Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu
Identyfikacja prowirusowych miejsc insercji
07.09.2007
Gdy retrowirusy albo transpozony integrują się z genomem gospodarza, mogą podwyższać lub zaburzać proces ekspresji genów. Mapowanie miejsc insercji prowirusów umożliwia wgląd nie tylko do mechanizmów integracji, ale także do funkcjonowania genów w komórce. W badania nad mutagenezą insercyjną używa się takich narzędzi jak skrining bibliotek DNA, LM-PCR, odwrotny PCR, techniki VISA oraz mapowanie opierające się na SNP. Wszystkie te metody były użyteczne i generowały dane o wielu miejsc inercji. Jak dotąd , żadna z samodzielnie stosowanych technik nie umożliwiła identyfikacji wszystkich miejsc włączania się egzogennego elementu genetycznego. A współczesne osiągnięcia są ograniczone min. niska wydajność klonowania, pracochłonne protokoły lub niespecyficzną amplifikację. Yin i Largaespada z Uniwersytetu w Minnesocie opisali dwa warianty LM-PCR, SplinkTA-PCR oraz SplinkBlunt-PCR, które umożliwiają efektywną izolację miejsc insercyjnych w indukowanej retrowirusem białaczce. Opublikowane dane wskazują na to, że protokoły są komplementarne i wzmagają efektywność klonowania, gdy używane są wspólnie. Autorzy dostarczają w ten sposób dwóch technik to badań na szeroką skalę na myszach BXH-2, które rozwijają ostrą białaczkę mieloidalną (AML) wskutek infekcji wirusem mysiej białaczki (MuLV - Murine Leukemia virus). Wirus ten zachowuje się tak jak mutagen insercyjny jak i wyznacznik genów związanych z białaczką. SplinkTA-PCR oraz SplinkBlunt-PCR dostarczają łatwej w użyciu, wiarygodnej, wydajnej oraz gotowej do zastosowania na wielką skalę metody analizy mutagenezy transpozonowej.


BioTechniques
KOMENTARZE
Newsletter