Farmacja, Biotechnologia, Kosmetologia

Kurs przeznaczony dla wszystkich osób, które chcą poznać zastosowanie oraz sposoby analizy danych związanych z sekwencjonowaniem nowej generacji w kontekście badania regulacji genów. Niezależnie od tego, czy planują Państwo analizować dane samodzielnie, czy współpracować ze specjalistami w tej dziedzinie, na pewno warto wzbogacić swoją wiedzę o tego typu zagadnienia. Od uczestników kursu nie jest wymagana umiejętność programowania.

Oto zagadnienia, które zostaną poruszone podczas kursu:
 

• Wykrywanie miejsc wiązania białek do genomu za pomocą technik ChIP–Seq oraz ChIP–exo
• Wyszukiwanie i analiza motywów sekwencyjnych, tworzenie loga sekwencji (HOMER)
• Wizualizacja danych (IGV) i porównywanie wyników ChIP–Seq między próbkami
• Analiza stanu chromatyny: wykrywanie modyfikacji histonów (ChIP–Seq) oraz rejonów otwartej chromatyny (DNase–Seq, FAIRE–Seq), pozycjonowanie nukleosomów (MNase–Seq)
• Metylacja DNA: dowiemy się jak poznać wzór metylacji w oparciu o dane RRBS-Seq oraz MeDIP–Seq
• Analiza RNA: nauczymy się analizować transkrypcję w komórce za pomocą technik GRO–Seq i TSS–Seq, analizować będziemy również oddziaływania RNA–białko (CLIP–Seq, RIP–Seq)
• Bazy danych: Omówimy reprezentatywne bazy danych mikroRNA i innych regulatorowych RNA
• Identyfikacja mikroRNA: Będziemy szukać mikroRNA w oparciu o różne strategie. Wykorzystamy m.in. programy: miRTools i miRDeep
• Sekwencje docelowe mikroRNA: Nauczymy się identyfikować sekwencje docelowe in silico, jak również z wykorzystaniem bibliotek degradomowych
• Identyfikacja innych małych regulatorowych RNA: Wykorzystamy programy PAREsnip i ShortStack do scharakteryzowania transkryptomu małych RNA u Arabidopsis thaliana

Od uczestników kursu nie jest wymagana umiejętność programowania.
Informacje organizacyjne można znaleźć na stronie FAQ