Applied Biosystems® 3130 Genetic Analyzer jest sekwenatorem, który wykorzystuje elektroforezę kapilarną. Urządzenie jest łatwe w obsłudze i w pełni zautomatyzowane, począwszy od załadunku polimeru, poprzez wprowadzenie próbek, aż po ich oznaczenie i analizę danych. Zaletą jest fakt, że kapilara wytrzymuje dwa razy więcej sekwencjonowań niż przewiduje producent. Ponadto producent gwarantuje zsekwencjonowanie do 960 par zasad, podczas gdy w praktyce, używając odpowiedniej jakości materiału, można osiągnąć wydajność nawet do ponad 1500 par zsekwencjonowanych zasad.
Oczywistym dla użytkownika powinien wydawać się fakt, że w pobliżu sprzętu należy maksymalnie dbać o czystość, jak najmniejszą ilość kurzu i pyłu oraz zapewnić właściwą cyrkulację powietrza.
Sekwenator wyposażony jest w 4 kapilary, dzięki czemu jest możliwość zsekwencjonowania jednocześnie 96 próbek. Ponadto, istnieje możliwość użycia kapilar o 4 różnych długościach (najdłuższa 80 cm), dzięki czemu możliwa jest analiza sekwencyjna dłuższych produktów reakcji.
Urządzenie obsługiwane jest przez 3 programy: Sequencing Software, SeqScape Software oraz GeneMapper Software, do następujących aplikacji, np.:
- sekwencjonowanie de novo,
- sekwencjonowanie porównawcze,
- resekwencjonowanie (VariantSEQr, mitoSEQr),
- minisekwencjonowanie (detekcja SNP),
- identyfikacja heterozygot,
- identyfikacja osobnicza ludzi,
- identyfikacja bakterii i grzybów do gatunku (MicroSeq),
- genotypowanie koni, psów, bydła (StockMarks),
- AFLP mikroorganizmów i roślin,
- analiza sprzężeń (Linkage Mapping Set),
- analiza SNP (SNaPshot, SNPlex), SSCP, HMA, LOH, MLPA.
Zaletą sekwenatora kapilarnego niewątpliwie jest to, że wymaga on mniejszej ilości próbki DNA w porównaniu z technologią wykorzystującą elektroforezę żelową. Ponadto, ulepszona regulacja temperatury sprawia, że wyniki są dokładniejsze i powtarzalne.
Dalsza część opisu dpostępna POD TYM ADRESEM
KOMENTARZE