Nasz organizm to bogaty ekosystem różnorodnej mikroflory, która ma ogromny wpływ na nasz układ immunologiczny. Kształtuje się ona już od momentu porodu – to wtedy jesteśmy narażeni na pierwszą styczność z drobnoustrojami. Wyniki wskazują na istotne różnice w składzie mikroflory pomiędzy dziećmi, które przyszły na świat w sposób naturalny, a tymi, które urodziły się poprzez cesarskie cięcie. Na kolejnych etapach skład drobnoustrojów zależny jest m.in. od sposobu karmienia – dowiedziono, że noworodki z krajów rozwijających się mają istotnie bardziej zróżnicowaną mikroflorę jelitową, niż dzieci urodzone w krajach Europy Zachodniej. Dopiero mikroflora 2-letniego dziecka przypomina składem tę zasiedlającą organizm dorosłego człowieka.

Analiza metagenomu
Do niedawna nasza wiedza na temat mikrobiomu człowieka ograniczała się tylko do wyników analizy bakteryjnej. Dopiero zastosowanie rozwiniętych technik badania genomu umożliwiło nam również wykrycie obecności wirusów – zarówno na skórze, jak i wewnątrz naszego organizmu. Analiza metagenomu, o której mowa, to sekwencjonowanie nowej generacji. Umożliwia ono porównanie pod względem informacji genetycznej materiału klinicznego z poznanymi genomami wirusów. Wykorzystując tę technikę, w 2012 r. francuska grupa badaczy przeanalizowała wirom powierzchni skóry pięciu zdrowych ochotników. Ich wyniki wskazały na obecność licznych poliomawirusów, wirusów brodawczaka (HPV) i cirkowirusów, które na ogół uważane są za czynniki patogenne.

Poliomariwrusy
Metagenomika pozwoliła na zidentyfikowanie 13 ludzkich szczepów poliomawirusów. Niektóre z nich dotychczasowo wiązano np. z rozwojem nowotworu skóry. Pierwszą styczność z tym wirusem większość z nas ma jeszcze w dzieciństwie. Później prawdopodobnie pozostaje on w naszym organizmie uśpiony do czasu osłabnięcia odporności, które skutkuje potencjalnym rozwojem choroby.
Podobnie zachowuje się wirus brodawczaka, który normalnie nie daje żadnych objawów. W stanach obniżonej odporności może jednak doprowadzić do rozwoju m.in. raka szyjki macicy.

Anellowirusy
Kolejne badania doprowadziły do wykrycia wirusów z grupy anellowirusy, które są obecne we krwi prawie wszystkich dorosłych. Nabywamy je w sposób naturalny po urodzeniu, gdyż są one niezwykle rozpowszechnione.
Jest to grupa bardzo zróżnicowana genetycznie, dlatego może infekować różne tkanki. U osób z obniżoną odpornością obserwuje się podwyższone stężenie wirusów z grupy anellowirusów, co sugeruje, że ich obecność pozostaje pod ścisłą kontrolą immunologiczną naszego organizmu. Nie ma bezpośredniego dowodu na to, że infekcje tymi wirusami są dla nas szkodliwe.
Problem ten jest badany z wykorzystaniem modeli zwierzęcych, gdyż ta grupa wirusów została wykryta również u małp i gryzoni.

Powyższe informacje wskazują na to, że nawet będąc zdrowi, jesteśmy przejściowo/przewlekle infekowani kilkoma rodzajami wirusów. Przeświadczenie o tym, że każdy wykryty ludzki wirus to początek choroby, może się okazać błędne, a ich obecność i rola w naszym organizmie jest bardziej skomplikowana niż do tej pory sądzono.