Ontologia to podstawowy dział filozofii badający strukturę rzeczywistości. Jak połączony jest byt z otaczającą go rzeczywistością? W jaki sposób funkcjonuje? Na tych pytaniach opiera się również Ontologia Genów (Gene Ontology, GO).
GO to projekt bioinformatyczny opisujący sposób funkcjonowania komórek; właściwości ich genów i produktów w kontekście komórkowym. Projekt podzielony jest na trzy domeny: element komórkowy (np. mitochondrium), funkcję molekularną (np. aktywnośc katalityczna) oraz proces biologiczny (seria wydarzeń połączona z funkcją molekularną, np. transport przez błonę). Na przykład dla cytochromu C funkcją molekularną jest aktywność oksydoreduktazy, procesem biologicznym fosforylacja i indukowanie apoptozy, a elementem komórkowym macierz mitochondrialna i wewnętrzna membrana mitochondrium.
Gene Ontology istnieje dzięki połączonemu wysiłkowi setek naukowców. GO zawiera 34765 haseł i 64635 hierarchicznych zależności opisujących geny z ponad 80 gatunków. Ma duży wpływ na rozwój nauki, jednakże jest niekompletną bazą danych trudną do uaktualniania.
Pomysł naukowców z San Diego różni się od GO tym, że ontologia jest tworzona automatycznie z dużego zasobu danych. Dzięki temu, widać nie tylko to co jest już wiadome, ale również potencjalne biologiczne procesy i ich komponenty.
Autorzy nie twierdzą, że ich model zastąpi Gene Ontology. Jednakże dzięki nowatorskiemu podejściu ich projektu, ontologie będą ewoluować z czasem z dodanymi wynikami eksperymentów high-throughput i map sieciowych.
Natalia Pankiewicz
Źródło:
Dutkowski J, Kramer M, Surma MA, Balakrishnan R, Cherry JM, Krogan NJ, Ideker T. Agene ontology inferred from molecular networks. Nature biotechnology (2012)
http://www.sciencedaily.com
KOMENTARZE