Regiony promotorowe to sekwencje DNA, które pełnią funkcję regulatorów ekspresji genów. Ostatnio doniesiono, iż znaczna liczba ludzkich genów znajduje się pod potencjalnym wpływem alternatywnych promotorów. Biologiczne i regulatorowe role promotorów alternatywnych (APs) nie są wciąż dobrze znane, a jakiekolwiek przewidywania ich funkcji na podstawie danych dostępnych są również skomplikowane. Baek i wsp próbują odpowiedzieć na pytania związane z tym problemem porównując różnice pomiedzy alternatywnymi i pojedynczymi promotorami (SPs), tak by wykorzystując uzyskane dane zaprojektować sposób rozróżnienia APs i SPs na podstawie sekwencji genów. Autorzy użyli 12,025 regionów promotorowych konserwatywnych, to jest niezmiennych u myszy i człowieka. Z zestawu danych 1018 APs zostało zakwalifikowanych jako pewne APs, podczas gdy 3109 badanych regionów zostało zidentyfikowanych w badanej grupie jako SPs. Analiza sekwencji nukleotydowej pokazała, iż APs charakteryzują się większą konserwatywnością sekwencji w porównaniu do SPs. Najwiekszą konserwatywność wykazują APs bogate w motywy CpG. Autorzy poszukiwali także APs oraz SPs dla miejsc wiążących czynniki transkrypcyjne. Wynik tej analizy pokazał, iż APs związane są z tkankowo swoistymi aktywatorami transkrypcji i aktywatorami/represorami zależnymi od fizjologicznego stanu komórki. Badano także biologiczną zależność między APs i SPs. W tym przypadku stwierdzono, że SPs są związane raczej z genami "housekeeping" (wytwarzają swoje produkty we wszystkich komórkach), natomiast APs związane są z rozwojem i regulacją transkrypcji. Te niezwykle ciekawe dane dotyczące konserwatywnych, ssaczych promotrów alternatywnych pozwalają zgłebiać, przynajmniej w części, naturę ekspresji genów, zależną od regionów promotorowych. Ale także pozwalają dokonać analizy zależności między typem promotora a rodzajem regulowanego przezeń genu.


Genome Research 17(2)145-155