Jądro — najważniejsza organella komórkowa. Zbudowana z otoczki jądrowej, kariolimfy, chromatyny oraz jąderka. Otoczka jądrowa utworzona jst z  dwóch błon plazmatycznych, w których występują pory jądrowe, umożliwiające wymianę substancji pomiędzy jądrem a cytoplazmą. Zewnętrzna błona jądrowa przechodzi w błony siateczki śródplazmatycznej szorstkiej. Wnętrze jądra wypełnione jest sokiem jądrowym czyli kariolimfą, w której zanurzona jest chromatyna. Jądro pełni wiele istotnych funkcji- Kieruje czynnościami życiowymi komórki kontroluje podział komórki i w nim uczestniczy, jest nośnikiem informacji genetycznej, zawartej w kwasach nukleinowych. Jest żywym elementem komórki.

Ryc.1 Jądro komórkowe

Wakuole (wodniczki) — uważane są za magazyn soku komórkowego (woda z rozpuszczonymi w niej białkami, cukrami ,substancjami zapachowymi). W komórkach roślinnych, które są młode występuje kilka drobnych wakuol. W komórkach starszych - występuje jedna, duża wakuola. Stanowią martwy element komórki.

Mitochondria — uważane są za centra energetyczne komórki. Zachodzą w nich procesy oddychania komórkowego, stanowią żywy element komórki. Otoczone są dwiema błonami - zewnętrzną, wewnętrzną, przechodzącą w grzebienie (kristy).

Ryc.2 Mitochondrium zwierzęce

Chloroplasty — organella roślinne, odpowiedzialne za proces fotosyntezy. Zbudowane z dwóch błon, wewnątrz zawierają struktury zwane tylakoidami i lamelliami.

Chromoplasty — zawierają żółty lub pomarańczowo-czerwony barwnik, nadają barwę kwiatom, owocom, korzeniom (np. marchwi), są nieaktywne fotosyntetycznie

Leukoplasty — są bezbarwne, uczestniczą w produkcji i magazynowaniu materiałów zapasowych

Plastydy mogą przechodzić jedne w drugie, np. chloroplasty  w chromoplasty (żółknięcie liści,  dojrzewanie jabłek

Siateczka śródplazmatyczna: Stanowi złożony, trójwymiarowy system spłaszczonych błon, kanalików i niewielkich pęcherzyków. Występuje w dwóch zasadniczych postaciach:

• ER szorstkie – na błonach siateczki znajdują się rybosomy; jest miejscem syntezy białek. Jej główną funkcją jest synteza białek przeznaczonych na „eksport”, stąd też licznie występuje m.in. w: komórkach nabłonka gruczołowego trzustki (wydzielają enzymy trawienne)

• ER gładkie – nie posiada rybosomów na błonach; jest miejscem syntezy lipidów. Na powierzchni zewnętrznych błon nie występują rybosomy. Jej główną funkcją jest synteza lipidów

Rybosomy — organella służące do produkcji białek. Ultrastruktur tych nie oddziela od cytoplazmy żadna błona biologiczna. Z chemicznego punktu widzenia w rybosomach występują dwa zasadnicze składniki: rybosomalny RNA (rRNA) i białka

Aparat Golgiego system błon złożony z płaskich cystern, rurek i pęcherzyków, blisko związany z siateczką śródplazmatyczną, stanowiący jakby jej przedłużenie pod względem pochodzenia i funkcji. Strukturą podstawową aparatu Golgiego jest diktiosom – stos płaskich woreczków (cystern ). Na brzegach cystern tworzą się liczne rozdęcia, które odłączają się następnie w postaci kulistych pęcherzyków

Ryc. 3 Aparat Golgiego

Lizosom — system błon złożony z płaskich cystern, rurek i pęcherzyków, blisko związany z siateczką śródplazmatyczną, stanowiący jakby jej przedłużenie pod względem pochodzenia i funkcji. Strukturą podstawową aparatu Golgiego jest diktiosom – stos płaskich woreczków (cystern ). Na brzegach cystern tworzą się liczne rozdęcia, które odłączają się następnie w postaci kulistych pęcherzyków .

Tabela 1. Charakterystyka najważniejszych organelli 

W obrębie komórek prokariotycznych i eukariotycznych występuje wiele różnic, na poziomie komórkowym. W tabeli zestawiono najważniejsze różnice, które miedzy nimi występują. 

Tabela 2. Komórka prokariotyczna a eukariotyczna