Czego dotyczy projekt i jak interoperacyjna platforma naukowa przyczyni się do upowszechnienia danych dotyczących zasobów biologicznych Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów opowiada nam Pani dr inż. Agnieszka Korzeniowska Kowal - Koordynator projektu.

Biotechnologia.pl: W Instytucie Immunologii i Terapii Doświadczalnej (IITD) Polskiej Akademii Nauk (PAN) Istnieje od 1967 roku Polska Kolekcja Mikroorganizmów. W jakim celu została stworzona?

dr inż. Agnieszka Korzeniowska-Kowal: Polska Kolekcja Mikroorganizmów (PCM) została wyodrębniona jako samodzielne laboratorium w Zakładzie Systematyki Drobnoustrojów. Laboratorium PCM prowadziło badania naukowe w bardzo dynamicznie rozwijającej się dziedzinie, jaką wówczas była mikrobiologia. Szczepy bakteryjne otrzymywano w głównej mierze w ramach współpracy naukowej z innymi placówkami w kraju i na świecie.

Jakie drobnoustroje znajdują się w kolekcji?

W kolekcji PCM posiadamy ponad trzy tysiące mikroorganizmów, które przynależą do szerokiej gamy rodzajów. Możemy pochwalić się szczególnie bogatym zasobem szczepów z rodziny Enterobacteriaceae, które były przez lata cenną bazą do prowadzonych prac, zarówno nad strukturami powierzchni bakteryjnych, jak i ich własnościami immunochemicznymi. W naszych zasobach znajduje się także wiele szczepów potencjalnie przydatnych w diagnostyce i wszelkich dziedzinach związanych z mikrobiologią.

Jakie warunki muszą być spełnione, aby mikroorganizmy można było wpisać do Kolekcji?

Od lat sukcesywnie poszerzany jest zasób naszego banku bakterii. Jesteśmy zainteresowani pozyskiwaniem nowych gatunków i szczepów, które wykazują odmienność gatunkową, bądź serotypową, od obecnie już posiadanych organizmów.  W procesie przyjmowania nowego eksponatu cenne są wszelkie informacje z nim związane tzn. jego pochodzenie, charakterystyka antygenowa, warunki hodowli, produkowane metabolity itp.  Im więcej danych zamieścimy w opisie, tym szczep jest cenniejszy dla potencjalnego odbiorcy.

Kto korzysta z PCM? Na jakich zasadach?

Początkowo z zasobów PCM korzystały przede wszystkim środowiska naukowe, tzn. badacze w laboratoriach, a także uczelnie do pracy ze studentami medycyny, biologii czy biotechnologii. W ostatnich latach obserwujemy jednak ciągły wzrost zainteresowania i zwiększenie ilości zamówień od instytucji komercyjnych, co wskazuje na rozwój sektora biotechnologicznego w naszym kraju. Podstawowym warunkiem wydania przez nas szczepu bakteryjnego jest otrzymanie od strony zamawiającej deklaracji o posiadaniu warunków do pracy z danym drobnoustrojem.

Czy w PCM znajdują się wyłącznie szczepy bakteryjne?

W Instytucie W IITD oprócz kolekcji szczepów bakteryjnych istnieje największy w Polsce bank referencyjnych linii komórek nowotworowych i prawidłowych, ludzkich i zwierzęcych.W kolekcji zgromadzono ok. 160 referencyjnych linii komórek. Linie te pochodzą z renomowanych źródeł i posiadają standard materiału badawczego. Instytut posiada również unikalną w skali światowej kolekcję bakteriofagów skierowanych przeciwko niezwykle groźnym patogenom bakteryjnym. W chwili obecnej preparaty bakteryjne udostępniane są wszystkim jednostkom zainteresowanym ich wykorzystaniem w badaniach naukowych jak i w przemyśle.

Kolekcja PCM nabyła w 2000 roku od Światowej Organizacji Własności Intelektualnej status międzynarodowego organu depozytowego drobnoustrojów (IDA, International Depositary Authority) do celów patentowych. Jakie możliwości daje posiadanie statusu IDA?

