Amerykańscy naukowcy z Uniwersytetu w Houston donieśli na łamach kwietniowego wydania Biotechnology Journal o nowym, potencjalnym zastosowaniu siRNA, jako narzędzia diagnostycznego. Stworzona przez nich cząsteczka oparta na siRNA pozwala na detekcję odpowiadającego jej mRNA, wykorzystując obecność w swojej strukturze dwóch fluoroforów. Innowacyjna metoda, wykorzystująca szlak interferencji RNA, charakteryzuje się wysoką specyficznością i dużą czułością detekcji.
Inspiracją dla badaczy w konstruowaniu swojego wynalazku była sonda molekularna typu molecular beacon. Jest to cząsteczka kwasu nukleinowego o strukturze spinki do włosów, którego końce 5' i 3' wyznakowane są fluoroforami. Sonda taka bazuje na zjawisku transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) między dwoma fluoroforami, które generują sygnał, jeśli cała cząsteczka przyłączy się do komplementarnej sekwencji (technologia stosowana w Real Time PCR).
Analogicznie jak w sondzie molecular beacon, sonda siRNA-MB (siRNA-based Molecular Beacon) zbudowana jest z dwóch 21 nukleotydowych nici RNA, z których każda wyznakowana została innym fluoroforem: nić sensowna Cy5, nić antysensowna Cy3. Obie nici są ze sobą sprzężone łącznikiem złożonym z polimeru PEG. Kiedy dwie nici siRNA pozostają połączone, fluorofor Cy3 pobudzony światłem o długości fali 488 nm, przekazuje energię na Cy5, który emituje światło o długości 667 nm. W procesie interferencji RNA, obie nici siRNA zostają rozplecione, a obecność docelowego mRNA odsuwa je od siebie, co skutkuje zaprzestaniem transferu energii i objawia się spadkiem emisji światła 667 nm.
W przypadku braku docelowego mRNA, łącznik PEG umożliwia niciom odnalezienie „partnera” i emisja zostaje wznowiona. Obecność docelowego mRNA jest zatem możliwa do zaobserwowania.
Sonda siRNA-MB dzięki swoim właściwościom może być stosowana do diagnostyki i leczenia (mimo licznych modyfikacji, sonda zachowuje właściwości wyciszania) chorób powodowanych nadekspresją konkretnego genu, wliczając w to wczesne zmiany nowotworowe. siRNA-MB może być także użyteczna w monitorowaniu procesu interferencji RNA i w badaniach podstawowych z zakresu RNAi.
Oprac.: Paweł Świtoński
Źródło: Biotechnology Journal 2007 Apr;2(4):422-5
Analogicznie jak w sondzie molecular beacon, sonda siRNA-MB (siRNA-based Molecular Beacon) zbudowana jest z dwóch 21 nukleotydowych nici RNA, z których każda wyznakowana została innym fluoroforem: nić sensowna Cy5, nić antysensowna Cy3. Obie nici są ze sobą sprzężone łącznikiem złożonym z polimeru PEG. Kiedy dwie nici siRNA pozostają połączone, fluorofor Cy3 pobudzony światłem o długości fali 488 nm, przekazuje energię na Cy5, który emituje światło o długości 667 nm. W procesie interferencji RNA, obie nici siRNA zostają rozplecione, a obecność docelowego mRNA odsuwa je od siebie, co skutkuje zaprzestaniem transferu energii i objawia się spadkiem emisji światła 667 nm.
W przypadku braku docelowego mRNA, łącznik PEG umożliwia niciom odnalezienie „partnera” i emisja zostaje wznowiona. Obecność docelowego mRNA jest zatem możliwa do zaobserwowania.
Sonda siRNA-MB dzięki swoim właściwościom może być stosowana do diagnostyki i leczenia (mimo licznych modyfikacji, sonda zachowuje właściwości wyciszania) chorób powodowanych nadekspresją konkretnego genu, wliczając w to wczesne zmiany nowotworowe. siRNA-MB może być także użyteczna w monitorowaniu procesu interferencji RNA i w badaniach podstawowych z zakresu RNAi.
Oprac.: Paweł Świtoński
Źródło: Biotechnology Journal 2007 Apr;2(4):422-5
KOMENTARZE