Jaki rodzaj próbek jest dostarczany do badania obecności koronawirusa?

Dostajemy głównie wymazy, jednostkowo zdarzają się popłuczyny oskrzelowe. Z tego co widzimy, najprostszy materiał, czyli wymaz z nosogardzieli, bardzo dobrze sprawdza się jako materiał do badań genetycznych na obecność koronawirusa.

Czy któryś rodzaj próbek zmniejsza prawdopodobieństwo wykrycia koronawirusa?

Trudne pytanie, bowiem to dobrze wykonany wymaz daje nam 99,9% szans wykrycia koronawirusa w założeniu, że on tam po prostu jest. Problem polega na tym, że część wymazów wykonujemy za wcześnie np. po 24 godzinach od kontaktu z osobą chorą. W takim przypadku jesteśmy w stanie stwierdzić bez wykonywania badania, że ten wynik będzie negatywny. Innym problemem jest nieumiejętne pobieranie wymazów. Mianowicie problem dotyczy pobierania wymazów z nosogardzieli, bowiem część wymazów jest wykonywana tylko z nosa albo tylko z gardła. Część wymazów z gardła, to po prostu wymaz tylko z policzka. Są to niestety wymazy niemiarodajne i większość wyników wtedy jest ujemna. Kluczem do wykrycia wirusa, jest zatem pewność, iż już minął odpowiedni czas, tzn. wiremia jest na tyle wysoka, aby wykryć wirusa. Drugi aspekt dotyczy oczywiście dobrze wykonanego wymazu.

Dlaczego wymazówki z alginianu wapnia są niedopuszczalne podczas pobierania materiału do badania?

Jest to niedopuszczalne, ponieważ na takich wymazówkach zachodzi reakcja z wirusem i jest on degradowany. Nie dość, że jest inaktywowany, to ulega pełnej degradacji. Otrzymując taki materiał do badania, mamy po pierwsze duże problemy z izolacją materiału genetycznego. Po drugie, w kolejnym etapie mamy jeszcze większe problemy z wykonaniem reakcji RT-PCR, czyli identyfikacji materiału genetycznego. W czasie reakcji następuje pełna inhibicja enzymów, które używamy do przeprowadzenia reakcji RT-PCR. Najlepiej, jeśli wymazy byłyby pobierane za pomocą wymazówek z tworzywa sztucznego bądź sztucznego jedwabiu i transportowane w odpowiednim buforze transportowym.

Jak długo jest stabilne RNA wirusa po pobraniu materiału? Czy źle przechowywana próbka może wpłynąć na wynik i problemy z wykryciem wirusa?

Zależy to od wymazówek oraz od podłoża transportowego. Teoria mówi, że taki wymaz powinien trafić w ciągu dwóch godzin od pobrania do laboratorium. Gdy ten czas jest dłuższy, to materiał powinien być transportowany w temp. +4˚C. Jeśli zaś używamy podłoża transportowego z buforem stabilizującym wirusa, to czas może być oczywiście dłuższy, nawet do 12 godz. Natomiast, zachowując rygory temperaturowe, możemy dostarczyć materiał badawczy do laboratorium nawet do 24 godzin od pobrania.

W Chinach przeprowadzano badania, podczas których tomografia komputerowa wskazywała na charakterystyczne objawy obecności koronawirusa, zaś wyniki RT-PCR były ujemne. Skąd mogą pojawiać się takie rozbieżności?

Ten typ koronawirusa, wywołujący chorobę COVID-19, znamy od niedawna. On nas cały czas zaskakuje. Możemy widzieć w tomografii, że płuca są zajęte, ale z drugiej strony może to być ciężkie zapalenie płuc, zwłóknienia albo efekt kliniczny wywołany innym drastycznym czynnikiem, nie do końca koronawirusem. Jeśli w takim przypadku (typowe objawy koronawirusa z zajęciem płuc) wychodzi nam test na koronawirusa ujemny, dobrym materiałem do badań byłyby popłuczyny np. pęcherzykowe lub z płuc. Wtedy jesteśmy w stanie powiedzieć, że przyczyną tych zmian jest coś innego niż koronawirus. Otrzymując takie wyniki, powinniśmy się zastanowić, czy nie wykonać testu genetycznego na inne patogeny np. różne podtypy grypy, AH1N1. Teraz mamy wielkie boom, że wszystkiemu winny jest koronawirus, a inne choroby odchodzą w niepamięć...

Czy może być tak, że objawy ze strony płuc wskazują na koronawirusa, a wiremia jest za niska?

