Analiza funkcjonalna sekwencji DNA u eukariota
Sekwencjonowanie genomu jest dopiero wstępem do zrozumienia funkcjonowania organizmu na poziomie molekularnym. Kolejnym etapem jest odnalezienie w sekwencji genomu rejonów kodujących białka oraz RNA nie kodujących białek (miRNA, lcnRNA i inne) a następnie przewidzenie ich funkcji w organizmie.
Pierwszym etapem regulacji ekspresji genów jest transkrypcja. Transkrypcja genów jest regulowana przez wiele czynników, część z nich można zidentyfikować analizując sekwencje DNA komputerowo.
Kolejnym etapem regulacji ekspresji jest translacja. miRNA reguluje ekspresję wielu genów degradując ich mRNA lub blokując translację. Sekwencje w mRNA rozpoznawane przez miRNA można również zidentyfikować komputerowo i określić jakie miRNA mogą regulować ekspresję danego genu na etapie translacji.
Jak połączyć cały zasób wiedzy na temat działania konkretnej komórki w jedną całość? W pewnym stopniu pozwalają to zrobić narzędzia opracowane przez Genome Ontology Consortium. Podczas szkolenia uczestnicy praktycznie zapoznają się z komputerowymi metodami identyfikacji genów kodujących białka, identyfikacji sekwencji rozpoznawanych przez miRNA, miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz ontologią genów.
PROGRAM SZKOLENIA
|
I dzień |
|
|
09:00 – 09:10 |
Otwarcie szkolenia |
|
09:10 – 10:10 |
Identyfikacja rejonów kodujących białka w sekwencjach DNA - wykład I |
|
10:10 – 11:10 |
Programy do annotacji sekwencji DNA - wykład II |
|
11:10 – 11:25 |
Przerwa |
|
11:25 – 12:25 |
Znajdowanie genów kodujących białka w sekwencji DNA (programy AUGUSTUS, GeneID, GenScan, Beijing Gene Finder) - ćwiczenie 1 |
|
12:25 – 13:25 |
RNA niekodujące białek i możliwości ich komputerowej identyfikacji - wykład III |
|
13:25 – 14:00 |
Przerwa |
|
14:00 – 15:00 |
Identyfikacja genów, których ekspresja może być regulowana przez miRNA (ComiR, miRmap) - ćwiczenie 2 |
|
15:00 – 16:00 |
Transkrypcja, regulacyjne rejony genów i ich struktura - wykład IV |
|
II dzień |
|
|
09:00 – 10:00 |
Programy i metody bioinformatycznej analizy promotorów i enhancerów - wykład V |
|
10:00 – 11:30 |
Identyfikacja miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w promotorach (programy LASAGNA, MAPPER2) - ćwiczenie 3 |
|
11:30 – 11:45 |
Przerwa |
|
11:45 – 12:45 |
Ontologia genów (GO) - model sieci powiązań między genami, białkami i ich funkcjami - wykład VI |
|
12:45 – 14:00 |
GOBlast- ćwiczenie 4 |
|
14:00 |
Zakończenie szkolenia |
Prowadzący: Dr hab. Tadeusz Malewski
Termin: 12 - 13 października 2017
Miejsce: Centrum Edukacyjne Pankiewicza, ul. Pankiewicza 3, Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 6 października 2017
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83; 607 929 471
Opłata za udział w kursie wynosi 1200 zł netto + 23% VAT
Opłata obejmuje:
Opłatę należy wpłacić na konto:
MBS Szkolenia, Konferencje, Usługi Sp. z o.o.
03-766 Warszawa, ul. Grajewska 6/8 m. 26
Bank Polska Kasa Opieki S.A. Oddział w Warszawie
80 1240 6074 1111 0010 4915 6042
NIP 113 286 12 19; REGON 146448470; KRS 0000444499
Przy wpłacie prosimy o podanie nazwiska osoby, której udział w kursie jest opłacany.
Uczestnicy otrzymają certyfikat ukończenia szkolenia
