„Kryształowe Brukselki” to nagrody dla firm, uczelni i naukowców, którzy najskuteczniej walczyli
o finansowanie Komisji Europejskiej na badania naukowe. Prof. Jacek Kuźnicki zyskał uznanie Kapituły przyznającej nagrodę jako lider sześciu międzynarodowych projektów badawczych 7. (Programu Ramowego: 1) ,,Wykorzystanie modeli chorób ludzkich w danio pręgowanym do poszukiwania leków oraz miejsc ich uchwytu — FishMed’’ (dofinansowanie: 3 574 100 €), 2) ,,Pojemnościowy napływ wapnia (SOCE) jako nowy cel terapeutyczny w chorobach neurodegeneracyjnych — TargetSOCE’’ (dofinansowanie: 545 623,47 zł), 3) ,,Rola białek w fizjologii i patologii — HEALTH-PROT’’ (dofinansowanie: 954 100 €), 4) „Wzmacnianie współpracy w biomedycynie molekularnej pomiędzy Unią Europejską a Ukrainą — COMBIOM’’ (dofinansowanie 80 036 €), 5) ,,Nowe strategie w leczeniu schizofrenii oparte na genetycznej zmienności nerwowej cząsteczki adhezji komórkowej NCAM i enzymów zaangażowanych w jego potranslacyjną modyfikację — NeuConnect (dofinansowanie 973 080 zł) i 6) „Biomarkery dla choroby Alzheimera  i Parkinsona — BIOMARKAPD” (dofinansowanie 240 804,27 zł).

Prof. J. Kuźnicki angażuje się również we współpracę naukową z krajami Europy Wschodniej. Od lat prowadzi politykę aktywizowania takich krajów jak Ukraina czy Rosja w Europejskiej Przestrzeni Badawczej. Z jego inicjatywy i przy jego merytorycznym wsparciu Instytut Biologii Molekularnej i Genetyki w Kijowie otrzymał dofinansowanie z Komisji Europejskiej na realizację i koordynowanie europejskiego projektu COMBIOM. Prof. J. Kuźnicki nawiązał również współpracę naukową z zespołem prof. Eleny Kaznacheyevy z Instytutu Cytologii Rosyjskiej Akademii Nauki z St. Petersburga w Rosji. Obecnie ta kooperacja rozwija się w ramach projektu TargetSOCE.

W latach 2006–2011 prof. Kuźnicki pracował w Grupie Doradczej ds. Zdrowia w Komisji Europejskiej. Był również zapraszany do uczestnictwa i wygłoszenia wykładów na organizowanych przez Komisję Europejską konferencjach dotyczących 7. Programu Ramowego w Krakowie i dwukrotnie w Pradze. Dzięki otwartości, zrozumieniu wagi tematu i zaangażowaniu prof. Jacka Kuźnickiego, w październiku 2013 roku, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej został wyróżniony przez Komisję Europejską logo "HR Excellence in Research". Odznaczenie to Komisja Europejska przyznaje instytucjom, które wypełniają zasady Europejskiej Karty Naukowca i Kodeksu postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych, tworząc odpowiednie warunki pracy i rekrutacji dla zatrudnianych naukowców. Obecnie MIBMiK jest jedną z trzech polskich instytucji, które otrzymały to ważne odznaczenie.

,,Kryształowa Brukselka’’ to dla mnie ogromne wyróżnienie. Mimo, że jest to nagroda indywidualna, to pracowało na nią wiele osób, które pozyskują zagraniczne środki na badania i je przeprowadzają. — mówi prof. Jacek Kuźnicki.

Pozostali dwaj nagrodzeni w kategorii indywidualnej to prof. Piotr Grabiec z Instytutu Technologii Elektronowej oraz dr Piotr Sułkowski z Wydziału Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego. „Kryształowe Brukselki” są przyznawane w trzech kategoriach: zespoły badawcze, przedsiębiorstwa i nagroda indywidualna. Nominacje do nagrody indywidualnej są typowane spośród propozycji nadsyłanych przez środowisko naukowe. Kryteria brane pod uwagę to aktywne uczestnictwo i koordynacja projektów, praca w Komitetach Programowych i grupach eksperckich, zasługi dla promocji programów ramowych oraz podejmowane inicjatywy przyczyniające się do zwiększenia polskiego udziału w programach ramowych. Tegorocznych laureatów wybrała Kapituła w składzie: prof. Barbara Kudrycka — Przewodnicząca, prof. Jerzy Buzek, prof. Krzysztof J. Kurzydłowski, Bożena Lublińska-Kasprzak, prof. Michał Kleiber, dr Jan K. Frąckowiak i dr Andrzej Siemaszko — Sekretarz Kapituły.