Nie do końca bym się z tym zgodził. Pacjent musiałby trafić do szpitala w ciężkim stanie, z powikłaniami. Jeśli to koronawirus byłby czynnikiem sprawczym, to powinniśmy go już wtedy wykryć. W kilku przypadkach, o których słyszałem u nas w szpitalach w Polsce, przyczyną tych zmian w płucach nie był koronawirus. Były to inne wirusy bądź bakterie, które zostały stwierdzone podczas diagnostyki w kolejnych badaniach. Dlatego pamiętajmy, że mamy setki tysięcy innych pacjentów, którzy chorują na inne choroby, a nie skupiajmy się wyłącznie na koronawirusie. W takich przypadkach należy wykonać dodatkowe badania, aby wykryć przyczynę tych zmian.

Co z wynikami wątpliwymi? Kiedy się pojawiają?

Z próbkami fałszywie dodatnimi i fałszywie ujemnymi jest bardzo duży problem, bo niestety na to też wpływa jakość wykonania wymazu. Kiedy jest wynik fałszywie ujemny lub fałszywie dodatni – nie do końca wiemy, bo nie znamy pacjenta. Nie mamy o nim żadnych informacji i nie wiemy w jakim jest stanie. Jeżeli wychodzi nam wynik negatywny, wysyłamy go do odpowiednich organów. Oni wiedzą czy był to pacjent w kwarantannie lub miał kontakt z chorym, czy jest to pierwsze badanie pacjenta, czy kolejne.

Jeśli mamy wyniki wątpliwe, wykonujemy dodatkowe testy, aby potwierdzić obecność koronawirusa innym testem i dostajemy pełne potwierdzenie. Tam był wynik wątpliwy – fałszywie pozytywny, a test dodatkowy wykazał wynik pozytywny. Dlatego mamy też inne testy, którymi sprawdzamy naszych pacjentów, a także jakość naszej pracy, jednocześnie walidując i standaryzując te metody. Potwierdzenia wykonujemy testami genetycznymi, opartymi na przynajmniej 2-3 genach wirusa. Te testy bardzo dobrze działają, ale są inaczej skonstruowane. Czasami w takich testach jest wykorzystywany inny barwnik odpowiadający świeceniu odpowiedniego fragmentu genetycznego wirusa. Wykonanie innego testu tej samej próbki świetnie pokazuje nam jakość naszej pracy. Jesteśmy jak najbardziej za wykonywaniem takich powtórzeń, jeśli mamy wątpliwość czy wydać wynik wątpliwy. Jeśli powtórnie wyjdzie wynik wątpliwy, wydajemy wynik nieinformatywny z prośbą o powtórne pobranie materiału do badań i zwrócenie uwagi na jakość pobranego wymazu.

Jaki czas musi minąć od zakażenia, aby można było wykryć koronawirusa?

Z tego co widzimy w publikacjach, to wykrycie RNA wirusa jest możliwe powyżej 4-5. dnia od momentu kontaktu danej osoby z osobą chorą. Najlepiej, jeśli badania byłyby wykonywane około 7-8. dnia. Niektóre doniesienia naukowe mówią, że pełnia ekspresja po kontakcie z wirusem następuje dopiero po 12 dniach, dlatego badania wykonane po 7-8 dniach są już w pełni adekwatne do poziomu wiremii u pacjenta.

Czy istnieje inny test, równie wysokoczuły jak RT-PCR, który mógłby być wykorzystany do wykrywania koronawirusa?

Pewnie już istnieje albo zostanie zaraz wynaleziony. Z tego co widzimy, to testy na polskim rynku mają różną czułość. Jeden wykrywa powyżej 200 kopii wirusa, zaś inny powyżej 1000. Istnieją też testy, które gwarantują wykrycie minimum 10 kopii wirusa. Są to testy genetyczne dość czułe, które wystarczają na wykrycie wirusa. Mają one certyfikację IVD. Możemy pokusić się także o sekwencjonowanie koronawirusa, co jednak jest wysoce kosztowne i czasochłonne.

Posiadamy też testy mogące wykryć przeciwciała wytworzone po kontakcie z koronawirusem. W początkowej fazie zachorowanie test będzie oczywiście negatywny, bo układ immunologiczny nie zdążył wytworzyć przeciwciał. Przeciwciala musza być na takim poziomie, abyśmy byli je w stanie wykryć. Przeglądając ikonografiki różnych publikacji stwierdzam, że testy genetyczne są najczulszym elementem diagnostycznym w ciągu kilku dni po zakażeniu. Gdy człowiek przechorował i jest ozdrowieńcem, to testy immunologiczne są dobrą metodą diagnostyczną, bo pozwalają monitorować poziom wytworzonych przeciwciał.