Posiadanie statusu IDA pozwala nam na przyjmowanie do depozytu zarówno bakterii, w tym promieniowców, jak i bakteriofagów będących przedmiotem wniosków patentowych. Dokumentacja dotycząca depozytów patentowych, jako objęta tajemnicą patentową, jest prowadzona niezależnie od depozytów zwykłych. Zapewniamy tak dopracowane warunki przechowywania i monitorowania powierzonego nam materiału, które pozwalają na utrzymanie jego żywotności przez okres 30 lat.

IITD PAN realizuje projekt: Utworzenie interoperacyjnej elektronicznej platformy naukowej Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów, współfinansowany przez fundusze pochodzące z UE. Czego dotyczy ten projekt?

Projekt dotyczy modernizacji i rozwoju infrastruktury informatycznej IITD oraz utworzenia interoperacyjnej elektronicznej platformy, która zapewni możliwość skatalogowania i upowszechnienia wszelkich danych dotyczących zasobów biologicznych Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów. Platforma będzie pierwszym tego rodzaju przedsięwzięciem w Polsce, uzupełniającym istniejącą w chwili obecnej poważną lukę w zakresie informowania środowiska naukowego, jak i jednostek komercyjnych, o istniejących możliwościach korzystania z gatunkowego bogactwa drobnoustrojów.

Jaki jest główny cel projektu?

Celem tego projektu jest zebranie i opracowanie w wersji elektronicznej rozproszonych danych literaturowych o poszczególnych eksponatach opisanej kolekcji. Kolekcja PCM od wielu lat służy swoimi zasobami i zmierza kontynuować swoją misję, poprzez wykorzystanie nowoczesnych narzędzi informatycznych, zapewniając jej rozwój i umożliwiając funkcjonowanie na europejskim poziomie.

Kto skorzysta na utworzeniu takiej elektronicznej platformy naukowej?

Zapewnienie dostępu do zasobów platformy naukowej Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów przyczyni się do zbudowania wielopłaszczyznowych powiązań, rozszerzenia współpracy oraz integrację środowiska mikrobiologicznego, a w rezultacie wpłynie na zwiększenie jakości oraz przyśpieszenie badań nad mechanizmami zakażeń bakteryjnych oraz prac dotyczących zastosowania makrocząsteczek bakteryjnych jako antygenów w szczepionkach, jak i markerów diagnostycznych, a także będzie pomocne w rozwoju nowatorskich projektów dotyczących unikatowych terapii bakteriofagowych.

Na jakim etapie realizacji znajduje się obecnie projekt utworzenia interoperacyjnej elektronicznej platformy naukowej PCM?

Obecnie trwa konwersja wszelkich danych dotyczących posiadanych w IITD szczepów bakteryjnych, linii komórkowych i bakteriofagów.  Pracownicy Instytutu prowadzą dogłębną inwentaryzację zasobów biologicznych, jak i uzupełniają ich charakterystykę o dane literaturowe, zdjęcia mikroskopowe, czy też o precyzyjny opis procedur namnażania poszczególnych drobnoustrojów. Tworzone są tak zwane etykiety, które będą zawierały zestawienie wszelkich pozyskanych informacji.

Poruszając się w terminologii kroków milowych projektu, co zostało już zrealizowane a co jeszcze pozostaje do zrobienia przez IITD?

Do tej pory udało nam się przeprowadzić gruntowną modernizację pomieszczeń serwerowni i skompletować sprzęt w postaci serwerów, firewalli, systemu pamięci rozproszonej itp., które są konieczne do profesjonalnej obsługi tworzonej platformy.  Platforma powstaje na bazie opracowanych we wcześniejszym etapie projektów technicznego i funkcjonalnego. Prowadzone są także prace nad weryfikacją tożsamości posiadanych mikroorganizmów. W ostatnim etapie projektu zostanie zaktywowany portal PCM, za pomocą którego odbiorcy będą mieli możliwość nieodpłatnego korzystania z informacji o mikroorganizmach zamieszczonych w bazie danych naszej kolekcji.

Dziękuję za rozmowę

rozmawiał Tomasz Sznerch

Artykuł współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego  w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka. Dotacje na innowacje. Inwestujemy w waszą przyszłość