DNA tego grzyba posiada 125 mln par zasad, co stanowi 7,5 tys. genów, z których 6 tys. są również obecne w genomach innych grzybów. Natomiast rozwój odmiany Tuber melanosporum lub perigord, stosowanej do przyrządzania wykwintnych potraw, oraz jego symbiozę z gospodarzem (zwykle to dąb) określa 1,5 tys. genów. Jednak głównym odkryciem naukowców było rozpoznanie genów, dzięki którym można zidentyfikować pochodzenie grzybów. Mogą one określać regiony. Jest ok. 50 we Francji, Włoszech i Hiszpanii, w których rosną prawdziwe czarne trufle.

Taki odkrycie pozwoli uniknąć falsyfikacji etykietek, na których jest zawarta informacja o pochodzeniu grzybów Tuber melanosporum. Obecnie w sklepach bardzo często można spotkać te grzyby oznakowane jako francuskie, natomiast w rzeczywistości pochodzące z Chin.

Na dzień dzisiejszy oprócz analizy genetycznej nie ma innej metody do identyfikacji prawdziwych trufli, ponieważ zwykle do ich chińskich „podróbek” są dodawane ekstrakty z prawdziwego Tuber melanosporum, dzięki którym grzyb ma prawdziwy wyśmienity aromat.

Producenci europejskich czarnych trufli już zwrócili się z prośbą do rządu o wprowadzenie obowiązkowej analizy genetycznej tych grzybów.

Rozszyfrowanie genomu czarnych trufli naukowcom zajęło 5 lat.