy robisz kawę twój komputer szuka leku na malarię” [1]

Temat obliczeń rozproszonych przy użyciu komputerów domowych, jest dużej liczbie osób znany. Powstały na potrzeby projektu wykrywania pozaziemskiej inteligencji (SETI@home) system jest dziś wykorzystywany do wielu innych zastosowań - genomiki, , biochemii, matematyki, astronomii itd. wszędzie tam, gdzie potrzebne są duże ilości obliczeń.

Zasada działania systemu jest bardzo prosta. Serwer z Uniwersytetu Berkley wysyła do komputera osobistego "zamówienie" na pewne obliczenia. Są one wykonywane, gdy zużycie systemu jest minimalne np. podczas słuchania muzyki. W opcjach można szczegółowo zaznaczyć dopuszczalne zużycie procesora i pamięci, czas od ostatniej aktywności użytkownika,  po którym program się włącza. Po wykonaniu obliczeń, komputer odsyła ich wynik.

Gry naukowe

Dużo gier video wymaga cech potrzebnych podczas prowadzenia badań: cierpliwości, dokładności, skupienia. Wciąż też metody rozpoznawania wzorców używane przez ludzki mózg są doskonalsze niż algorytmy komputerowe. Fakt ten postanowili wykorzystać pracownicy University of Washington's Center for Game Science. Grając w Foldit, który rodzajem pobudzenia intelektualnego przypomina popularne sudoku lub puzzle, oprócz rozrywki pomaga się rozwiązywać naukowe problemy w rzeczywistym świecie [2].  Celem gry jest zwijanie struktury wybranych białek w celu osiągnięcia najlepszego efektu (największej stabilności). Rozwiązania o najlepszej punktacji są dalej analizowane przez pracowników naukowych. Do najbardziej spektakularnych sukcesów projektu należy opracowanie modelu 3D proteazy z wirusa M-PMV wywołującego AIDS u małp. Graczom stworzenie go zajęło jedynie trzy tygodnie podczas, gdy oryginalne prace trwały piętnaście lat. Do podobnych programów należy EteRNA. W tym projekcie uczestnicy starają się stworzyć zdefiniowane kształtem cząsteczki RNA, przydatne później do budowy nanomaszyn [3].

Fani gier wymagających sprawnego oka oraz wyobraźni przestrzennej nie zawiodą się  na produkcji stworzonej przez  MIT oraz the Max Planck Institute for Medical Research: EyeWire. Zadaniem gracza jest określenie, na podstawie zdjęć mikroskopu dwufotonowego, sieci połączeń neuronalnych w siatkówce oka [4]. 

Także w dziedzinie wielokrotnego dopasowanie sekwencji DNA zdolności graczy wydają się pomocne. Poprzez obserwacje sposobu dopasowania przez człowieka struktur pierwszorzędowych DNA do zidentyfikowania regionów mogących być konsekwencją strukturalnych i ewolucyjnych powiązań pomiędzy sekwencjami, wprowadza się poprawki do maszynowych metod rozwiązywania tych problemów [5].

Blogi naukowe

W większości przypadków słowo blog kojarzy się ludziom z wspomnieniami nastolatek. Tymczasem rośnie ilość bardzo specjalistycznych blogów - także naukowych.  Umieszczone są tam sieciowe dzienniki laboratoryjne, surowe dane z pomiarów oraz dyskusje na temat następnych doświadczeń.  Zwolennicy systemu "open-research" wskazują, że wykorzystanie otwartych zapisów z eksperymentów, pozwala autorom na eliminacje błędów przed publikacją oraz przejrzystość istotną podczas badań nad kontrowersyjnymi hipotezami [6].

Zaproszenie na wykład

Więcej informacji na temat nietypowego użycia komputerów będzie można usłyszeć już dziś! Wykład "NAUKA W DOMU - SPOŁECZNOŚCIOWE PROJEKTY NAUKOWE" wygłosi profesor Lech Mankiewicz, dyrektor Centrum Fizyki Teoretycznej PAN i laureat tegorocznej Nagrody PAP i MNiSW dla "Popularyzatora roku".

17 grudnia 2012 r., godz. 18 w Kawiarni Skwer, Filia Centrum Artystycznego Trzciny, Krakowskie Przedmieście 60a, Warszawa [7]

 

Michał Laskowski

 


[1] http://boinc.berkeley.edu/

[2] Biotechnologia.pl

[3] http://eterna.cmu.edu/web/

[4] https://eyewire.org/

[5] http://phylo.cs.mcgill.ca

[6] http://rrresearch.fieldofscience.com

[7] https://www.facebook.com/events/449022638495191/

KOMENTARZE
Newsletter